Données, mortalité et statistiques Covid‑19 : lecture détaillée des séries INSEE, SI‑VIC et CépiDc

L’épidémie de Covid‑19 est apparue sur le territoire français début 2020. Pour suivre la mortalité liée à la Covid‑19, deux organismes produisent des données : l’Insee et l’Inserm. Le premier diffuse le nombre de décès « toutes causes confondues », qui permet, par écart à la tendance, d’estimer la surmortalité liée à la pandémie. L’Inserm établit les statistiques sur les causes de décès. Elles seules permettent d’isoler les décès effectivement dus à la Covid. Mais une expertise médicale longue et complexe est nécessaire pour disposer de ces données, incompatible avec un suivi de l’épidémie sur le très court terme.

Il existe plusieurs séries de statistiques permettant d’apprécier les impacts de la pandémie de Covid‑19 sur la mortalité en France. Certaines sont diffusées par Santé publique France (SPF), d’autres par l’Insee, d’autres encore par le centre d’épidémiologie sur les causes médicales de décès (CépiDc de l'Inserm). Toutes ces séries de données n’ont pas les mêmes objectifs, et surtout ne sont pas toutes disponibles au même rythme : certains chiffres sont connus dans les jours qui suivent la période analysée, d’autres plusieurs mois, voire plusieurs années après.

Sources et dispositifs de suivi : caractéristiques et complémentarité

Depuis les attentats de 2015, l’outil SI‑VIC (système d’information pour le suivi des victimes) a été déployé dans tous les hôpitaux du pays, publics et privés. Dès le début de l’épidémie en mars 2020 il est utilisé pour suivre quotidiennement l’hospitalisation des patients atteints de la Covid et, le cas échéant, leur décès. Entre mars 2020 et juin 2022, 120 600 décès de patients ayant été hospitalisés avec la Covid ont ainsi été enregistrés dans des hôpitaux (ils ont eu un dépistage positif à l’entrée ou pendant leur séjour).

Un dispositif de comptage quotidien des décès avec la Covid‑19 a également été mis en place dans les établissements et services médico‑sociaux, SurvESMS, qui intègrent les établissements d’hébergement de personnes âgées. Contrairement à SI‑VIC, le dispositif SurvESMS n’est pas nominatif car les établissements ne renseignent que des comptages. Entre mars 2020 et juin 2022, 28 900 décès ont été enregistrés dans ces établissements.

Grâce à ses missions de suivi statistique des événements d’état civil, l’Insee comptabilise les données de mortalité « toutes causes », avec quelques jours de décalage par rapport aux chiffres remontés des établissements (SI‑VIC et SurvESMS) du fait des délais d’enregistrement et de remontées des actes de décès. L’Insee diffuse actuellement chaque mois, le dernier vendredi, le nombre de décès toutes causes confondues par jour, par région et département. Ces données permettent de mettre en lumière d’éventuels pics inattendus de mortalité.

Le CépiDc de l’Inserm produit les statistiques de causes médicales de décès après codage expert des certificats de décès (CIM‑10). Ce codage expert prend davantage de temps mais permet d’isoler la cause initiale du décès. Le « Suivi de la mortalité en temps réel » est assuré par un traitement automatique des certificats électroniques : un algorithme co‑construit par Santé publique France et le CépiDc lit les textes rédigés par les médecins et repère les mentions « Covid 19 ». 72 500 décès liés à la Covid ont ainsi été repérés entre mars 2020 et juin 2022, avec une forte réactivité (4 jours).

Comparaison des séries et divergences

Ces trois sources ne mesurent pas exactement la même chose. Au total, sur la période allant de mars 2020 à juin 2022, l’écart par rapport à la mortalité observée en 2019 s’élève à 133 500 décès, ce qui correspond à 9,4 % de décès en plus, soit en moyenne à 157 décès supplémentaires par jour. En mai 2022, l’Insee a réalisé un bilan global en comparant les données de décès en 2020 et 2021 aux nombres de décès attendus, en prenant en compte l’augmentation de la population et son vieillissement, ainsi que la tendance à la baisse sur une dizaine d’années des risques de décéder à chaque âge. Au total, entre mars 2020 et décembre 2021, l’Insee estime ainsi à +95 000 décès la surmortalité « toutes causes », soit 24 % de moins que le cumul des décès à l’hôpital et en ESMS compilés par Santé publique France et 35 % de moins que les certificats de décès avec mention de Covid‑19 des comptages provisoires du CépiDc.

Ces écarts de chiffres s’expliquent, car d’une part, les décès « évités » par le premier confinement (accidents de la route, moindre transmissions d’autres virus, etc.) viennent réduire la surmortalité « toutes causes ». D’autre part, certaines personnes fragiles décédées de la Covid seraient de toute façon décédées d’une autre cause sur cette période, ce qui est neutre sur la surmortalité « toutes causes » mais pas sur le nombre de décès avec ou du fait de la Covid.

