Financement et fonds propres pour les projets Natura 2000 : dispositifs, sources et modalités
Le réseau Natura 2000, constitué d’un ensemble de sites naturels, terrestres et marins, vise à assurer la survie à long terme des espèces et des habitats particulièrement menacés, à forts enjeux de conservation en Europe. Avec la constitution du réseau Natura 2000, l’Union européenne s’est lancée dans la réalisation d’un réseau de sites écologiques. Cette démarche a été déclinée par la France, qui s’est attachée à valoriser le patrimoine naturel des territoires en encourageant la prise de conscience collective des enjeux écologiques dans les gouvernances des territoires.
Les objectifs et l’organisation du réseau
L’objectif de la démarche européenne, fondée sur les directives Oiseaux et Habitats faune flore, est double : la préservation de la diversité biologique et du patrimoine naturel : le maintien ou le rétablissement du bon état de conservation des habitats et des espèces s’appuie sur le développement de leur connaissance ainsi que sur la mise en place de mesures de gestion au sein d’aires géographiques spécialement identifiées, les sites Natura 2000. Il s’agit notamment d’articuler les différentes politiques et dispositifs de gestion des territoires en tenant compte du rôle et de la responsabilité des acteurs, à travers des actions de concertation ou de partenariat. La sensibilisation et l’éducation du grand public aux enjeux de la biodiversité tient une place essentielle.
Sources européennes de financement mobilisables
Un cadre européen commun : l’Union européenne planifie ses priorités et son budget sur des périodes de 7 ans, à travers ce qu’on appelle le cadre financier pluriannuel. Le principe du cofinancement européen : sauf exception (FEAGA), les financements européens sont toujours complétés par des fonds nationaux (publics ou privés).
Le FEDER
Le FEDER vise à renforcer la cohésion économique et sociale dans l'UE en corrigeant les déséquilibres entre ses régions. Le dispositif Natura 2000 peut mobiliser les fonds que l’Union européenne investit sur le territoire régional pour la période 2014 - 2020 via le FEDER, le FEADER et le FEAMP. En cofinancement avec le FEADER ou le FEDER , l'Etat participe à la subvention pour l’animation du Docob.
Le FEADER (Politique agricole commune)
Le FEADER est le second pilier de la Politique agricole commune (PAC) mise en œuvre par l’Union européenne. Le Document Cadre national (DCN), piloté par le Ministère de l’agriculture et de l'alimentation (MAA), définit les éléments communs à tous les Programmes de développement rural régionaux (PDRR) pour certaines mesures, notamment celles des mesures agroenvironnementales et climatiques (MAEC), et de la gestion des sites Natura 2000. Son objectif est d’assurer une cohérence et une équité sur l’ensemble du territoire français. Si vous êtes propriétaire ou locataire d’une parcelle en zone Natura 2000, vous pouvez participer à la protection de ce patrimoine naturel exceptionnel grâce à des subventions avantageuses. En effet, la France et l’Europe financent jusqu’à 100% les travaux identifiés comme nécessaires à la préservation du site.
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Le FEAMP
Le FEAMP a pour objet de promouvoir une pêche et une aquaculture durables, en mobilisant les acteurs du monde de la pêche, les aquaculteurs, la commission européenne. Le FEAMP est mis en œuvre à travers un programme national unique.
Le programme LIFE (Life Nature)
Le Life Nature, créé en 1992, est spécialement conçu pour soutenir l’application des Directives "Oiseaux" et "Habitats, Faune, Flore" qui doivent déboucher sur la mise en place du réseau Natura 2000. Les projets de conservation de la nature qui contribuent à maintenir ou à rétablir les habitats naturels et/ou les populations d’espèces sont éligibles à Life Nature. Ces moyens seront complétés avec les crédits accordés par la Commission européenne sur les fonds Life pour la mise en uvre des directives " Oiseaux " et " Habitats " et les crédits communautaires attribués pour la prise en compte de l'environnement dans les politiques agricoles et d'aménagement du territoire.
Apports nationaux et mécanismes complémentaires
Le fonds de gestion des milieux naturels (FGMN), dont la création est prévue par le projet de loi d'aménagement durable du territoire, contribuera au financement de la mise en place de Natura 2000. Ainsi, dans la loi de finances pour 1999, plus de 100 MF sont destinés à l'accompagnement de Natura 2000. Ces crédits permettront notamment d'engager la démarche contractuelle avec les propriétaires et les gestionnaires. 37 MF sont prévus à ce titre dans le cadre de la dotation du FGMN.
