Calcul et fonctionnement des indemnités journalières (IJ) pour les BNC et travailleurs indépendants

Vous avez un salarié en arrêt de travail pour cause de maladie ? Il peut alors bénéficier, sous certaines conditions, des indemnités journalières de Sécurité sociale (IJSS) pour compenser l’absence de salaire durant cette période. Pour le versement, deux possibilités : on passe soit par la CPAM, soit par l’employeur via la subrogation de salaire.

Qu’est‑ce que les indemnités journalières de Sécurité sociale (IJSS) ?

Les indemnités journalières de Sécurité sociale (IJSS) désignent une compensation financière fournie par l’Assurance maladie (CPAM) en cas d’arrêt de travail ou de certains congés indemnisés d’un salarié. Comme l’employeur ne verse plus de rémunération pendant cette période d’arrêt, les IJSS font office de revenus de remplacement.

Les indemnités journalières sont versées dans les cas suivants : Arrêt de travail : maladie non professionnelle, maladie professionnelle, accident du travail ou de trajet ; Congé maternité et assimilés : maternité, pathologique prénatal et postnatal, paternité, adoption, deuil ; Cure thermale ; Temps partiel thérapeutique.

Qui peut en bénéficier et quelles conditions ?

En général, les indemnités journalières de Sécurité sociale sont versées après un délai de carence de 3 jours (sauf exceptions). Mais tous les salariés ne peuvent pas forcément en bénéficier ! Pour un arrêt de travail de moins de 6 mois, il faut au moins remplir les conditions suivantes : Être affilié à un régime de Sécurité sociale (CPAM, MSA…) ; Avoir travaillé au moins 150 heures, au cours des 3 mois précédant l’arrêt de travail ; Avoir perçu une rémunération au moins égale à 1 015 fois le montant du smic horaire au cours des 6 derniers mois.

Pour un travailleur indépendant : Un indépendant doit être affilié depuis au moins 1 an à titre professionnel pour prétendre aux IJ. Vous devez bénéficier d'un arrêt de travail délivré par un médecin. Les indemnités journalières sont équivalentes à 1/730ème du Raam (Revenu d'activité annuel moyen) dans la limite du PASS (Plafond Annuel de la Sécurité sociale). Un délai de carence de 3 jours s'applique en cas d'hospitalisation et 7 jours en cas de maladie. Une assurance prévoyance reste indispensable pour compenser la perte de revenu.

Mode de versement et présence sur la fiche de paie

Tout dépend du mode de versement des indemnités journalières : Si c’est l’Assurance maladie qui verse directement les IJSS au salarié en arrêt de travail, alors il n’y a pas besoin de le noter sur le bulletin de paie (attention, en revanche, à bien indiquer la retenue sur salaire pour absence !) ; Si c’est l’employeur qui perçoit les IJSS de l’Assurance maladie puis les redistribue au salarié, alors il faut l’inscrire sur la fiche de paie dématérialisée ou papier, dans la catégorie des revenus de remplacement.

Subrogation de salaire : intérêt et conséquences comptables

Pourquoi passer par la subrogation de salaire ? Ce dispositif facultatif permet à l’employeur de remettre au collaborateur arrêté un salaire complet. Il verse les indemnités journalières et le complément de salaire. La subrogation permet à l’employeur d’avancer le montant des IJSS aux salariés. C’est donc lui qui recevra, par la suite, les indemnités par la caisse d’Assurance maladie. Il détient alors une créance envers les organismes sociaux. Il s’agit donc d’un flux financier à comptabiliser dans l’entreprise.

Si ce sont les organismes sociaux qui versent ces sommes compensatoires, alors il n’y a aucun impact supplémentaire sur la comptabilité de l’entreprise (il faut seulement constater la diminution du salaire brut dans les écritures de paie).

Comment comptabiliser les indemnités journalières versées aux salariés (subrogation)

Pendant le mois d’absence du salarié, l’employeur doit constater la créance envers les organismes sociaux. Pour ce faire, il réalise l’écriture comptable suivante : Débit du compte 4387 Organismes sociaux - Produits à recevoir ; Crédit du compte 641 Rémunération du personnel.

Puis lors du remboursement des IJSS : Débit du compte 512 Banque ; Crédit du compte 4387 Organismes sociaux - Produits à recevoir. L’employeur supprime ainsi le décalage entre la charge financière supportée par l’entreprise lors du versement du salaire et la réception des IJSS de la caisse de Sécurité sociale par la suite.

Bon à savoir : si la constatation de la créance et son remboursement se situent dans un même exercice comptable, vous n’avez pas besoin d’ajuster les avances de cotisations sociales sur les indemnités journalières. Par contre, si cette période couvre deux exercices, alors il est conseillé d’effectuer un ajustement avec l’écriture comptable suivante : Débit du compte 486 Charges constatées d’avance ; Crédit du compte 645 Charges sociales.

