Indemnités Journalières pour Auto-Entrepreneurs : Conditions et Procédures
Vous êtes un auto-entrepreneur et vous souhaitez connaître vos droits en matière d’arrêt maladie et de santé ? En cas d’arrêt de travail dû à une maladie, un auto-entrepreneur a droit à des indemnités journalières (IJ). Suivez le guide pour savoir si, selon votre situation, vous avez droit à une indemnisation en cas d'accident ou arrêt maladie en tant qu'auto-entrepreneur.
Il est important de noter qu'il existe une confusion entre micro-entrepreneur et auto-entrepreneur. La loi Pinel (2014) a fusionné ces 2 régimes le 1er janvier 2016, donc il s’agit désormais du même statut juridique.
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Conditions Générales pour Bénéficier des Indemnités Journalières
Pour bénéficier des indemnités journalières maladie en arrêt de travail, il faut que le travailleur indépendant se conforme à quelques conditions. Les auto-entrepreneurs commerçants ou artisans peuvent bénéficier d'indemnités journalières en cas d'arrêt de travail pour cause de maladie ou d'accident. Pour cela, il faut remplir les quatre conditions suivantes :
- Être affilié à un régime obligatoire de sécurité sociale pour une activité professionnelle pratiquée depuis au moins un an.
- Être inscrit à un régime obligatoire de la sécurité sociale depuis au moins un an (12 mois continus d’affiliation). Si vous étiez soumis à un autre régime lors d’une précédente activité professionnelle, la période d’affiliation peut être comptée s’il n’y a pas eu d’interruption entre vos deux activités.
- Être en activité au moment de l’arrêt de travail ou bénéficier d’un maintien de droit, à la date d’un certificat médical d’incapacité de travail.
- Être à jour dans le paiement de vos cotisations sociales.
- Avoir perçu un revenu professionnel moyen au cours des 3 dernières années civiles précédant l'arrêt de travail qui soit supérieur à 4 383,20 euros en 2025.
- Avoir un revenu annuel supérieur à 4 208,80 euros après abattement.
Si vous ne répondez pas aux conditions d’accès aux indemnités journalières, contactez votre Caisse primaire d’assurance maladie (CPAM) pour savoir si vous bénéficiez d’un maintien de droit au titre d’une précédente activité.
Petite précision : la couverture des auto-entrepreneurs n’est pas la même que celle des salariés.
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Conditions Supplémentaires Selon la Durée de l'Arrêt
Les conditions d'accès aux indemnités journalières varient en fonction de la durée de l'arrêt de travail :
- Pour un arrêt de travail inférieur à 6 mois : Le professionnel doit avoir minimum 150 heures de travail au compteur au cours des trois mois ou 90 jours précédant son arrêt de travail.
- Pour un arrêt de travail supérieur à 6 mois : Le professionnel doit avoir effectué au moins 600 heures de travail au cours des 12 derniers mois ou 365 jours qui précèdent l’arrêt de travail. De plus, il doit prouver son affiliation auprès de l’Assurance maladie pendant au moins 12 mois.
- Pour une activité discontinue ou saisonnière : Le travailleur doit pouvoir compter 600 heures de travail au cours des 12 mois de l’année civile ou 365 jours consécutifs précédent son arrêt de travail ou avoir cotisé l’équivalent de 2 030 fois le montant du SMIC horaire au cours des 12 mois civils avant l’arrêts de travail.
Affiliation à la Sécurité Sociale : SSI ou CIPAV
Pour être automatiquement rattaché à la Sécurité sociale des auto-entrepreneurs, vous devez avoir ouvert votre micro-entreprise libérale après le 1er janvier 2018. En effet, les activités libérales ayant débuté avant 2018 étaient rattachées à la Cipav et n’avaient pas droit aux indemnités en cas d’arrêt de travail (maladie ou accident).
Cas 1 - Vous êtes affilié à la Sécurité sociale des indépendants (SSI)
Si vous exercez une profession libérale non réglementée et êtes affilié au régime général pour votre retraite, vous respectez les mêmes conditions que les artisans et commerçants (article L131-6 du Code de la sécurité sociale).
Les personnes ayant début leur activité avant 2018 avaient jusqu'au 31 décembre 2023 pour demander à rejoindre le régime général de la sécurité sociale. Ces micro-entrepreneurs sont aujourd'hui affiliés à la Cipav.
Cas 2 - Vous êtes affilié à la Cipav
Depuis la loi de financement pour la sécurité sociale de 2021, les indemnités journalières en cas de maladie ou accident sont enfin ouvertes aux professions libérales affiliées à la Cipav.
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Il vous faudra alors répondre aux conditions suivantes :
- Avoir un revenu annuel au moins égal à 4 208,80 € (soit 10 % du Plafond Annuel de la Sécurité Sociale ou PASS).