Ils permettront également de financer : la rédaction de cahiers d'habitats (recommandations de gestion), des actions de formation des gestionnaires des sites et des programmes d'information des acteurs locaux ; l'élaboration, l'édition et la diffusion de documents d'objectifs ; l'animation et le suivi scientifique de sites. Bien entendu, ces crédits sont appelés à croître dans les années à venir en fonction de la mise en place progressive du réseau Natura 2000.
La dotation de soutien aux aménités rurales (CGCT - art. L.2335-17) s’adresse aux communes rurales concernées par une aire protégée, dont Natura 2000. Sur la période 2007-2013, le budget annuel moyen consacré à la gestion et à l’animation des sites français a été de 150 millions d’euros. Il a été soutenu par des fonds nationaux tels que des crédits de l’État (ministère chargé de l’agriculture et ministère chargé de l’environnement) ou des agences de l'eau (60 %) et des fonds européens (40 %).
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Dispositifs locaux, contrats et chartes : mobilisation des porteurs de projets
La gestion quotidienne des sites repose sur des mesures concrètes appelées contrats Natura 2000, mises en œuvre sur la base de documents d’objectifs (DOCOB). La quasi-totalité des documents d’objectifs ont été adoptés ou sont en cours de rédaction. Les contrats agricoles (appelés également mesures agro-environnementales) sont réservés aux agriculteurs. Les autres contrats Natura 2000 sont mis en œuvre par les acteurs suivants : 44 % par des collectivités territoriales ; 28 % par des associations ; 16 % par des particuliers ; 9 % établissements publics ; 3 % par des entreprises.
La charte Natura 2000 est un engagement sur 5 ou 10 ans permettant de bénéficier d’une exonération de la taxe foncière sur les terrains non battis. Elle a pour but de valoriser certaines pratiques de gestions déjà en place qui ont permis la sauvegarde d’espaces naturels remarquables et de sensibiliser l’adhérent aux enjeux de conservation du site. Chaque site Natura 2000 possède un modèle de charte qui lui est propre afin de prendre en compte les contraintes locales.
Le maintien d’arbres creux et de bois mort, la régénération naturelle d’une forêt de feuillus après une coupe ou la lutte contre les espèces invasives participent au maintien de boisements vivants et en bonne santé. Le bocage sert de voie de communication à de nombreux animaux et tout particulièrement aux chauves-souris. L’agriculture traditionnelle a toujours assuré l’entretien des prairies humides, qui sont des milieux très riches en biodiversité. Ces espèces ont besoin de chaleur et de tranquillité.
Conditions d’éligibilité, contraintes et modalités pratiques
Il vise à entretenir ou à restaurer un habitat natural ou à favoriser une espèce remarquable en zone Natura 2000. Cependant attention, seules les parcelles non déclarées à la Politique Agricole Commune (PAC, formulaire S2 jaune) sont concernées. Si vous êtes propriétaire ou locataire d’une parcelle en zone Natura 2000, vous pouvez participer à la protection de ce patrimoine naturel exceptionnel grâce à des subventions avantageuses.
Pour répondre aux exigences de la Commission européenne lors de la construction du réseau Natura 2000 en mer, l’ex-Agence des aires marines protégées, intégrée à l’Agence française pour la biodiversité devenue en 2020 l'Office français de la biodiversité, aidée d’experts scientifiques, a également réalisé en 2008 un bilan des connaissances sur le milieu marin. Grâce aux travaux coordonnés de l’Agence, du Muséum et de structures associatives, la France a ciblé les secteurs pertinents pour son réseau marin.
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La procédure de désignation des sites se réfère à la directive " Habitats " elle-même, plus précisément à ses articles 4 et 5. Ceux-ci organisent en trois étapes la procédure que doivent suivre les Etats membres pour désigner les zones spéciales de conservation (ZSC) au réseau Natura 2000 : dans la première étape, les Etats membres présentent des propositions de sites à la Commission sur la base des critères énumérés par la directive. Cette étape de proposition est en cours. La France a déjà proposé 617 sites et 400 autres devraient l'être d'ici peu. Ainsi, les propositions de l'Etat couvriront 2,7 millions d'hectares, soit environ 5 % du territoire national ; dans la seconde, la Commission européenne, en accord avec les Etats membres, arrête la liste des sites d'importance communautaire au sein de chacune des régions biogéographiques ; dans la troisième et dernière étape, les Etats membres désignent officiellement les sites retenus comme zones spéciales de conservation (ZSC).
