Assurance Maladie Auto-Entrepreneur: Tout ce que Vous Devez Savoir

En tant qu'auto-entrepreneur, vous vous interrogez peut-être sur votre éligibilité à l'Assurance Maladie et sur les modalités de couverture dont vous pouvez bénéficier. Harmonie Mutuelle vous aide à clarifier toutes les interrogations autour de votre protection sociale en tant qu'auto-entrepreneur.

Organisme d'Affiliation

Depuis le 1er janvier 2018, le Régime Social des Indépendants (RSI) a été remplacé par la Sécurité Sociale des Indépendants (SSI). En 2020, la SSI est définitivement devenue une branche du régime général. Cet organisme a pour mission de gérer spécifiquement la protection sociale des travailleurs non-salariés (TNS) dont font partie les auto-entrepreneurs. Cette intégration n'a pas entraîné de changements en termes de couverture sociale pour les auto-entrepreneurs. Leur prise en charge et leur indemnisation restent la même.

L’objectif de cette réforme ? Garantir aux travailleurs indépendants une gestion efficace de leur protection sociale. À côté, cette réforme est venue améliorer la gestion administrative en remplaçant le RSI, ce qui a rendu les démarches plus lisibles et plus efficaces.

Si vous êtes micro-entrepreneur, votre interlocuteur est donc la Caisse Primaire d’Assurance Maladie de votre lieu de résidence, comme pour les salariés. Les travailleurs indépendants disposent de la gestion de leur dossier d'assuré social par leur caisse primaire d'assurance maladie (CPAM) de résidence. Vous bénéficierez donc toujours du même organisme de sécurité social en tant qu'auto-entrepreneur ou salarié, à savoir la CPAM.

Tous les travailleurs indépendants, non soumis à un régime particulier, sont intégrés au régime obligatoire des indépendants de la Sécurité Sociale. A NOTER : La Sécurité Sociale des travailleurs Indépendants est obligatoire. L'affiliation est automatique dès lors qu’une création d’entreprise est réalisée. À ce titre, l’auto-entrepreneur doit à la sécurité sociale, en tant qu'indépendant, le versement de cotisations sociales.

Couverture Maladie et Remboursement des Frais Médicaux

Les indépendants, dont les auto-entrepreneurs, bénéficient de la même prise en charge que les salariés pour leurs frais de santé. Il n’y a donc pas de différence en ce qui concerne les taux de remboursement pour vos consultations, médicaments, soins ou encore hospitalisations. Toutefois, un micro-entrepreneur souhaitant souscrire à une complémentaire santé doit prendre en charge l’intégralité des frais liés à sa mutuelle.

CMU et Complémentaire Santé

Un micro-entrepreneur peut bénéficier de la Couverture Maladie Universelle (CMU) lorsque ses revenus ne dépassent pas un certain seuil. Elle permet d’accéder gratuitement à une meilleure couverture santé en donnant droit à la prise en charge de la part complémentaire des dépenses de santé.

Indemnités Journalières en Cas de Maladie ou d’Accident

Que vous soyez commerçant, artisan, libéral règlementé ou non règlementé, vous pouvez bénéficier d’indemnités journalières en cas de maladie ou d’accident. Toutefois vous devez remplir plusieurs conditions pour avoir le droit aux indemnités journalières :

Être inscrit à un régime obligatoire de la sécurité sociale depuis au moins un an (12 mois continus d’affiliation) au premier jour de l’arrêt. Si vous étiez soumis à un autre régime lors d’une précédente activité professionnelle, la période d’affiliation peut être comptée s’il n’y a pas eu d’interruption entre vos deux activités.
Être en activité au moment de l’arrêt de travail ou bénéficier d’un maintien de droit, à la date d’un certificat médical d’incapacité de travail.
Être à jour dans le paiement de vos cotisations sociales.
Avoir un revenu annuel supérieur à 4 383,20 € après abattement.