Comptabilisation des indemnités journalières versées aux non‑salariés

Pour les travailleurs indépendants, la comptabilisation des indemnités journalières est différente. Voici l’écriture pour ce cas particulier : Débit du compte 108 Compte de l’exploitant (pour les chefs d’entreprise individuelle) ; Crédit du compte 791 Transfert de charges d’exploitation.

Attention : dans les sociétés soumises à l’impôt sur les sociétés (IS), les indemnités journalières perçues par le dirigeant ne doivent pas être intégrées dans le bénéfice imposable, même si les cotisations sociales sont prises en charge par la société !

Calcul du montant des IJ : formule générale et plafonds

Le montant de l'indemnité journalière est égal à 1/730ème de la moyenne des revenus pris en compte pour le calcul des cotisations d’assurance maladie de l’assuré des trois années civiles précédant la date de la constatation médicale de l’incapacité de travail, dans la limite du plafond annuel mentionné à l’article L. 241-3 en vigueur à la date du constat médical.

Le montant des IJ des indépendants correspond à 1/730ᵉ du revenu annuel moyen (Raam), calculé sur les trois dernières années et limité au PASS (Plafond Annuel de la Sécurité sociale). Le calcul des indemnités journalières maladie des indépendants repose sur le revenu d’activité annuel moyen (Raam) des trois dernières années. L’Assurance Maladie applique la formule Raam/730, dans la limite du PASS (48 060 € en 2026).

Pour les professions libérales affiliées à la CNAVPL, votre indemnité correspond aussi à 1/730ᵉ du revenu annuel moyen des trois dernières années, mais elle est plafonnée à 3 fois le PASS ; Le plafond 2026 est donc de 197,51 € par jour.

Délai et durée d’indemnisation

Le versement des indemnités journalières des indépendants ne démarre pas immédiatement après l’arrêt de travail. L’Assurance Maladie applique un délai de carence, c’est‑à‑dire un laps de temps non indemnisé. 3 jours de carence en cas d’hospitalisation ; 7 jours de carence en cas de maladie ou d'accident. Ce délai ne s’applique pas en cas de prolongation d’arrêt, de maladie professionnelle, d’accident du travail ou de fausse couche.

Pendant combien de temps touche‑t‑on des IJ ? Pour une maladie ou un accident classique, le versement peut durer jusqu’à 360 jours sur une période de 3 ans ; Pour une affection de longue durée (ALD) ou des soins continus, les indemnités peuvent être versées pendant 3 ans maximum, sous réserve de la justification médicale. En cas de temps partiel thérapeutique, la durée est limitée à 90 jours (ou 270 jours si l’arrêt est lié à une ALD).

Pour les professions libérales affiliées à la CNAVPL, la CPAM applique aussi 3 jours de carence, mais elle verse vos indemnités journalières jusqu’au 90ᵉ jour d’arrêt. Passé ce délai, ce sont vos caisses de prévoyance obligatoires propres à chaque profession qui prennent le relais.

Cas particulier des avocats et de la CNBF

La couverture maladie des avocats est particulière : ils dépendent de la Caisse nationale des barreaux français (CNBF). Contrairement aux autres professions libérales, ils ne perçoivent aucune indemnité journalière de la Sécurité sociale. En cas d'arrêt de travail, c'est la CNBF qui prévoit une indemnité forfaitaire de 90 € par jour, mais seulement à partir du 91ᵉ jour d’arrêt de travail. Pour les trois premiers mois, les barreaux prévoient une couverture obligatoire complémentaire via la LPA ou AON, qui vous verse une indemnisation transitoire.

Montants pratiques et exemples pour 1 mois d’arrêt

Pour vous aider à mieux comprendre le montant des IJ alloué aux indépendants, voici un exemple pour 1 mois d'arrêt maladie (dont 3 jours de carence).

Profil	Revenu annuel moyen (Raam)	IJ par jour	Indemnité sur 27 jours	Montant net perçu en 1 mois
Marc, commerçant (SSI)	30 000 €	41,09 €	41,09 × 27 = 1 109,43 €	1 109 €
Sophie, graphiste micro‑entrepreneure (SSI)	13 200 € (après abattement)	18,08 €	18,08 × 27 = 488,16 €	488 €
Claire, kinésithérapeute (CNAVPL)	70 000 €	95,89 €	95,89 × 27 = 2 588,97 €	2 589 €

Calcul du Raam pour les auto‑entrepreneurs et professions

Le Raam correspond à la moyenne des revenus déclarés sur les trois dernières années civiles, hors chiffre d’affaires brut. Il s’agit du revenu net social, celui qui sert de base aux cotisations.