- Être affilié depuis au moins 1 an à la Cipav, à partir de la date de l’arrêt de travail.
Seule une série précise d’activités réglementées sont obligatoirement rattachées à la Cipav pour leur protection sociale.
Calcul des Indemnités Journalières
Pour une raison de parité entre l’ensemble des catégories de profession, le montant des indemnités journalières versées aux indépendants en cas de maladie varie en fonction des revenus professionnel ou du chiffre d’affaires. L’indemnité journalière représente 1/730e du revenu moyen des trois dernières années civiles.
Modalités de calcul si vous êtes affilié au régime général
Le montant de votre indemnité journalière correspond à 1/730e de votre revenu d'activité annuel moyen (RAAM) des trois dernières années :
Par exemple, en tant qu'auto-entrepreneur, Emmanuelle enregistre un revenu d'activité annuel moyen (RAAM) de 12 000 euros sur les 3 années précédentes. Le montant de son indemnité journalière s’élèvera à 16 euros, puis que 1/730 x 12 000 = 16.
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En 2024, les indemnités journalières des auto-entrepreneurs artisans et commerçants sont comprises entre 5,765 € et 63,52 € par jour. Ce montant maximum correspond à 1/730 du plafond de la sécurité sociale (PASS), c’est-à-dire 46 368 € en 2024.
Notez que les auto-entrepreneurs ayant un revenu annuel moyen de moins de 4 208,80 € sur les 3 dernières années n’ont pas droit aux indemnités journalières. Vous pouvez cependant y avoir droit, exceptionnellement, si vous avez opté pour le versement d’une cotisation minimale indemnité journalière.
Modalités de calcul pour les libéraux affiliés à la CIPAV
Les règles de calcul sont identiques à celles du régime général : le montant de vos indemnités journalières correspond à 1/730 votre revenu d'activité annuel moyen (RAAM) des 3 dernières années. Cette moyenne de vos revenus est plafonnée à 139 104 euros brut, soit 3 fois le montant du PASS (46 368 € en 2024). Ainsi, ce plafond limite votre indemnité journalière à 190,55 euros par jour maximum.
La loi de financement de la sécurité sociale 2023 a reconduit la mesure dérogatoire pour le calcul des arrêts de travail des travailleurs indépendants (y compris en micro-entreprise).
| Situation | Calcul de l'indemnité journalière | Plafond journalier (2024) |
|---|---|---|
| Régime général (artisans, commerçants) | 1/730 du RAAM des 3 dernières années | 63,52 € |
| CIPAV (professions libérales) | 1/730 du RAAM des 3 dernières années | 190,55 € |
Durée d'Indemnisation
Le paiement de l’indemnité journalière pour l’auto-entrepreneur varie suivant le type de maladie.
Si vous êtes affilié au régime général
La période d’indemnisation en cas de maladie ou d’accident s’étend au maximum à :
- 360 jours en cas d’arrêt maladie, sur une période glissante de 3 ans au titre d'une ou de plusieurs maladies.
- 90 jours en cas de temps partiel thérapeutique, sur une période de 3 ans également.
- 3 ans pour les affections de longue durée (ALD) ou soins de longue durée (SLD). S’il s’agit d’un mi-temps dans ce cadre, cette période est limitée à 270 jours sur une période de 4 ans.
En cas de temps partiel thérapeutique, les auto-entrepreneurs peuvent recevoir une indemnité journalière, sous certaines conditions et pour une durée limitée, si :
- leur activité professionnelle aide à améliorer leur état de santé.
- ou facilite leur rééducation ou réadaptation professionnelle pour reprendre une activité adaptée à leur état de santé.
Un auto-entrepreneur n’a pas besoin d’avoir été en arrêt de travail indemnisé à temps complet pour pouvoir bénéficier du temps partiel thérapeutique.
Si vous êtes affilié à la Cipav
Si vous êtes un professionnel libéral affilié à la Cipav, vous serez indemnisé pour une période maximale de 90 jours, moins 3 jours de carence (donc 87 jours d’indemnisation).
Délai de Carence
Comme pour les salariés, les auto-entrepreneurs sont soumis à un délai de carence entre le début effectif de votre arrêt de travail et le versement des indemnités. Celui-ci est de 3 jours pour un arrêt supérieur à 7 jours ou en cas d’hospitalisation.
Pour déclencher l’indemnisation, vous devrez faire parvenir les 2 premiers volets de votre arrêt de travail dans les 48 heures à la CPAM. Si vous cumulez votre micro-entreprise avec un emploi salarié, votre employeur devra en plus transmettre le formulaire Cerfa 11135*04 à la CPAM ou en ligne sur le site ameli.fr.
