Arrêt Maladie et Auto-Entrepreneur : Conditions et Indemnités Journalières (IJ)

Un auto-entrepreneur peut-il être en arrêt maladie ? Oui, un micro-entrepreneur (ou auto-entrepreneur) peut prétendre au versement d’indemnités en cas d’arrêt maladie. En effet, un auto-entrepreneur paie des cotisations sociales tous les mois ou tous les trimestres auprès de l’URSSAF. Ces cotisations sociales lui assurent donc une protection sociale.

Ces indemnités sont versées par la Sécurité sociale, indépendamment du fait que vous ayez ou non une mutuelle de micro-entrepreneur. Une mutuelle a uniquement pour rôle de compléter les remboursements de vos frais de santé. Pour autant, les indemnités en cas de maladie en micro-entreprise sont soumises à des conditions de revenus et varient en fonction de l’activité exercée.

Le droit aux IJ maladie de l’auto-entrepreneur est soumis à des conditions de plafonds de revenus et de durée d’affiliation à la caisse d’Assurance maladie. Les auto-entrepreneurs paient des cotisations URSSAF mensuellement ou trimestriellement. Bon à savoir : il existe une confusion entre micro-entrepreneur et auto-entrepreneur. La loi Pinel (2014) a fusionné ces 2 régimes le 1er janvier 2016, donc il s’agit désormais du même statut juridique.

Arrêt maladie auto-entrepreneur

Conditions Générales pour Percevoir des Indemnités en Cas d’Arrêt Maladie

Les auto-entrepreneurs commerçants ou artisans peuvent bénéficier d'indemnités journalières en cas d'arrêt de travail pour cause de maladie ou d'accident. Il faut pour cela remplir les quatre conditions suivantes :

  • Être inscrit à un régime obligatoire de la sécurité sociale depuis au moins un an (12 mois continus d’affiliation). Si vous étiez soumis à un autre régime lors d’une précédente activité professionnelle, la période d’affiliation peut être comptée s’il n’y a pas eu d’interruption entre vos deux activités.
  • Être en activité au moment de l’arrêt de travail ou bénéficier d’un maintien de droit, à la date d’un certificat médical d’incapacité de travail.
  • Être à jour dans le paiement de vos cotisations sociales.
  • Avoir un revenu annuel supérieur à 4 208,80 euros après abattement.

Avoir perçu un revenu professionnel moyen au cours des 3 dernières années civiles précédant l'arrêt de travail qui soit supérieur à 4 383,20 euros en 2025.

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Si vous ne répondez pas aux conditions d’accès aux indemnités journalières, contactez votre Caisse primaire d’assurance maladie (CPAM) pour savoir si vous bénéficiez d’un maintien de droit au titre d’une précédente activité.

L'arrêt maladie est-il possible en auto-entreprise ?

Les Indemnités des Micro-Entrepreneurs Artisans et Commerçants

Les micro-entrepreneurs exerçant une activité commerciale ou artisanale ont le droit aux indemnités journalières en cas de maladie. Ce droit est soumis à 3 conditions :

  • avoir cotisé depuis plus d’un an (12 mois d’affiliation continus) ;
  • avoir un revenu professionnel supérieur à 4 383,20 € par an en 2025, sur les trois dernières années. Si le revenu professionnel est inférieur à ce seuil, les indemnités journalières (IJ) sont nulles ;
  • avoir une prescription médicale d’arrêt maladie.

Attention, le revenu professionnel n’est pas le chiffre d’affaires. Il s’agit de deux choses différentes. Le délai de carence est de 3 jours en cas d’arrêt maladie de plus de 7 jours ou d’hospitalisation. Autrement dit, en cas d’arrêt maladie de moins de 7 jours, vous n’êtes pas indemnisé.

Le délai de carence peut être supprimé dans certains cas (affection de longue durée, etc.). Vous pouvez commencer à percevoir des indemnités à partir du 4e jour. C’est la CPAM qui verse les indemnités en moyenne tous les 15 jours.

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Les indemnités sont versées pendant :

  • 360 jours maximum par période de 3 ans pour une activité à temps complet sans rapport avec une affection de longue durée (ALD) ;
  • 3 ans maximum en cas d’affection de longue durée ou de soins de longue durée.

Les Indemnités des Micro-Entrepreneurs Professions Libérales

La situation des professions libérales est plus complexe. Auparavant, seules les professions libérales non-réglementées affiliées à la sécurité sociale des indépendants (SSI) avaient le droit aux indemnités en cas de maladie. Depuis le 1er juillet 2021, toutes les professions libérales (réglementées et non réglementées) ont le droit aux indemnités journalières. Ce droit est donc aussi ouvert aux professions libérales dépendant de la CIPAV, les premières concernées par la réforme.

