Comment fonctionne le financement de la recherche médicale

Le financement de la recherche médicale met en jeu un ensemble complexe de mécanismes publics et privés, à différentes échelles, depuis la définition de politiques nationales jusqu’au montage budgétaire précis d’un essai clinique. Le financement de la recherche constitue à l’évidence un enjeu national majeur : bien sûr, pour les professionnels de la recherche (chercheurs, enseignants-chercheurs, cliniciens-chercheurs, ingénieurs, techniciens et administratifs), qui ont choisi de faire l’acquisition de nouvelles connaissances et de leurs applications éventuelles un objectif prioritaire de leur activité ; pour les jeunes scientifiques également (étudiants, doctorants, post-doctorants et autres personnels contractuels), qui sont formés dans nos laboratoires et dans nos universités et bénéficieront grandement de cette formation par la recherche pour leur orientation professionnelle future ; enfin, beaucoup plus largement, pour l’ensemble de la population qui, elle, attend légitimement des « retombées » concrètes de nos recherches dans sa vie quotidienne, notamment pour sa santé.

De l’organisation historique aux dispositifs actuels

La création de la Délégation générale à la recherche scientifique et technique (DGRST) en 1961 a marqué une étape importante de la recherche en France, en ce qu’elle témoignait pour la première fois de la volonté politique de l’État d’organiser et de financer la recherche sous ses différentes formes, fondamentale et appliquée, au niveau national et dans le contexte de la recherche internationale, en associant étroitement les chercheurs aux choix de ses orientations [1]. Pendant une vingtaine d’années, la DGRST a démontré son efficacité ; elle a en effet financé chaque année près de 600 projets et une centaine de dépôts de brevets.

Aujourd’hui, 55 ans plus tard, de nombreux gouvernements se sont succédés. L’Agence nationale de la recherche (ANR) et ses « défis nationaux » ont remplacé la DGRST et ses « actions concertées ». L’ANR, qui a été créée en 2005, avait précisément pour mission de financer et de promouvoir les recherches fondamentales et finalisées sur des projets identifiés. Malheureusement, son budget a été régulièrement réduit depuis dix ans, passant de 850 M€ à un peu plus de 500 M€, ce qui a rendu cet objectif initial totalement irréaliste.

Investissements d’avenir et structuration

Les programmes d’investissements d’avenir (PIA-1 lancé en 2010 et PIA-2, en 2014) ont permis, il est vrai, de financer un nombre élevé d’initiatives dites « d’excellence » (Labex1, Equipex2, Idex3, cohortes, infrastructures, etc.). En favorisant la création de réseaux locaux de laboratoires sur des thématiques communes, notamment via les Labex, ou en permettant l’acquisition d’équipements sophistiqués et coûteux utilisés par différentes équipes (via les Equipex), les PIA ont certainement joué un rôle favorable pour la structuration de la recherche au niveau national. L’annonce du PIA-3 rassure sur la stabilisation de certaines infrastructures devenues essentielles. Mais les PIA ne constituent cependant pas, en soi, une réponse exhaustive, au quotidien, à la question du financement de la recherche.

Les canaux budgétaires publics et leur répartition

En 2023, les dépenses totales des administrations pour leur activité de R&D sont de 24,3 Md€. En 2023, le secteur des administrations dispose de 24,3 Md€ de ressources pour l’ensemble de son activité de R&D (dépenses pour des travaux réalisés en interne ou sous-traités à l’extérieur). Le financement de la recherche dans le secteur des administrations provient essentiellement des crédits budgétaires de la mission interministérielle recherche et enseignement supérieur (Mires, 47 %) et dans une moindre mesure de contributions d’autres crédits budgétaires hors Mires (12 %).

