Arrêt Maladie Auto-Entrepreneur : Droits, Démarches et Indemnités Journalières

Ce n'est pas parce que vous êtes auto-entrepreneur, qu'une maladie ou une hospitalisation n'arrivent jamais. Mais pas de panique ! Car au même titre qu'un salarié, vous bénéficierez d'un arrêt de travail. En contrepartie de cet arrêt, vous aurez droit aux versements d'indemnités journalières. En tant qu'auto-entrepreneur, votre protection sociale est essentielle, particulièrement en cas de maladie qui vous empêche de travailler. Mais connaissez-vous vraiment vos droits et les démarches à effectuer lorsque votre état de santé nécessite un arrêt de travail ?

Les Caractéristiques d’un Arrêt Maladie pour un Auto-Entrepreneur

Il n’existe pas de caractéristiques propres aux arrêts maladie des auto-entrepreneurs. En revanche, la question est de savoir ce qu’un auto-entrepreneur peut percevoir comme indemnité si son état ne lui permet pas de travailler. En effet, tous les mois ou tous les 3 mois, un auto-entrepreneur verse à l’Urssaf des cotisations sociales obligatoires qui contiennent une assurance maladie et une assurance retraite. Ainsi lorsqu’un auto-entrepreneur se retrouve en arrêt de travail, il peut bénéficier de versement d’indemnités journalières au même titre qu’un salarié.

Les Conditions à Remplir pour Percevoir des Indemnités Journalières

Pour bénéficier d'indemnités journalières, vous devez répondre à plusieurs critères en fonction de la nature de votre auto-entreprise.

Auto-Entrepreneur Artisan ou Commerçant

Vous pouvez bénéficier des indemnités journalières si vous respectez les conditions suivantes :

• Vous êtes depuis au moins 1 an affilié à un régime obligatoire de Sécurité sociale des Indépendants (anciennement RSI) au titre d’une activité professionnelle. Si vous étiez soumis à un autre régime lors d’une précédente activité professionnelle, la période d’affiliation peut être comptée s’il n’y a pas eu d’interruption entre vos deux activités.
• Vous devez pour 2025 percevoir un revenu d'activité annuel moyen (RAAM) supérieur à 4 383,20 euros après abattement de votre chiffre d'affaires.
• Vous disposez d'une prescription médicale d’arrêt de travail. Cet avis médical est constitué de plusieurs volets. Il faudra transmettre à votre Caisse primaire d'Assurance maladie (CPAM) les volets 1 et 2 sous 48 heures.
• Être en activité au moment de l’arrêt de travail ou bénéficier d’un maintien de droit, à la date d’un certificat médical d’incapacité de travail.
• Être à jour dans le paiement de vos cotisations sociales.

Auto-Entrepreneur Exerçant une Activité Libérale

Vous pouvez bénéficier des indemnités journalières si vous respectez les conditions suivantes :

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• Vous avez crée votre activité après le 1er Janvier 2018. Depuis cette date, les créateurs d'une profession libérale non réglementée (conseils, coaches, formations…) sous le régime micro-entrepreneur seront affiliés automatiquement à la nouvelle Sécurité sociale des Indépendants au titre d'une activité professionnelle (anciennement RSI).
• Vous devez pour 2025 percevoir un revenu d'activité annuel moyen (RAAM) supérieur à 4 383,20 euros après abattement de votre chiffre d'affaires.
• Vous disposez d'une prescription médicale d’arrêt de travail. Cet avis médical est constitué de plusieurs volets. Il faudra transmettre à votre Caisse primaire d'Assurance maladie (CPAM) les volets 1 et 2 sous 48 heures.

À noter : Les auto-entrepreneurs qui ont débuté une activité en auto-entreprise avant le 1er Janvier 2018 n'ont malheureusement pas le droit aux indemnités journalières en cas d'arrêt de travail.