Ce nouveau droit s’accompagne d’une augmentation des cotisations sociales des micro-entrepreneurs affiliés à la CIPAV. Cette augmentation est de 0,2 %. Pour bénéficier d’une indemnisation, les mêmes conditions que pour les artisans et commerçants s’appliquent. Le délai de carence est de 3 jours. Les indemnités peuvent être versées pendant 90 jours.

Les Indemnités du Micro-Entrepreneur Salarié

Vous pouvez également bénéficier d’indemnités maladie si vous cumulez le statut de salarié et celui de micro-entrepreneur. Sachez néanmoins que la CPAM ne prend en compte que vos revenus de salarié dans le calcul de vos indemnités maladie et pas vos revenus de micro-entrepreneur.

Pour bénéficier d’indemnités maladie, il faut avoir travaillé :

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  • Pour un arrêt inférieur à 6 mois : 150 heures de travail au cours des 90 jours précédents et avoir cotisé un salaire au moins égal à 1 015 fois le montant du SMIC horaire au cours des 6 mois précédents ;
  • Pour un arrêt supérieur à 6 mois : 600 heures de travail au cours des 365 jours précédents et avoir cotisé sur un salaire de 2 030 fois le montant du SMIC horaire pendant 12 mois. Il faudra aussi justifier 12 mois d’affiliation à l’Assurance-maladie.
Cotisations sociales

Calcul des Indemnités Journalières

Pour les Micro-Entrepreneurs Artisans et Commerçants

L’indemnité journalière versée aux micro-entrepreneurs artisans ou commerçants est déterminée selon la formule suivante :

Indemnité journalière = 1/730 du revenu d’activité annuel moyen (RAAM) des 3 dernières années

En micro-entreprise, le RAAM correspond au chiffre d’affaires annuel moyen sur 3 ans, après application d’un abattement forfaitaire. Cet abattement varie selon la nature de l’activité :

  • 71 % pour les activités de vente (BIC - bénéfices industriels et commerciaux)
  • 50 % pour les prestations de services commerciales ou artisanales (également BIC)

Le RAAM = (CA moyen sur 3 ans) - (abattement forfaitaire)

L’indemnité journalière ne peut pas dépasser 1 PASS (Plafond Annuel de la Sécurité Sociale).

64,52 € bruts par jour

En 2025, le PASS est fixé à 47 100 €, ce qui limite l’indemnité journalière à 64,52 € bruts maximum.

Exemple :

Mathilde, créatrice de bijoux, a réalisé les chiffres d’affaires suivants :

  • 2022 : 18 000 €
  • 2023 : 22 000 €
  • 2024 : 27 000 €

Étape 1 - Calcul du chiffre d’affaires moyen : (18 000 + 22 000 + 27 000) / 3 = 22 333 €

Étape 2 - Application de l’abattement forfaitaire : Mathilde exerce une activité de prestations de services artisanales, donc abattement de 50 % : 22 333 € × 50 % = 11 166,50 € ➡️ c’est son RAAM

Étape 3 - Calcul de l’indemnité journalière : 11 166,50 € / 730 = 15,29 € par jour

Mathilde percevra donc 15,29 € bruts par jour au titre de l’indemnité journalière en 2025.

En raison de la crise sanitaire liée à la COVID-19, le gouvernement avait mis en place des aides aux micro-entrepreneurs. Ainsi, les revenus 2020 peuvent être écartés si le calcul de l’indemnité journalière est plus favorable en tenant compte des années précédentes. Cette mesure vaut également pour le calcul de l’indemnité de congé maternité en micro-entreprise.

Pour les Micro-Entrepreneurs Professions Libérales

Le montant de l’indemnité journalière des professions libérales est déterminé de la même manière que pour les autres statuts :

Indemnité journalière = 1/730 du revenu d’activité annuel moyen (RAAM) des 3 dernières années

Les professions libérales relèvent du régime des Bénéfices Non Commerciaux (BNC). À ce titre, un abattement forfaitaire de 34 % est appliqué sur le chiffre d’affaires annuel moyen pour déterminer le RAAM.

Le RAAM = (CA moyen sur 3 ans) - 34 %

Pour les auto-entrepreneurs libéraux rattachés à la CIPAV, le montant de l’indemnité journalière est compris entre 22 € et 169,05 € par jour. Pour les autres professions libérales, le montant des indemnités est le même que pour les artisans et commerçants, soit maximum 64,52 € en 2025.

L’indemnité ne peut pas excéder le plafond même si le revenu est supérieur au PASS (47 100 € en 2025).