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La struture de financement est très différente selon le type d’administration concerné. En effet, les dotations budgétaires de l’État représentent 65 % des ressources des établissements d’enseignement supérieur et de recherche - hors centres hospitaliers universitaire (CHU) et centres de lutte contre le cancer (CLCC) - et 69 % des ressources des organismes de recherche et autres EPA et services ministériels. En 2023, 65 % des financements contractuels des administrations sont issus du secteur public, soit 4,1 Md€ (graphique 48.04). Parmi ces financements publics contractuels, un peu plus de la moitié (55 %) proviennnent de financeurs directs (dont l’ANR, l’Ademe, l’Inca, Bpifrance, la Caisse des dépôts et consignations, des collectivités territoriales, l’Inserm, l’ANRS). Les entreprises implantées en France apportent 0,9 Md€ de ressources contractuelles au secteur des administrations, soit 14 % des ressources contractuelles. Parmi les financeurs publics directs, l’ANR fournit à elle seule 1,5 Md€ au secteur des administrations, soit 24 % de l’ensemble de leurs ressources contractuelles (graphique 48.05).

En 2023, les ressources propres représentent 15 % du financement de la R&D du secteur des administrations (graphique 48.02). Elles proviennent principalement des redevances de la propriété intellectuelle, des dons, des legs et des prestations de services. Les CHU dépendent surtout de ressources propres (75 % de leurs ressources), pour l’essentiel composées de dotations au titre de la mission d’enseignement, de recherche, de référence et d’innovation (Merri), complétées par des ressources sur contrat, à hauteur de 25 %.

EESRI n°13 : En 2017, les dotations budgétaires consommées par la recherche publique pour la R&D s’élèvent à 12,5 milliards d’euros (Md€) et financent 61 % de l’activité totale de R&D des administrations. Les ressources propres représentent 8,0 Md€ et apportent 39 % des financements du secteur public. EESRI n°12 : En 2016, les dotations budgétaires consommées par la recherche publique pour la R&D s’élèvent à près de 12,3 milliards d’euros (Md€) et financent 63 % de l’activité totale de R&D des administrations. EESRI n°11 : En 2015, les dotations budgétaires consommées par la recherche publique pour la R&D s’élèvent à près de 13,3 milliards d’euros (Md€) et financent 65 % de l’activité totale de R&D des administrations.

Agences, appels à projets et contraintes de sélection

Avec un ciblage de ses appels à projets souvent trop restrictif sur le plan thématique et un taux de sélection généralement inférieur à 10 %, il est clair que l’ANR ne peut pas remplir sa mission de manière satisfaisante, laissant un grand nombre d’équipes, pourtant de bon ou très bon niveau, dans l’impossibilité de mener les projets innovants qu’elles proposent. Une augmentation sensible du budget de l’ANR, son doublement sur quelques années (ce qui permettrait d’atteindre un taux de sélection de l’ordre de 20 % constituant un seuil « raisonnable » pour tous les comités scientifiques) apparaît donc, aujourd’hui, comme une nécessité absolue afin d’atteindre un niveau « acceptable » de financement de la recherche.

Dans le même temps, les universités et les organismes de recherche, Inserm et CNRS notamment, sont confrontés à une stagnation, voire une diminution de leurs budgets. Cet état les contraint à limiter à la fois les financements de projets scientifiques réalisés sur appels d’offres mais aussi le taux de recrutements de chercheurs, ingénieurs, techniciens ou administratifs qui sont actuellement à des niveaux historiquement très bas.

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Programmes ciblés et attractivité des talents

Une exception notable cependant : le programme conjoint Atip-Avenir4. Ce programme de soutien à la création de jeunes équipes, à un haut niveau international, dont il faut souligner le succès, constitue aujourd’hui l’un des meilleurs facteurs d’attractivité des laboratoires français pour de jeunes scientifiques, qu’ils soient français ou étrangers. Les organismes de recherche, en partenariat avec les universités, ont su restructurer de manière efficace la recherche française.

Réglementation, ressources humaines et temporalités

On comprend, bien sûr, que la crise économique mondiale qui sévit depuis 2008 a sensiblement compliqué l’équation politique gouvernementale, a attisé les tensions sociales et les revendications catégorielles et a conduit, trop souvent, à une gestion à court terme, dans l’urgence. Or on sait bien que la recherche est lente. Elle ne se planifie pas, ou très peu.