Cas Spécifiques

• Vous êtes à la fois salarié et auto-entrepreneur : Si vous vous demandez si être salarié en arrêt maladie et auto-entrepreneur est deux termes compatibles, la réponse est oui. Dans ce cas, le calcul de vos indemnités journalières est uniquement basé sur votre salaire sans prise en compte de votre revenu d’auto-entrepreneur.
• Conditions d'accès aux indemnités journalières pour un arrêt de travail de moins de 6 mois : Pour être en mesure de toucher des indemnités en tant qu’indépendant et salarié, vous devez répondre l’un de ces deux critères :
  • Cumuler 150 heures de travail salarié sur une période 90 jours avant l’arrêt maladie ou accident (soit trois mois civils)
  • Sur une période de 6 mois avant l’arrêt de travail, avoir réglé vos cotisations sur un salaire dont le montant est au moins équivalent à 1 015 fois le montant du SMIC horaire (11,88 € brut au 1er novembre 2024). Cela correspond à 12 058,20 euros brut à partir du 1er novembre 2024.
• Conditions d'accès aux indemnités journalières pour un arrêt de travail de plus de 6 mois : Si la durée de votre arrêt de travail s’étend sur plus de six mois, vous bénéficiez d’une indemnisation seulement si vous répondez à l’une de ces deux situations :
  • Vous êtes immatriculé auprès de l’Assurance maladie depuis au moins 12 mois à la date du constat médical ET vous cumulez au moins 600 heures de travail sur ces 12 mois civils précédant votre arrêt (soit 365 jours).
  • Sur une période de 12 mois avant l’arrêt de travail, avoir réglé vos cotisations sur un salaire dont le montant est au moins équivalent à 2 030 fois le montant du SMIC horaire (11,88 € brut). Cela correspond à 24 140,16 euros brut à partir du 1er novembre 2024.

Comment Calculer son RAAM ? (Revenu d'Activité Annuel Moyen)

Pour savoir si votre RAAM vous donne le droit de percevoir des indemnités journalières, il faut partir de votre chiffre d'affaires (CA) des 3 dernières années et appliquer un abattement fiscal. L'abattement est différent selon votre activité :

• 34 % pour les activités libérales de prestations de service ;
• 71% pour les activités de commerce et d'artisanat (achat et revente)
• 50% pour les activités de commerce et d'artisanat (autres prestations de services)

Par exemple, pour calculer votre RAAM pour l'année 2025, vous devez additionner les chiffres d'affaires de 2022, 2023 et 2024 et appliquer le bon abattement. (Si votre auto-entreprise à moins de 3 ans, vous calculez votre RAAM sur le total de CA que vous avez).

Pour le CA de l'année 2020, il existe néanmoins une exception : Si à cause de la crise sanitaire et économique votre CA 2020 impacts négativement le résultat de votre RAAM, le décret du 6 août 2021 et l'article 4 de la loi 2021-1040 du 5 août 2021 permettent exceptionnellement de ne pas prendre en compte ce CA dans le calcul. Cela veut dire que la CPAM n'intégrera pas l'année 2020 dans le calcul du RAAM.

Comment Déclarer un Arrêt Maladie en Auto-Entrepreneur ? (CPAM, Assurance Maladie)

Si vous vous retrouvez en arrêt de travail pour maladie, que vous êtes en auto-entreprise et en droit de percevoir des indemnités journalières, vous êtes dans l'obligation de déclarer votre arrêt maladie. Pour déclarer votre arrêt maladie, il faut vous rendre chez un médecin traitant. Seul ce dernier (ou son remplaçant ou un médecin spécialiste) peut vous prescrire un arrêt de travail et déterminer sa durée. Cet arrêt de travail est composé de plusieurs volets. Il faut impérativement envoyé les deux premiers volets à votre CPAM dans un délai de 48 heures. Mais il est possible que le médecin traitant envoi l'arrêt par télétransmission directement.

Lire aussi: Auto-Entrepreneur Artisan: Guide Complet

Comment sont Calculées les Indemnités Journalières pour un Auto-Entrepreneur ?

Le montant des indemnités journalières correspond à 1/730 de votre revenu d'activité annuel moyen (RAAM). Cette moyenne ne peut être supérieure à la limite du plafond annuel de la sécurité sociale. Le montant du plafond correspond à celui en vigueur au jour du constat médical de l'incapacité de travailler.

Auto-Entrepreneur Artisan ou Commerçant

En 2025, les indemnités journalières des auto-entrepreneurs artisans et commerçants sont comprises entre 5,765 € et 63,52 € par jour. Ce montant maximum correspond à 1/730 du plafond de la sécurité sociale (PASS), c’est-à-dire 47 100 € en 2025. Notez que les auto-entrepreneurs ayant un revenu annuel moyen de moins de 4 208,80 € sur les 3 dernières années n’ont pas droit aux indemnités journalières.

