Cotisations patronales en arrêt maladie: maintien de salaire et Carsat

Un salarié vous transmet un arrêt de travail et une question se pose immédiatement : qui paie quoi, et comment traduire tout cela sur la fiche de paie ? Entre la carence de la Sécurité sociale, les indemnités journalières (IJSS), le complément légal de l'employeur et les règles propres à votre convention collective, la gestion d'un arrêt maladie fait intervenir plusieurs payeurs et plusieurs calendriers.

Cadre général et paramètres inchangés en 2026

Bonne nouvelle pour vos habitudes de paie : les paramètres d'indemnisation d'un arrêt maladie restent stables en 2026. À compter du 1er septembre 2026, la durée de prescription des arrêts est plafonnée : 31 jours en primo-prescription, 62 jours par renouvellement. Le plafonnement à 31 jours (ou 62 jours en renouvellement) concerne la durée de chaque prescription médicale, avec dérogation possible du médecin sur justification. Il ne modifie ni le montant des IJSS, ni la carence, ni le maintien de salaire.

Concrètement, pendant les trois premiers jours, le salarié ne perçoit rien au titre du régime légal. Du 4e au 7e jour, seules les IJSS tombent. Ce n'est qu'à partir du 8e jour que l'employeur entre en scène avec le maintien légal de salaire. L’indemnité journalière de la Sécurité sociale représente 50 % du salaire journalier de base (SJB). SJB = (2 000 € x 3) ÷ 91,25 = 65,75 €.

Depuis le 1er avril 2025, le revenu pris en compte pour le calcul est plafonné à 1,4 fois le SMIC mensuel, contre 1,8 SMIC auparavant. Sur la base du SMIC en vigueur, cela représente un revenu mensuel pris en compte au maximum de 2 613,83 €, soit une IJSS maximale d’environ 42,97 € bruts par jour. Pour les salariés dont la rémunération dépasse 1,4 SMIC, la part couverte par les IJSS a diminué avec la réforme de 2025. La durée d’indemnisation est limitée à 360 IJ sur une période de 3 ans pour les arrêts de droit commun.

Le maintien s’élève à 90 % de la rémunération brute pendant une première période, puis à 66,66 % (deux tiers) pendant une seconde période de même durée. Ces durées s’apprécient sur 12 mois glissants : les jours déjà indemnisés au cours des 12 derniers mois se déduisent des droits restants.

Règles de base et alignement conventionnel

Le barème ci-dessus n’est qu’un minimum légal. Beaucoup de conventions collectives prévoient mieux : maintien à 100 % du net, suppression ou réduction de la carence de 7 jours, condition d’ancienneté abaissée, durées prolongées.

La subrogation est un choix de l’employeur, signalé en DSN : il maintient le salaire et perçoit directement les IJSS de la CPAM à la place du salarié. Enfin, lorsque la convention collective garantit un maintien à 100 % du net, l’employeur applique le mécanisme de la garantie du net : le complément est ajusté pour neutraliser le gain lié à l’exonération de cotisations des IJSS, afin que le salarié retrouve exactement son salaire net habituel.

Cas récents et droit des salariés pendant les congés

Cass. soc., 10 septembre 2025, n° 23-22.732 - report des congés payés coïncidant avec un arrêt maladie: le salarié malade pendant ses congés a le droit de bénéficier ultérieurement des jours de congé qui coïncident avec l’arrêt, à condition d’avoir notifié l’arrêt de travail à l’employeur.

Des décisions du 21 janvier 2026 (notamment n° 24-22.228) précisent les modalités de décompte du plafond d’acquisition, apprécié période de référence par période de référence.

Depuis la loi n° 2024-364 du 22 avril 2024 (articles L3141-5 et suivants du Code du travail), les arrêts pour maladie non professionnelle ouvrent droit à 2 jours ouvrables de congés payés par mois d’absence, dans la limite de 24 jours ouvrables par période de référence. Dans le mois qui suit la reprise du travail, l’employeur informe le salarié du nombre de congés dont il dispose et de la date limite pour les prendre, par tout moyen donnant date certaine.

Rappel utile : depuis le 1er septembre 2025, tout arrêt prescrit en version papier doit être établi sur un formulaire sécurisé pour lutter contre les faux arrêts. Notre générateur calcule les cotisations et produit des bulletins conformes, absence maladie comprise.

Origine et fonctionnement du calcul des IJSS et du maintien

Besoin d’estimer un net ? Deux acteurs se relaient. La Sécurité sociale verse des indemnités journalières (IJSS) à partir du 4e jour d’arrêt, après 3 jours de carence. L’employeur complète ensuite ces IJSS à partir du 8e jour d’arrêt (maintien légal de salaire), à condition que le salarié ait au moins 1 an d’ancienneté.