En complément de ces graves difficultés d’ordre budgétaire, nombre d’équipes et de jeunes chercheurs doivent affronter les effets pervers de la loi Sauvadet telle qu’elle est appliquée dans le monde de la recherche. En effet, cette loi limite à 6 ans (dans la pratique, souvent plutôt 5 ans) la durée des contrats à durée déterminée afin de modérer l’emploi précaire, alors que, simultanément, la raréfaction des postes de jeunes chercheurs offerts aux concours par les organismes de recherche (mentionnée plus haut) conduit de facto à un allongement de la période post-doctorale… Comment, dans ces conditions, continuer d’attirer vers la recherche nos étudiants les plus brillants ?

Le maillon hospitalier et la recherche clinique

Les problématiques de santé sont nombreuses et variées : la recherche clinique apparait comme l’un des moyens d’y apporter des solutions. Toutefois, la mise en œuvre des essais cliniques représente un coût. La réglementation des essais cliniques s’est durci afin de renforcer la sécurité des participant, toutefois cela a également impacté le promoteur qui se voit dans l’obligation de financer les surcoûts hospitalier. Il faut donc réaliser un important travail d’anticipation afin de déterminer le budget nécessaire pour la réalisation de l’étude. Lorsque le coût total de l’étude est déterminé, la recherche de financements peut démarrer.

Les sources en sont nombreuses, publics et privés. Bien que les sources privées fournissent des financements plus importants, le financement public permet de soutenir des thématiques spécifiques et d’encourager le développement de la recherche clinique en France. Le but de ce mémoire est de présenter les sources de financement actuellement disponible pour la réalisation des essais cliniques ; avec dans un premier temps l’impact sur le financement de la réglementation actuelle, les postes importants de dépenses à prendre en compte lors de la mise en œuvre d’un essai clinique et enfin la présentation des différentes sources de financements disponibles.

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Partenariats public-privé, transfert et innovation

Dans ce contexte globalement difficile, le financement des applications de la recherche peut apparaître comme un îlot privilégié, l’œil du cyclone en quelque sorte, même si la réalité est sensiblement plus complexe. Les nouvelles sociétés d’accélération de transfert de technologies (les SATT) issues du PIA, dans un partenariat qui a été négocié avec des structures plus anciennes, comme Inserm-transfert (pour l’Inserm), ou FIST5 (pour le CNRS), contribuent activement à la détection de projets de recherche présentant des possibilités de transfert de technologies, ainsi qu’au financement de leur maturation.

Même si l’efficacité réelle de ces nouvelles structures (qui n’ont que 3 ou 4 ans d’existence) en termes de valorisation (créations de start-up et prises de licences par des industriels) reste à démontrer sur le long terme, elles participent à la création ou au renforcement de réseaux d’interactions entre les chercheurs académiques et la R&D industrielle ; en cela, elles jouent pleinement leur rôle aux côtés d’autres structures comme les pôles de compétitivité ou les instituts Carnot. L’ANR et la Communauté européenne soutiennent aussi les partenariats public-privé.

Elles encouragent également des initiatives comme le crédit d’impôt recherche (CIR), souvent décrié par de nombreux chercheurs parce qu’il représente des sommes considérables (plus de 5 Md€ par an) au regard des budgets actuels de la recherche alloués pourtant sans beaucoup de discrimination, sur des critères souvent très larges. Il constitue cependant un soutien important aux industriels, qu’ils soient petits ou gros, et plusieurs études ont démontré son rôle très positif dans le transfert de technologies [4]. Pourtant, ne pourrait-on pas envisager, ou rêver peut-être, d’une réforme de ce dispositif ? Elle viserait, par la mise en place de critères d’éligibilité ou de contrôles a posteriori plus stricts, à limiter quelque peu le montant global du CIR (10 à 20 % par exemple, soit 500 M€ à 1 Md€ environ), afin d’abonder d’autant le financement global de la recherche en France, via l’ANR ou les organismes de recherche. En effet, rappelons qu’une augmentation de 500 M€ du budget de l’ANR représenterait un doublement de son budget actuel.