Auto-Entrepreneur Exerçant une Activité Libérale

Pour les auto-entrepreneurs libéraux rattachés à la CIPAV, le montant de l’indemnité journalière est compris entre 22 € et 169,05 € par jour. Pour les autres professions libérales, le montant des indemnités est le même que pour les artisans et commerçants, soit maximum 64,52 € en 2025.

Exemples de Calcul

Exemple 1 : Mathilde (Artisan)

• 2022 : 18 000 €
• 2023 : 22 000 €
• 2024 : 27 000 €

1. Calcul du chiffre d’affaires moyen : (18 000 + 22 000 + 27 000) / 3 = 22 333 €
2. Application de l’abattement forfaitaire (50 %) : 22 333 € × 50 % = 11 166,50 € (RAAM)
3. Calcul de l’indemnité journalière : 11 166,50 € / 730 = 15,29 € par jour

Mathilde percevra donc 15,29 € bruts par jour au titre de l’indemnité journalière en 2025.

Exemple 2 : Léo (Profession Libérale)

• 2022 : 35 000 €
• 2023 : 45 000 €
• 2024 : 50 000 €

1. Calcul du chiffre d’affaires moyen : (35 000 + 45 000 + 50 000) / 3 = 43 333 €
2. Application de l’abattement de 34 % (BNC) : 43 333 € × 66 % = 28 599 € (RAAM)
3. Calcul de l’indemnité journalière : 28 599 € / 730 = 39,17 € par jour

Léo percevra donc 39,17 € bruts par jour en cas d’arrêt maladie.

Lire aussi: Micro-entreprise : Tout ce qu'il faut savoir

Où Envoyer son Arrêt de Travail Quand on est Auto-Entrepreneur ?

Si en tant qu'auto-entrepreneur vous souhaitez percevoir des indemnités journalières, il faut que la Caisse Primaire d'Assurance Maladie (CPAM) réceptionne votre arrêt de travail. Il y a deux cas de figure possibles :

• Si votre médecin ne vous a remis qu'une seule feuille : cela veut dire qu'il a télétransmis à votre CPAM le volet 1 et 2 de votre arrêt de travail. Le médecin ne peut néanmoins pas faire de télétransmission sans votre accord. Vous devez être prévenu de l'envoi de ce formulaire. Il ne vous reste donc plus que le volet 3. Et si vous êtes au chômage et percevez ou êtes susceptible de percevoir l’allocation des travailleurs indépendants (ATI), vous avez 48 heures maximum pour envoyer ce document à votre agence France Travail (ex Pôle Emploi).
• Si votre médecin vous a remis une prescription qui comporte 3 feuilles (donc 3 volets) : dans ce cas, vous avez maximum 48 heures pour envoyer les volets 1 et 2 à votre CPAM. Cet envoi se fait par courrier postal. Si vous êtes au chômage et percevez ou êtes susceptible de percevoir l’ATI, le volet 3 doit également être envoyé par courrier postal à votre agence France Travail (ex Pôle Emploi). Sinon, conservez le.

Comment sont Versées les Indemnités à l'Auto-Entrepreneur ?

Vous commencerez à percevoir des indemnités journalières à compter d'un délai de carence de 3 jours. Autrement dit, vous serez éligible aux indemnités journalières à partir du 4ème jour. Ce délai s'applique dès qu'un nouvel arrêt de travail débute.

Dans certains cas exceptionnels, le délai de carence ne s'applique pas. C'est le cas lors d'une prolongation d'arrêt, après une reprise de maximum 48 heures entre la fin du premier arrêt et le début de l'arrêt prolongé. C'est aussi le cas si votre arrêt est assimilé à une ALD (affectation de longue durée).

C'est votre CPAM qui vous versera le montant de vos indemnités journalières dues.

Durée d'Indemnisation

La période d’indemnisation en cas de maladie ou d’accident s’étend au maximum à :

• 360 jours en cas d’arrêt maladie, sur une période glissante de 3 ans au titre d'une ou de plusieurs maladies
• 90 jours en cas de temps partiel thérapeutique, sur une période de 3 ans également
• 3 ans pour les affections de longue durée (ALD) ou soins de longue durée (SLD). S’il s’agit d’un mi-temps dans ce cadre, cette période est limitée à 270 jours sur une période de 4 ans.

Tableau Récapitulatif des Conditions et Montants des Indemnités Journalières

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