L'indemnité journalière est égale à 1/730e de votre revenu d’activité annuel moyen. Celui-ci est calculé sur la moyenne de vos revenus sur les 3 années civiles précédant la date de votre arrêt de travail.

Au-delà de 47 000 € de revenu annuel, vous touchez les IJ à leur maximum. En 2025, le montant maximal des IJ (indemnités journalières) maladie des auto-entrepreneurs s'élève à :

64.52€ par jour si vous êtes affilié au régime général pour votre retraite
190.55€ par jour si vous exercez une activité libérale affiliée à la Cipav

Ce revenu annuel est calculé sur la moyenne de vos revenus cotisés durant les 3 années civiles précédant la date de votre arrêt de travail.

Vous venez de débuter votre activité et n'avez pas encore atteint ce revenu annuel minimal ? Si vous aviez des droits ouverts dans votre activité antérieure, il est désormais possible de bénéficier d'indemnités journalières à ce titre. Pour plus de détails, rapprochez-vous de votre CPAM !

Par ailleurs, ne confondez pas revenu annuel et chiffre d’affaires ! En effet, afin de déterminer votre droit aux indemnités journalières, un abattement fiscal forfaitaire sera appliqué sur votre chiffre d'affaires :

71 % pour les activités commerciales
50 % pour les prestations de services artisanales et commerciales
34 % pour les activités libérales

Le résultat obtenu correspondra à votre revenu d’auto-entrepreneur.

Enfin, un délai de carence est appliqué entre le début effectif de votre arrêt de travail et le versement des indemnités journalières. Celui-ci est de 3 jours pour un arrêt supérieur à 7 jours ou en cas d’hospitalisation.

Indemnités Journalières et Chômage

Les indemnités journalières (IJ) vous sont versées par l’Assurance Maladie pour compenser la perte de vos allocations chômage pendant votre arrêt maladie. Vous pouvez les percevoir au terme d’un délai de carence de 3 jours, dès lors que vous remplissez les conditions. Elles sont versées en moyenne tous les 14 jours.

Critères pour Bénéficier des IJ Maladie

Vous pouvez percevoir des indemnités journalières (IJ) si vous êtes sans emploi et remplissez l'une des conditions suivantes :

vous percevez l'allocation des travailleurs indépendants (ATI) ;
ou vous avez perçu l’ATI au cours des 12 derniers mois ou vous avez cessé votre activité depuis moins de 12 mois.

Démarches pour Bénéficier de Vos Indemnités Journalières

Vos revenus sont transmis par l’Agence centrale des organismes de sécurité sociale (Acoss) à votre caisse primaire d’assurance maladie. Pour une évaluation correcte de votre indemnisation, veuillez donc à être à jour de vos déclarations.

Si vous êtes indemnisé par France Travail (ex-Pôle emploi) ou que vous l’avez été dans les 12 mois qui précèdent l’arrêt de travail, vous devez adresser à votre CPAM l'avis d'admission à l'allocation chômage et la dernière attestation de versement.

Montant de Vos Indemnités Journalières

Ce sont les revenus que vous génériez pendant vos 3 dernières années travaillées qui déterminent le montant de vos indemnités journalières, et non votre allocation chômage.

L'indemnité journalière que vous recevrez pendant votre arrêt maladie est égale à 1/730e de votre revenu d’activité annuel moyen (Raam). Celui-ci est calculé sur la moyenne de vos revenus cotisés des 3 années civiles précédant la date de votre arrêt de travail.

Vos revenus sont pris en compte pour chaque année concernée dans la limite du plafond annuel de la sécurité sociale (Pass) en vigueur au jour du constat médical de l’incapacité de travail, soit 47 100 € bruts (au 1er janvier 2025).

Même si la moyenne de vos 3 derniers revenus est supérieure à 47 100 € bruts, votre indemnité journalière ne pourra pas excéder le montant maximum de 64,52 € bruts (fixé au 1er janvier 2025).