Fondations, associations et générosité publique

De ce constat d’insuffisance flagrante du budget de l’ANR et d’une stagnation préoccupante de celui des organismes de recherche et des universités, il découle que le rôle des fondations et associations caritatives est allé croissant au cours des dernières décennies, tant pour un soutien pluriannuel aux équipes de recherche, particulièrement utile, essentiel même en cette période difficile, que pour le financement de projets ou de salaires de jeunes chercheurs et ingénieurs. C’est dire que le succès d’une part de plus en plus importante des projets de recherche menés dans les laboratoires français repose désormais sur la générosité publique.

Grâce à vous, la Fondation pour la Recherche Médicale soutient depuis plus de 75 ans, de manière indépendante, des projets pluridisciplinaires et innovants qui peuvent améliorer et sauver des vies. 1er financeur sans but lucratif soutenant l'ensemble de la recherche médicale publique en France 58,8 m€ alloués à des projets de recherche par la Fondation pour la Recherche Médicale sur le territoire français en 2025 427 nouveaux projets de recherche financés en 2025 1 082 articles publiés en 2025 en lien avec des projets soutenus par la Fondation pour la Recherche Médicale. Cette situation n’a en soi rien d’exceptionnel par rapport à des pays voisins, ni d’anormal, mais elle suscite deux types de remarques : d’abord, la plupart des fondations et associations caritatives, à l’exception notable de la Fondation pour la recherche médicale (FRM) qui a une vocation généraliste, ont fait le choix très compréhensible de cibler leur soutien sur une pathologie particulière (cancer, maladie d’Alzheimer, maladie de Crohn, etc.) ou sur un groupe de pathologies (maladies génétiques, par exemple) en fonction des motivations des patients qu’elles représentent ; certaines équipes de recherche n’ont donc que peu accès à ces soutiens pourtant importants (on pense notamment aux équipes travaillant en biologie végétale, biologie structurale, reproduction, etc.), quelle que soit la qualité de leurs projets.

L’ancrage européen et la compétition internationale

La stratégie européenne de Lisbonne, énoncée en 2000, a donc échoué. Elle visait à « devenir l’économie de la connaissance la plus compétitive et la plus dynamique du monde, capable d’une croissance économique durable accompagnée d’une amélioration quantitative et qualitative de l’emploi et d’une plus grande cohésion sociale ». La politique européenne de la recherche a également échoué, sans doute pour des raisons multiples, en particulier d’ordre politique, mais aussi parce que les efforts budgétaires nécessaires pour dynamiser la recherche ont été insuffisants ; au sein de l’Europe, la France a fait encore moins bien que d’autres pays, comme l’Allemagne ou la Suède, sans parler, toutes proportions gardées, du Japon ou des États-Unis.

Aujourd’hui, la stratégie Europe 2020 [5] a repris l’objectif de la stratégie de Lisbonne, celui d’un budget de la recherche équivalent à 3 % du produit intérieur brut et elle a réaffirmé que l’innovation constitue, avec l’accroissement du taux d’emploi et la durabilité de la croissance, l’un des trois piliers de son développement. Or, c’est bien de la recherche que dépend l’innovation : au-delà des mots, il semble donc urgent que l’Europe et notamment la France prennent la mesure du retard que leur recherche a pris, y compris la recherche médicale, et qu’elles sont en train de prendre face à un nombre croissant d’autres pays dans le monde.