Pour compléter vos indemnités journalières de travailleur indépendant, vous pouvez souscrire une assurance prévoyance santé (ou mutuelle santé). Cette assurance permet une prise en charge élargie de vos frais de santé en cas d’arrêt partiel, temporaire ou définitif.
Cumul Auto-Entreprise et Emploi Salarié
Si vous êtes salarié et auto-entrepreneur à titre complémentaire, vous restez affilié au régime général de la sécurité sociale en tant que salarié. Le calcul de vos indemnités journalières se base alors sur votre salaire, sans tenir compte de vos revenus d’auto-entrepreneur. La situation diffère si vous êtes auto-entrepreneur à titre principal, vous serez couvert en cas de maladie en tant qu’indépendant au sein du régime général.
En tant que travailleur « polyactif », vous avez le droit de choisir librement votre régime de protection sociale.
Si vous cumulez votre micro-entreprise avec un emploi salarié, votre employeur devra en plus transmettre le formulaire Cerfa 11135*04 à la CPAM ou en ligne sur le site ameli.fr.
Conditions d'accès aux indemnités journalières pour un arrêt de travail de moins de 6 mois
Pour être en mesure de toucher des indemnités en tant qu’indépendant et salarié, vous devez répondre l’un de ces deux critères :
- Cumuler 150 heures de travail salarié sur une période 90 jours avant l’arrêt maladie ou accident (soit trois mois civils).
- Sur une période de 6 mois avant l’arrêt de travail, avoir réglé vos cotisations sur un salaire dont le montant est au moins équivalent à 1 015 fois le montant du SMIC horaire (11,88 € brut au 1er novembre 2024). Cela correspond à 12 058,20 euros brut à partir du 1er novembre 2024.
Conditions d'accès aux indemnités journalières pour un arrêt de travail de plus de 6 mois
Si la durée de votre arrêt de travail s’étend sur plus de six mois, vous bénéficiez d’une indemnisation seulement si vous répondez à l’une de ces deux situations :
- Vous êtes immatriculé auprès de l’Assurance maladie depuis au moins 12 mois à la date du constat médical ET vous cumulez au moins 600 heures de travail sur ces 12 mois civils précédant votre arrêt (soit 365 jours).
- Sur une période de 12 mois avant l’arrêt de travail, avoir réglé vos cotisations sur un salaire dont le montant est au moins équivalent à 2 030 fois le montant du SMIC horaire (11,88 € brut). Cela correspond à 24 140,16 euros brut à partir du 1er novembre 2024.
Démarches à Suivre en Cas d'Arrêt Maladie
La procédure à suivre pour déclarer un arrêt maladie en tant qu’auto-entrepreneur est la même que pour les salariés.
Checklist
Pour déclarer votre arrêt, vous devez :
- Transmettre les volets 1 et 2 de votre arrêt maladie à la CPAM dans les 48 heures.
- Respecter les heures de présence obligatoire à domicile.
- Stopper réellement votre activité professionnelle.
Notez que votre médecin peut opter avec votre accord pour la télétransmission auprès de l'assurance maladie. Dans ce cas, vous ne recevrez qu’une seule feuille.
Arrêt Maladie et Activité Professionnelle : Ce Qu'il Faut Savoir
Il est interdit au patient de s'engager dans une quelconque activité (professionnelle ou non, rémunérée ou non) sans l'autorisation explicite du médecin prescripteur de l'arrêt de travail. Si, de manière exceptionnelle et conformément aux dispositions de l’article L.323-6 du Code de la Sécurité Sociale, le médecin juge que son patient peut exercer une activité durant son arrêt de travail, il doit le mentionner clairement lors de la rédaction de l'avis d'arrêt de travail.
Un salarié en arrêt maladie peut devenir auto-entrepreneur, à condition de respecter certains critères. La création d'une auto-entreprise n'affecte pas ses obligations envers son employeur, ni les indemnités journalières versées par la caisse d’assurance maladie. Cependant, il doit respecter une clause de non-concurrence et ne pas exercer une activité similaire à celle de son employeur ou liée à son arrêt maladie. De plus, l’auto-entrepreneur doit se conformer aux horaires de sorties imposés par son arrêt maladie. Enfin, il est recommandé de vérifier le contrat de travail pour s'assurer qu'il n'interdit pas l'exercice d'une activité indépendante et, si nécessaire, demander l'autorisation de l'employeur.
L’auto-entrepreneur en arrêt maladie doit-il déclarer ses indemnités journalières aux impôts ? Il n'est pas nécessaire de déclarer vos indemnités journalières aux impôts en cas d’arrêt maladie. Les indemnités journalières versées par l'assurance maladie aux auto-entrepreneurs sont déjà soumises à la CSG et à la CRDS.
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