L'indemnité journalière de l'Assurance Maladie n'est pas cumulable avec l'allocation chômage. Le versement de vos indemnités journalières pour maladie entraîne donc l'interruption des versements de France Travail (ex-Pôle emploi) pendant votre arrêt maladie. Cela reporte d'autant de jours vos droits à l'allocation chômage.

Pour les auto-entrepreneurs le revenu annuel correspond au chiffre d’affaires annuel diminué de l’abattement forfaitaire (71 % pour les activités de BIC Vente, 50 % pour BIC Prestations et 34 % pour BNC).

Les indemnités journalières forfaitaires maladie sont dues à compter du 4e jour d’arrêt de travail. Votre caisse primaire d'assurance maladie verse vos indemnités journalières tous les 14 jours en moyenne et vous adresse en même temps un relevé.

Pendant les 3 premiers jours de votre arrêt de travail, aucune indemnité journalière ne vous est versée ; c'est ce que l'on appelle le délai de carence. Il s'applique au début de chaque arrêt de travail.

Exceptions au Délai de Carence

Le délai de carence ne s'applique pas dans les cas suivants :

la reprise d'activité entre deux prescriptions d'arrêt de travail ne dépasse pas 48 heures ;
vous êtes en affection de longue durée (ALD) et vos arrêts de travail sont en rapport avec cette maladie.

Contrairement aux salariés, les auto-entrepreneurs ne disposent pas automatiquement d'une prévoyance santé. Vous pouvez ainsi, selon votre contrat d'assurance, percevoir des indemnités journalières plus avantageuses et sans délai de carence.

Congé Maternité

La durée maximale du congé maternité des indépendantes est en règle générale de 6 semaines avant la date présumée de l'accouchement et de 10 semaines après celui-ci, soit 112 jours au total comme pour les salariées.

Les femmes à la tête d’une auto-entreprise peuvent bénéficier d’allocations maternité sous deux conditions :

Être à jour de leurs cotisations obligatoires d'assurance maladie et maternité
Justifier de six mois d'affiliation au titre d'une activité non salariée (ou autre activité ou chômage, tant qu'il n'y a pas eu d'interruption entre ces affiliations)

Néanmoins, la durée de votre congé maternité varie selon :

le nombre d'enfants que vous attendez ;
le nombre d'enfants que vous avez déjà eus

Vous pouvez choisir de prendre un congé de maternité plus court que la durée maximale légale qui vous est présentée, mais pour percevoir vos indemnités journalières vous devez cesser votre activité professionnelle pendant au moins 8 semaines dont 6 après l’accouchement.

Il existe deux types d’allocation, cumulables là aussi sous conditions :

L’allocation forfaitaire de repos maternel
L'indemnité journalière forfaitaire d'interruption d'activité

Leur montant dépend des revenus des trois dernières années civiles qui précèdent la date du versement des allocations. L’année en cours n’est donc pas prise en compte. Attention, si votre revenu d'activité annuel moyen est inférieur à 4 383,20 €, le montant de vos prestations sera réduit à 10 % de l’allocation soit 392,50 €.

Souvenez-vous, le revenu annuel correspond à votre chiffre d’affaires auquel on applique un abattement de 71 %, 50 % ou 34 % selon votre activité !

Montants des Allocations Maternité (Au 1er Janvier 2025)

	Revenu annuel > à 4 383,20 €	Revenu annuel < à 4 383,20 €
Allocation forfaitaire de repos maternel	3 925 €	392,50 €
Montant maximum de l’indemnité journalière forfaitaire d'interruption d'activité	64,52 € par jour	6,45 € par jour

Dans les 4 mois suivant l’arrivée d’un nouvel enfant, les pères auto-entrepreneurs peuvent bénéficier sous conditions d’un congé paternité.

Le congé maternité en micro-entreprise

Cotisations Sociales

1 - Comment sont calculées mes cotisations sociales ?