Terrain: essais cliniques et alliances industrielles

Les fonds publics étant souvent insuffisants pour lancer de nouveaux traitements, les experts de la recherche médicale sont régulièrement contraints de faire alliance avec les laboratoires pharmaceutiques. C’était en septembre dernier, à Barcelone. Rendez-vous incontournable de la cancérologie européenne, le congrès de l’Esmo (European Society for Medical Oncology) attirait 40 000 visiteurs venus du monde entier. Passé le brouhaha de la zone de conférences, des hangars abritaient de grands bunkers blancs impénétrables, dédiés aux laboratoires pharmaceutiques. C’est là que se sont négociés bon nombre d’essais cliniques pour les années à venir. Des coups à ne pas rater pour les cliniciens, soucieux de trouver des financements pour développer leurs traitements innovants.

Définitions, périmètres et circuits spécifiques

Le secteur des administrations regroupe les organismes publics de R&D (EPST et EPIC), les établissements publics d'enseignement supérieur et de recherche, les centres hospitaliers universitaires et les centres de lutte contre le cancer (CHU et CLCC), les institutions sans but lucratif (ISBL) ainsi que les services ministériels civils ou militaires finançant ou exécutant des travaux de R&D. Le secteur des entreprises englobe les entreprises, publiques ou privées, ayant une activité de R&D. Sont classées en dotations budgétaires de l’État : les dotations pour service public, les dotations de fonctionnement et les dotations d’investissement.

Les ressources contractuelles correspondent aux ressources en provenance d’un tiers au titre de contrats, conventions ou subventions, catégories de ressources qui obligent l'exécutant à respecter un programme de recherche ou à construire un équipement donné. Les dotations spécifiques au titre de missions d’intérêt général, mission d’enseignement, de recherche, de référence et d’innovation (Merri) du ministère en charge de la santé ne sont pas comptabilisées dans les ressources budgétaires de l’État, car elles sont comptabilisées dans les comptes de la sécurité sociale. Le budget total de R&D correspond à la somme de la dépense intérieure de R&D et de la dépense extérieure de R&D.

Pistes de renforcement: marges d’action et leviers

Il constitue cependant un soutien important aux industriels, qu’ils soient petits ou gros, et plusieurs études ont démontré son rôle très positif dans le transfert de technologies [4]. Pourtant, ne pourrait-on pas envisager, ou rêver peut-être, d’une réforme de ce dispositif ? Elle viserait, par la mise en place de critères d’éligibilité ou de contrôles a posteriori plus stricts, à limiter quelque peu le montant global du CIR (10 à 20 % par exemple, soit 500 M€ à 1 Md€ environ), afin d’abonder d’autant le financement global de la recherche en France, via l’ANR ou les organismes de recherche. En effet, rappelons qu’une augmentation de 500 M€ du budget de l’ANR représenterait un doublement de son budget actuel.

Réduire des procédures administratives qui n’ont fait que s’accroître au cours des dernières années.

Dynamique et limites du modèle actuel

Dans le même temps, les universités et les organismes de recherche, Inserm et CNRS notamment, sont confrontés à une stagnation, voire une diminution de leurs budgets. Cette situation n’a en soi rien d’exceptionnel par rapport à des pays voisins, ni d’anormal, mais elle suscite deux types de remarques : d’abord, la plupart des fondations et associations caritatives, à l’exception notable de la Fondation pour la recherche médicale (FRM) qui a une vocation généraliste, ont fait le choix très compréhensible de cibler leur soutien sur une pathologie particulière (cancer, maladie d’Alzheimer, maladie de Crohn, etc.) ou sur un groupe de pathologies (maladies génétiques, par exemple) en fonction des motivations des patients qu’elles représentent ; certaines équipes de recherche n’ont donc que peu accès à ces soutiens pourtant importants (on pense notamment aux équipes travaillant en biologie végétale, biologie structurale, reproduction, etc.), quelle que soit la qualité de leurs projets.

Contrairement à ce qui s’est produit dans des pays voisins, le financement français de la recherche en biologie-santé n’a pas augmenté au cours des vingt-cinq dernières années, conduisant à un déclassement dans ce domaine et un affaiblissement dans l’innovation [1,2].

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