Programmation régionale et appels à projets : exemple des Hauts-de-France
La Région Hauts-de-France accueille un réseau de 91 sites Natura 2000 (dont 72 terrestres). Dans le cadre de la programmation FEADER 2023-2027, un Programmes Stratégique régional (PSR) a été mis en place sur la base du Programme de stratégie national (PSN). Cette stratégie régionale s’articule autour de 4 grandes priorités (voir page FEADER dédiée). Quatre appels à projets sont lancés par la Région dans le cadre de cette programmation : AAP Contrats Natura 2000 - mis à jour le 01/12/2025 ; AAP Animation Natura 2000 - mis à jour le 01/12/2025 ; AAP Elaboration et révision (DOCOB) - mis à jour le 01/12/2025 ; AAP Réalisation d’études et d’actions de sensibilisation liés aux espèces - A venir.
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Science, inventaires et justification des financements
La création du réseau : sur la base d’inventaires et d’études scientifiques, l’Union européenne a identifié sur son territoire les espèces animales et végétales ainsi que les habitats (milieux) « en danger de disparition », « vulnérables », « rares » ou « endémiques ». Définis comme étant d’intérêt communautaire, ces espèces et habitats bénéficient de mesures de conservation au titre de Natura 2000 et font l’objet de listes exhaustives annexées aux directives européennes.
Connaître le patrimoine naturel : les inventaires initiaux en France. Depuis 1979, à la demande du ministère chargé de l’Environnement, le Muséum national d’histoire naturelle (MNHN) collecte et concentre des données sur la faune et la flore. Ces observations ont permis de recenser les zones naturelles d’intérêt écologique, faunistique et floristique (ZNIEFF) sur lesquelles s’appuie la désignation des sites zones spéciales de conservation (ZSC).
Quelques chiffres clés pour situer l’effort de protection
| Indicateur | Europe | France |
|---|---|---|
| Nombre de sites | Près de 27 000 | 1 756 sites |
| Surface terrestre couverte | 18,5 % de l'UE | 13 % de la surface terrestre métropolitaine (7 M ha) |
| Zones pour les oiseaux / habitats | 5 397 ZPS / 23 567 ZSC | 403 ZPS / 1 353 ZSC |
| Espèces annexe II (Habitats) | 1 563 espèces | 102 espèces animales (annexe II) |
| Budget annuel moyen France (2007-2013) | 150 millions d'euros (60% fonds nationaux/agences de l'eau, 40% fonds européens) | |
Concertation, volontariat et contractualisation : la gouvernance locale
Le code de l’environnement consacre une section particulière aux sites Natura 2000 dans laquelle il fixe le cadre général de leur désignation et de leur gestion (articles L. 414.1 à L. 414.7 et R. 414-1 à R. 414-29). Une approche concertée : afin que les partenaires s’approprient les enjeux du dispositif Natura 2000, et à travers ceux-ci les grands enjeux de la biodiversité et du développement durable, la réglementation française favorise la concertation : élus, agriculteurs, forestiers, chasseurs, pêcheurs, propriétaires terriens, associations, usagers et experts sont associés à la gestion de chaque site.
Une gestion contractuelle et volontaire : outre la concertation, la France a fait le choix d’une gestion contractuelle et volontaire des sites en offrant la possibilité à des particuliers détenteurs de droits réels sur les espaces concernés de s’investir dans leur gestion par la signature de contrats et de chartes Natura 2000. Cette politique ambitieuse de la France vise le développement d’une gouvernance locale et encourage une adhésion effective des citoyens aux objectifs de Natura 2000.
Outils d’animation et suivi scientifique
Ces crédits permettront également de financer : la rédaction de cahiers d'habitats (recommandations de gestion), des actions de formation des gestionnaires des sites et des programmes d'information des acteurs locaux ; l'élaboration, l'édition et la diffusion de documents d'objectifs ; l'animation et le suivi scientifique de sites. La dynamique d’un tel réseau nécessite une animation soutenue des réseaux d’acteurs, favorisant les échanges et les bonnes pratiques.
La procédure d’évaluation des incidences Natura 2000 s’applique parallèlement aux outils contractuels. La combinaison des outils contractuels et réglementaires favorise l’investissement de chacun pour un cadre d’intervention cohérent. La participation active de l’ensemble des acteurs locaux et le dialogue au sein des comités de pilotage (COPIL) des sites Natura 2000 permettent à chacun de s’approprier les enjeux de conservation du patrimoine naturel et les enjeux socio-économiques du territoire, de contribuer à la définition des objectifs et de construire une gestion de la nature fondée sur les connaissances des acteurs du territoire.
Ressources et contacts
Vous trouverez ci-dessous la liste des actions éligibles et leurs cahiers des charges sur le site de la vallée de l’Aulne. Pour en savoir plus, vous pouvez contacter le chargé de mission ici.
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