Vos cotisations sociales sont calculées après application d’un taux sur votre chiffre d’affaires. Celui-ci varie en fonction de la catégorie de votre activité et s’élève à :

12,3 % pour les activités d’achat-vente de marchandises (BIC)
21,2 % pour les prestations de services commerciales ou artisanales (BIC)
24,6 % pour les autres prestations de services et les professions libérales affiliées au régime général pour leur retraite (BNC)
23,2 % pour les activités libérales affiliées à la Cipav

Si vous bénéficiez de l’Aide aux Créateurs et Repreneurs d'Entreprise (ACRE), ces taux sont réduits de 50 % durant les 12 premiers mois de votre activité. Vos cotisations sont prélevées chaque mois ou trimestre en fonction de la périodicité choisie pour la déclaration de votre chiffre d’affaires.

2 - À quoi servent mes cotisations sociales d’auto-entrepreneur ?

Concrètement, vous versez :

Une cotisation pour votre couverture maladie / maternité / paternité
Une cotisation supplémentaire d'indemnité journalière
Une cotisation pour les allocations familiales
Une cotisation pour votre retraite de base
Une cotisation au titre de votre retraite complémentaire obligatoire
Une cotisation au régime d'invalidité et décès
La CSG / CRDS

Lors du paiement de vos cotisations sociales, vous versez également :

La contribution à la formation professionnelle (CFP) qui vous ouvre des droits à la formation en tant qu'auto-entrepreneur.
Une taxe pour frais de chambre consulaire (TFCC) uniquement si vous micro-entrepreneur artisan ou commerçant
Le versement libératoire, uniquement si vous avez souscrit cette option fiscale

3 - Mon chiffre d’affaires est très faible et je verse peu de cotisations. Quelles sont les conséquences sur ma protection sociale ?

Le montant de vos cotisations varie en fonction de votre chiffre d’affaires. Les auto-entrepreneurs ayant des cotisations très faibles, voire nulles, peuvent alors être pénalisés pour leur retraite ou leurs indemnités journalières.

Afin de garantir votre protection sociale, vous pouvez choisir de payer des cotisations minimales, même en l’absence de chiffre d’affaires. Vous sortez ainsi du régime micro-social et basculez sur le régime des travailleurs indépendants « classiques ».

Dans ce cas, vous devrez en informer la CPAM, soit dans les 3 mois suivant la création de votre auto-entreprise ou avant le 31 octobre de l’année N pour une mise en application en année N+1.

4 - Je suis salarié et auto-entrepreneur. Suis-je doublement prélevé pour mes cotisations ?

La réponse est oui. En effet, lorsque vous exercez plusieurs activités (salariée et non salariée), vous êtes affilié et cotisez obligatoirement pour vos deux activités. Vous devrez donc payer des cotisations sociales au titre de votre activité indépendante d’auto-entrepreneur même si vous cotisez et bénéficiez déjà d’une couverture sociale par votre emploi de salarié.

5 - Je suis salarié et auto-entrepreneur. Quel est l’organisme qui me couvre pour ma protection santé ?

Votre statut de salarié vous permet d’être affilié au régime général de la CPAM.

Vous êtes devenu auto-entrepreneur alors que vous étiez déjà salarié ? Dans ce cas vous restez couvert au titre de votre emploi salarié par le régime général.

Vous étiez auto-entrepreneur avant d’être salarié ? Vous restez affilié à votre régime précédent en attendant que votre changement de situation soit pris en compte.

Retraite

Comme pour les travailleurs indépendants « classiques », le micro-entrepreneur va bénéficier du système de retraite. La validation d'un ou plusieurs trimestres va dépendre du volume de cotisations versées.

A noter : même en cas de cumul de plusieurs activités, il n'est pas possible de valider plus de 4 trimestres de retraite par an.

En qualité de micro-entrepreneur, vos cotisations sont calculées directement sur la base du chiffre d'affaires que vous déclarez. Vous avez cependant la possibilité d'opter pour le règlement de cotisations minimales.

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