Il existe deux carences distinctes qu’il ne faut pas confondre. La carence de la Sécurité sociale est de 3 jours : les IJSS ne sont versées qu’à partir du 4e jour d’arrêt. La carence de l’employeur est de 7 jours : le maintien légal de salaire ne démarre qu’au 8e jour d’arrêt (aucune carence en cas d’accident du travail ou de maladie professionnelle).

L’IJSS maladie est égale à 50 % du salaire journalier de base, lui-même obtenu en divisant le total des 3 derniers salaires bruts par 91,25. Le revenu pris en compte est plafonné à 1,4 fois le SMIC mensuel depuis le 1er avril 2025. Oui, sous conditions. L’article L1226-1 du Code du travail impose un maintien de salaire dès lors que le salarié a 1 an d’ancienneté, qu’il a justifié son absence sous 48 heures et que son arrêt est pris en charge par la Sécurité sociale.

L’employeur verse alors 90 % du brut puis 66,66 %, IJSS déduites, à partir du 8e jour d’arrêt et pour des durées qui augmentent avec l’ancienneté. Les IJSS maladie ne supportent pas de cotisations sociales, mais elles sont soumises à la CSG (6,20 %) et à la CRDS (0,50 %), précomptées par la CPAM. Elles sont imposables à l’impôt sur le revenu, sauf lorsqu’elles sont liées à une ALD.

Subrogation, net et maintien du salaire

La subrogation est un mécanisme facultatif par lequel l’employeur maintient le salaire et perçoit directement les IJSS de la CPAM à la place du salarié. Elle permet au salarié de recevoir une paie unique et simplifie la gestion administrative.

Le maintien du salaire peut être renforcé par la prévoyance d’entreprise et/ou la subrogation selon les conditions prévues par la convention collective et le contrat.

Retenues et droits à la retraite pendant l’arrêt

Le salarié ne reçoit pas son salaire pendant l’arrêt, mais peut bénéficier d’indemnités journalières et, selon les situations, d’un maintien de salaire par l’employeur. Aucune cotisation retraite (régimes de base et complémentaires) n’est prélevée sur les IJSS, mais des cotisations peuvent exister sur les indemnités complémentaires versées par l’employeur ou par un régime de prévoyance.

Durant l’arrêt maladie, le salarié peut acquérir des trimestres pour la retraite de base selon les règles habituelles: un trimestre tous les 60 jours d’indemnisation, sous réserve que l’arrêt ne dépasse pas un an, et avec des particularités liées à l’âge et au nombre de trimestres requis pour le taux plein. Une maladie professionnelle peut ouvrir droit à une retraite anticipée et à d’autres droits spécifiques.

Cas particuliers et évolutions jurisprudentielles

Si un salarié est en arrêt maladie et que l’employeur demande la restitution de matériels (ordinateur, véhicule, clés, etc.), l’employeur doit respecter les règles et procédures légales; certaines décisions de la Cour de cassation rappellent l’importance d’une procédure écrite et d’un effectif respect des droits du salarié.

En cas d’accident du travail ou de maladie professionnelle, le salarié bénéficie d’une protection renforcée contre le licenciement et peut, sous certaines conditions, accéder à des droits de retraite anticipée ou à des indemnités spécifiques selon le régime auquel il est affilié.

Tableau récapitulatif des mécanismes clefs

Éléments	Description	Implications
Carence SS	3 jours	IJSS versées à partir du 4e jour
Carence employeur	7 jours	Maintien de salaire démarre au 8e jour
IJSS % SJB	50 % du salaire journalier de base	Calcul selon SJB
Plafond IJSS	1,4 SMIC mensuel (depuis 2025)	IJSS maximale ≈ 42,97 € par jour
Durée indemnisation	360 IJ sur 3 ans	avec révision annuelle et ancienneté
Maintien employeur	90 % puis 66,66 %	À partir du 8e jour, IJSS déduites
Subrogation	Option employeur	Paiement IJSS à la place du salarié
Congés payés pendant arrêt	2 jours ouvrables/mois d’absence (LOI 2024)	Maintien des droits congés acquis

Protocole pratique pour l’employeur

Questions clés pour la paie et DSN :

Lorsque l’arrêt est prescrit, l’employeur déclare l’arrêt via la DSN et transmet une attestation de salaire à la CPAM.
En cas de subrogation, l’employeur perçoit les IJSS et les reverse au salarié.
Si le maintien de salaire est prévu, le bulletin de paie doit refléter le maintien et les montants d’IJSS déduites.
Conventions collectives pouvant offrir des dispositions plus favorables (maintien 100 %, suppression de carence, durées prolongées) doivent être suivies en priorité.

Notes spécifiques et ressources

Le droit du travail impose un cadre clair sur les arrêts maladie: déclaration rapide à l’employeur, transmission des pièces justificatives, et respect des règles propres à chaque convention et régime.

Le Calcul des Indemnités de Congés Payés

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