Chronologie des vagues et profils de mortalité

La dynamique épidémique a présenté plusieurs vagues : premier confinement au printemps 2020, deuxième vague à l’automne 2020, troisième début 2021, puis vagues successives (été 2021 et variants ultérieurs). Par une augmentation des nouveaux cas, un pic, puis une décrue, les vagues ont été bien que légèrement décalées dans le temps et d’amplitude différente. Les pics des vagues épidémiques sont ainsi de moins en moins élevés.

Les sommets des deux vagues de 2020 sont marqués en avril (+33 %) et en novembre (+30 %) par rapport aux attentes. En 2021, il y a eu 6,3 % de décès de plus qu’attendus, contre 7,5 % en 2020. En 2021, la mortalité a été influencée à la fois à la baisse et à la hausse. L’effet « moisson » (beaucoup de personnes fragiles déjà décédées lors des vagues antérieures) et le déploiement de la vaccination expliquent en partie la modification des profils de mortalité en 2021.

Lire aussi: Décryptage des tables de mortalité

La mortalité a été fortement concentrée chez les personnes âgées : le principal facteur de risque d’hospitalisation et de décès pour Covid‑19 augmente très rapidement aux âges élevés. Les plus de 70 ans ont représenté une part importante des décès hospitaliers durant les vagues. L’âge médian des patients décédés à l’hôpital a été de 71 ans lors de la première vague et de 75 ans lors de la deuxième.

Territorialité : métropole et outre‑mer

La dynamique épidémique a été différente dans les départements d’outre‑mer. Des vagues précoces sont apparues à Mayotte et à La Réunion pour le premier et en Guyane pour le second. Certaines régions (Île‑de‑France et Provence‑Alpes‑Côte d’Azur) ont été les plus affectées, avec Provence‑Alpes‑Côte d’Azur, les Hauts‑de‑France et Bourgogne‑Franche‑Comté particulièrement touchées, tandis que le sud‑ouest du pays a été relativement plus épargné.

Hospitalisations, sévérité, et mortalité hospitalière

Peu moins de deux patients sur dix sont passés par un service de soins critiques lors des premiers grands épisodes hospitaliers. Lors de chacune de ces deux périodes, environ 20 % des malades hospitalisés sont décédés durant leur séjour à l’hôpital. La proportion de patients nécessitant un passage en soins critiques s’est cependant réduite entre certains épisodes, et la mortalité hospitalière a diminué pour les patients les plus jeunes entre les deux vagues.

On observe que, entre le 1er mars et le 15 juin 2020, hors Ehpad, 91 000 personnes infectées ont été hospitalisées. La mortalité est ici mesurée dans les 90 jours après l’entrée à l’hôpital pour certaines analyses. La force des séries SI‑VIC et SurvESMS est leur réactivité quotidienne et leur capacité à « donner l’alerte » en cas d’évolution brutale : les tendances qu’elles délivrent sont bonnes.

Dépistage, couverture vaccinale et comportements

Les tests de dépistage (RT‑PCR, antigéniques, sérologiques) ont été massivement déployés : des millions de tests ont été effectués en France dans des laboratoires de ville et hospitaliers. D’après le nombre d’hospitalisations de cas de Covid, la proportion de contaminations détectées a augmenté régulièrement, passant de 12 % en juin à 59 % fin novembre 2020. Cette part est plus importante chez les personnes de 70 ans ou plus (hors Ephad).

Le port du masque et les gestes barrières ont été des mesures clefs (le port du masque, le dépistage et la vaccination). En mai 2020 et une autre en novembre 2020, des sondages ont mesuré le recours aux protections : par exemple, certains individus déclaraient ne pas porter de masque lorsqu’ils sortaient dans la rue, ou le porter seulement « de temps en temps ». Le taux de couverture vaccinale est plus élevé chez les 50 ans et plus. Les stratégies de vaccination ont visé en priorité les plus vulnérables.

Impacts indirects sur le système de soins et autres pathologies

La pandémie a eu des conséquences pour le système de soins : raison notamment des conséquences pour le système de soins, des reports d’opérations ou de la baisse des dépistages. Sur certaines périodes, la fréquentation des urgences liée à un traumatisme et certains soins sont revenus à un niveau comparable à celui de 2019. Le recours à la téléconsultation s’est développé massivement : avant l’épidémie, moins de 5 % la pratiquaient, alors que durant la crise une large part des consultations se sont faites à distance. Le recours à la téléconsultation s’est maintenu au second semestre 2020.

Les actes médicaux non urgents ont été moins exercés, seules les urgences ayant été assurées dans certains services. Certaines prescriptions de médicaments chroniques (dont l’insuline et les antiépileptiques) se sont maintenues, alors que d’autres spécialités ont connu des variations. Les hospitalisations et la réorganisation des services ont pesé sur l’accès aux soins pour d’autres maladies, ce qui peut avoir des effets sur la mortalité non directement liée à la Covid.

Effets sur la morbidité mentale et conditions de vie

Les enquêtes montrent une hausse des troubles dépressifs pendant les périodes de confinement et de crise sanitaire. À La Réunion, par exemple, la part de la population présentant un syndrome dépressif a augmenté. Les femmes et les jeunes ont été davantage concernés. Les jeunes adultes ont aussi montré des prévalences d’infection différentes : 8 % des 21‑29 ans et 3 % des 30‑49 ans présentaient des marqueurs d’infection dans certaines études sérologiques.