Exemple :

Léo, développeur web, a réalisé les chiffres d’affaires suivants :

  • 2022 : 35 000 €
  • 2023 : 45 000 €
  • 2024 : 50 000 €

Étape 1 - Calcul du chiffre d’affaires moyen : (35 000 + 45 000 + 50 000) / 3 = 43 333 €

Étape 2 - Application de l’abattement de 34 % (BNC) : 43 333 € × 66 % = 28 599 € ➡️ c’est son RAAM

Étape 3 - Calcul de l’indemnité journalière : 28 599 € / 730 = 39,17 € par jour

Léo percevra donc 39,17 € bruts par jour en cas d’arrêt maladie.

Statut Calcul de l'indemnité journalière Abattement Montant maximal de l'IJ (2025)
Artisan/Commerçant 1/730 du RAAM des 3 dernières années 71% (vente) ou 50% (services) 64,52 €
Profession Libérale (CIPAV) 1/730 du RAAM des 3 dernières années 34% Entre 22 € et 169,05 €
Profession Libérale (Autres) 1/730 du RAAM des 3 dernières années 34% 64,52 €

Procédure à Suivre pour Déclarer un Arrêt Maladie

La procédure à suivre pour déclarer un arrêt maladie en tant qu’auto-entrepreneur est la même que pour les salariés.

Checklist

Pour déclarer votre arrêt, vous devez :

  • Transmettre les volets 1 et 2 de votre arrêt maladie à la CPAM dans les 48 heures.
  • Respecter les heures de présence obligatoire à domicile.
  • Stopper réellement votre activité professionnelle.

Notez que votre médecin peut opter avec votre accord pour la télétransmission auprès de l'assurance maladie. Dans ce cas, vous ne recevrez qu’une seule feuille.

Attention, sachez que vous n’avez pas le droit d’être en arrêt maladie et de continuer à travailler même si vous êtes micro-entrepreneur.

Conseils pour Bien Réagir en Cas d’Arrêt Maladie

Vous êtes malade et craignez d’interrompre votre activité ? Voici nos conseils pour mieux gérer cette période.

Conseil numéro 1 : décrocher et se reposer

Être à son compte peut générer du stress en cas de maladie : culpabilité, instabilité financière… Vous pouvez avoir l’impression que votre activité ne va pas pouvoir tourner sans vous ! Mais rassurez-vous, vos clients pourront sans doute attendre un peu. Acceptez la situation et ne cherchez pas à tout prix à continuer à travailler. Prenez le repos dont vous avez besoin pour revenir en plus grande forme !

Conseil numéro 2 : prévenir ses clients et anticiper son retour

Si vous sentez que vous allez devoir stopper votre activité, essayez de prévenir au plus tôt vos clients pour qu’ils s’organisent. Vous pouvez leur donner un délai indicatif de reprise du travail si c’est possible. N’hésitez pas à communiquer avec eux régulièrement pour les rassurer et prévoir votre retour.

Conseil numéro 3 : envisager une prévoyance individuelle

L’indemnisation des arrêts maladie en micro-entrepreneur n’est pas toujours optimale. N’hésitez pas à vous protéger davantage si besoin.

Si vous souhaitez augmenter votre protection, vous pouvez souscrire à un contrat de prévoyance.

Prévoyance individuelle

Focus sur la CIPAV

Qu’est-ce que la CIPAV ?

La CIPAV ou Caisse Interprofessionnelle de Prévoyance et d'Assurance Vieillesse, est l’une des 10 caisses de la CNAVPL (Caisse Nationale d'Assurance Vieillesse des Professions Libérales) dédiées à la retraite et à la prévoyance obligatoire des professionnels libéraux en France. Elle a donc pour mission de gérer les cotisations et les droits à la retraite de base et complémentaire des professionnels affiliés, ainsi que leur régime invalidité-décès.

Historiquement, la CIPAV était le régime obligatoire pour les auto-entrepreneurs exerçant des activités libérales, mais depuis la loi de financement de la sécurité sociale de 2018, seule une vingtaine de professions libérales peuvent encore s'y affilier. Parmi ces professions, on retrouve :

  • les artistes (ne relevant pas du régime des artistes-auteurs)
  • les architectes et architectes d’intérieur
  • les économistes de la construction et maîtres d’œuvre
  • les experts devant les tribunaux
  • les experts en automobile
  • les diététiciens
  • les géomètres experts
  • les guides-conférenciers
  • les guides de haute montagne, accompagnateurs de moyenne montagne et moniteurs de ski
  • les ingénieurs conseilles mandataires judiciaires à la protection des majeurs
  • les ostéopathes, ergothérapeutes et chiropracteurs
  • les psychologues et psychothérapeutes

Les autres professions (auto entrepreneurs ou non) rejoignent automatiquement la Sécurité Sociale des Indépendants (SSI).

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