Pour les auto‑entrepreneurs, la Raam correspond à la moyenne de votre chiffre d'affaires annuel après un abattement forfaitaire : activités de vente : chiffre d’affaires moins 71 % d’abattement ; prestations de services BIC : chiffre d’affaires moins 50 % d’abattement ; activités libérales BNC : chiffre d’affaires moins 34 % d’abattement.

Fiscalité et cotisations

Les indemnités journalières des indépendants sont-elles imposables ? Les indemnités journalières versées aux indépendants entrent dans le calcul de l’impôt sur le revenu et sont également soumises à la CSG (6,2 %) et à la CRDS (0,5 %). Depuis 2019, le prélèvement à la source s’applique directement. Il existe toutefois une exception : les indemnités liées à une Affection Longue Durée (ALD) ne sont pas imposées.

Le montant de la cotisation recouvrée par l’URSSAF est de 0,3 % des revenus. Le seuil est de 40 % du PASS dans la limite de 3 PASS.

Congé maternité et IJM pour les indépendantes

En tant qu'indépendante (artisans, commerçantes, micro‑entrepreneures, professions libérales), vous bénéficiez d’un congé maternité indemnisé au même titre que les salariées. Les conditions : être affiliée depuis au moins 10 mois à la Sécurité sociale des indépendants et être à jour de vos cotisations.

Vous percevez alors deux types de prestations : L’allocation forfaitaire de repos maternel (AFRM) : elle est versée en deux fois, pour un montant total de 4 005 € en 2026. Une première moitié est versée au début de votre congé maternité et la seconde après votre accouchement ; Les indemnités journalières forfaitaires d’interruption d’activité (IJM) : elles sont fixées à 63,52 € par jour en 2026 et sont versées pendant toute la durée du congé maternité.

Pourquoi souscrire une prévoyance complémentaire ?

Les indemnités journalières de la Sécurité sociale des indépendants (SSI) ou de la CNAVPL assurent un minimum, mais elles couvrent rarement la perte réelle de revenus. Si votre revenu d'activité annuel sur les trois dernières années est bas, vous ne toucherez presque rien ce qui peut vite devenir très problématique pour vous et votre famille. La solution pour bénéficier d'une bonne protection sociale quand on est TNS : l'assurance prévoyance !

Un contrat bien choisi prend le relais dès la fin du délai de carence et compense totalement ou partiellement la perte de vos revenus. Il peut prévoir : des indemnités journalières complémentaires alignées sur vos revenus habituels ; une prise en charge en cas d’invalidité ou d’accident ; des garanties pour protéger votre famille (capital décès, rente éducation).

Le conseil : comment bien choisir sa prévoyance TNS ? Regardez le montant des IJ complémentaires prévu, la souplesse du contrat (franchise, délai de carence, exclusions), les garanties annexes utiles à votre métier (invalidité, incapacité, capital décès) et le tarif qui doit rester proportionné à votre chiffre d’affaires.

Points pratiques et démarches

Pour percevoir vos indemnités journalières, l’arrêt de travail doit être prescrit par un médecin. Le praticien envoie le document directement à l’Assurance Maladie via la télétransmission. S’il vous remet un formulaire papier, vous devez le transmettre vous‑même à votre caisse dans un délai de 48 heures.

Durant votre arrêt maladie, respectez ces différentes règles : interrompre totalement votre activité professionnelle ; respecter les horaires de présence au domicile fixés par la Sécurité sociale le cas échéant ; ne pas prolonger l’arrêt avec un autre médecin que celui qui l’a prescrit, sauf votre médecin traitant ; informer la caisse en cas de reprise anticipée du travail ou de déplacement exceptionnel.

Vous devez déclarer les indemnités perçues à votre assureur. En cas d’arrêt, vous devez transmettre votre avis d’arrêt de travail à votre CPAM dans les délais réglementaires. Le calcul repose sur les éléments sociaux connus de l’administration. Dans la majorité des cas, il n’est pas nécessaire d’adresser des justificatifs comptables supplémentaires. Si vous bénéficiez d’une prévoyance complémentaire, pensez à déclarer votre arrêt auprès de votre organisme assureur ou de votre caisse de prévoyance.

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Que retenir ?

Le montant de l’indemnité journalière correspond à 1/730ème du revenu annuel moyen (Raam) sur 3 ans, plafonné selon le régime.
Les délais de carence sont généralement de 3 jours (hospitalisation) ou 7 jours (maladie) pour les indépendants.
La subrogation impose une comptabilisation spécifique (créance sur organismes sociaux puis encaissement).
Les IJ de la CNAVPL sont plafonnées à 3 PASS et versées 90 jours par la CPAM avant relais par les caisses professionnelles.
La prévoyance complémentaire est souvent indispensable pour maintenir un niveau de revenu proche de l’habitude.

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