Estimation globale de l’impact sur la mortalité

Au total, sur la période allant de mars 2020 à juin 2022, l’écart par rapport à la mortalité observée en 2019 s’élève à 133 500 décès. Entre mars 2020 et décembre 2021, l’Insee estime à +95 000 décès la surmortalité « toutes causes ». Il est également possible d’estimer que le nombre de décès liés à la Covid‑19 peut être évalué à environ 130 000 selon certaines approches. La divergence entre séries tient aux définitions (décès hospitaliers avec test positif, décès mentionnés Covid sur le certificat, surmortalité « toutes causes ») et aux effets indirects (décès évités, défauts de soins, « effet moisson »).

Visualiser et exploiter les données : tableaux de bord et outils

Les données relatives à la Covid‑19 ont donné lieu à de nombreuses réutilisations et à des tableaux de bord (tableau de bord de suivi de l'épidémie sur le site du gouvernement, CovidTracker, etc.). Ces tableaux de bord agrègent indicateurs d’incidence, taux de positivité, tension hospitalière, nombre de cas et décès hospitaliers en quasi‑temps réel. Ils permettent de suivre la dynamique épidémique, la capacité analytique de tests virologiques (SI‑DEP), le séquençage des variants (EMERGEN) et la vaccination (données relatives aux personnes vaccinées, lieux et stocks).

Points méthodologiques importants

Chaque décès survenu sur le territoire national donne lieu à la rédaction, par un médecin, d’un document officiel attestant du décès : le certificat de décès. Ce document est nécessaire pour fermer le cercueil et réaliser les opérations funéraires. Son volet administratif est utilisé par les officiers d’état civil pour établir les actes de décès puis les bulletins d’avis de décès envoyés à l’Insee. Le certificat de décès comprend également un volet médical qui contient des informations précises renseignées par le médecin sous la forme d’un texte libre. Ce volet médical du certificat est cacheté pour en garantir le caractère confidentiel : il ne sera consultable que par les médecins des agences régionales de santé (ARS), puis par les spécialistes du CépiDc de l’Inserm.

Le texte du médecin doit ensuite faire l’objet d’une codification « experte » dans la classification internationale des maladies (CIM‑10). Il faut d’abord retranscrire dans cette nomenclature toutes les expressions figurant sur le bulletin, puis retenir parmi ces causes potentielles la « cause initiale », celle qui a déclenché le processus conduisant au décès. Le « Codage expert » est long : à l’heure actuelle, il n’était terminé que pour la période de mars à mai 2020, correspondant à la première vague.

Indicateurs complémentaires et données ouvertes

Les jeux de données mobilisés couvrent un large spectre : données hospitalières (SI‑VIC), données des urgences et de SOS Médecins, SI‑DEP (tests virologiques), données de laboratoires pour le dépistage, données de surveillance dans les ESMS, fichiers d’état civil consolidés par l’Insee (décès toutes causes), données de vaccination (lieux, catégories d’injecteurs, tranches d’âge, stocks et livraisons) et indicateurs économiques (activité partielle, aides aux entreprises, prêts garantis, etc.). Ces ressources offrent une capacité d’analyse multi‑dimensionnelle pour appréhender les effets sanitaires, sociaux et économiques de la pandémie.

Que retiendront les statistiques ?

Les tendances mois après mois issues de toutes les sources sont relativement similaires : les plus réactives (SI‑VIC et SurvESMS) ont correctement rendu compte en temps quasi réel des évolutions de la mortalité liée à la Covid, les statistiques de l’état civil ont confirmé rapidement avec quelques jours de décalage ces décomptes rapides, et, avec un délai de quatre mois, les traitements provisoires des certificats de décès ont complété la vision. Les statistiques de référence sur les causes médicales de décès issues du codage expert du CépiDc permettront bientôt d’estimer précisément pour la première fois depuis le début de la pandémie dans quelle mesure d’autres types de décès ont été évités ou, au contraire, ont été indirectement favorisés par la crise sanitaire.

Tableau récapitulatif (exemples de séries disponibles)

Source	Contenu	Réactivité
SI‑VIC	Décès hospitaliers de patients testés positifs, hospitalisations	Journalier
SurvESMS	Comptages de cas et décès en établissements médico‑sociaux	Journalier
Insee	Décès « toutes causes » (actes d’état civil)	Mensuel (quelques jours de décalage)
CépiDc (Inserm)	Causes médicales de décès codées (CIM‑10)	Provisoire en 4 mois, codage expert plus long
SI‑DEP	Tests virologiques, taux d’incidence, taux de positivité	Quasi‑temps réel

Les statistiques et jeux de données rendent possibles des analyses fines de la mortalité selon l’âge, le sexe, le territoire et le lieu de survenue (hôpital, ESMS, domicile), ainsi que l’évaluation des effets de la vaccination, des variants et des mesures de prévention sur la dynamique de l’épidémie.

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