Franchise, arrêt de travail et statut d’adjoint administratif dans la fonction publique

Les règles applicables aux arrêts de travail des agents publics, et plus particulièrement des adjoints administratifs, sont nombreuses et varient selon la nature de l’arrêt, le statut de l’agent et la durée d’absence. L’objectif de cet article est d’exposer, en s’appuyant sur les textes et jurisprudence cités, les principales dispositions relatives au maintien de salaire, aux indemnités journalières, aux congés de maladie (ordinaire, longue maladie, longue durée), au jour de carence, aux contrôles médicaux et aux dispositifs spécifiques (CITIS, CLM, CLD, TPT, disponibilité d’office, etc.).

Arrêt de travail : formalités et obligations

Pour être placé en congé de maladie, vous devez adresser à votre administration employeur un avis d'arrêt de travail dans les 48 heures qui suivent son établissement par un médecin, un chirurgien-dentiste ou une sage-femme. Cet avis d'arrêt de travail indique la durée probable de votre incapacité de travail. Vous devez transmettre à votre administration employeur les volets n°2 et 3 de l'avis d'arrêt de travail. Vous conservez le volet n°1. Ce volet doit être présenté au médecin agréé de l'administration, en cas de contre-visite ou de tout autre examen médical.

En cas de renouvellement de votre arrêt de travail, vous devez transmettre à votre administration votre prolongation dans le même délai de 48 heures suivant l'établissement de l'arrêt de travail. En cas de non-respect du délai de 48 heures, votre administration vous informe par courrier du retard constaté. Elle vous informe également que vous vous exposez à une réduction de votre rémunération en cas de nouvel envoi tardif dans les 24 mois suivant ce 1er envoi tardif. En effet, en cas de nouvel envoi tardif d'un arrêt de travail, la rémunération due entre la date d’établissement du nouvel arrêt de travail et la date de sa transmission est réduite de moitié.

Le délai d'envoi de 48 heures peut être dépassé en cas d'hospitalisation. Et si vous êtes dans l'impossibilité de respecter le délai de 48 heures, hors hospitalisation, vous disposez de 8 jours suivant l'établissement de l'arrêt de travail pour justifier de cette impossibilité.

Le jour de carence

Dans la fonction publique, le jour de carence s'applique à tous les agents titulaires, stagiaires ou contractuels, sauf exceptions légales ou réglementaires. Il s’agit d’un jour non payé au début d’un arrêt de travail pour maladie. Concrètement, cela signifie que lors d’un arrêt maladie, l’agent ne perçoit pas de traitement pour le premier jour d’absence. La retenue s’applique quel que soit le motif médical (sauf exceptions spécifiques prévues par la réglementation).

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Le jour de carence s’applique dans les trois fonctions publiques : fonction publique territoriale, fonction publique d’État et fonction publique hospitalière. Certaines situations peuvent ouvrir droit à une dispense : accident de service, maladie professionnelle et cas spécifiques prévus par les textes. Le calcul du jour de carence consiste en un seul jour non rémunéré par période d'arrêt maladie ; si plusieurs arrêts maladie se succèdent sans interruption, un seul jour de carence est retenu.

Maintien de salaire et evolution réglementaire

La durée totale des congés peut atteindre 1 an pendant une période de 12 mois consécutifs. La rémunération pendant le congé : le fonctionnaire perçoit, pendant 3 mois, l’intégralité de son traitement, et pendant les 9 autres mois, la moitié. À noter cependant qu’à partir du 1er mars, l'indemnisation des agents en arrêt maladie va passer de 100 % à 90 % pour les trois premiers mois, comme en dispose la loi de finances pour 2025, désormais promulguée.

Cette déduction de 10 % s’applique au traitement indiciaire brut sans impact donc sur les primes et indemnités. Pour mémoire, cette disposition ne s’applique pas en cas d’accident de travail ou de maladie professionnelle. Ces dispositions devront faire l’objet d’un décret, dont un projet a été présenté devant le Conseil commun de la fonction publique (CCFP).

Spécificités pour les élus locaux et adjoints administratifs exerçant un mandat

Les conditions dans lesquelles un élu peut continuer à exercer son mandat en cas d’arrêt maladie ont été clarifiées par la loi. En fonction de l’importance du problème de santé rencontré, l’élu peut ou non être en capacité de poursuivre ses fonctions électives. Mais attention, c’est au médecin traitant de déterminer si l’exercice des fonctions de l’élu est ou non compatible avec son état de santé.

Depuis la loi engagement et proximité du 27 décembre 2019 (art. 103), la règle est codifiée : « Les élus locaux peuvent poursuivre l’exercice de leur mandat, sous réserve de l’accord formel de leur praticien. » Concrètement, cet accord formel suppose un écrit du médecin. La mise à jour du formulaire d’arrêt de travail comprenant désormais une case spécifique « élu local » à cocher devrait prochainement intégrer, au sein de la notice destinée au praticien, un paragraphe spécifique à la poursuite éventuelle de l’exercice du mandat pendant un arrêt maladie.

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En pratique, deux situations peuvent se produire. L’élu continue d’exercer son mandat durant son arrêt maladie. Dans cette situation, l’élu pourra continuer de percevoir ses indemnités de fonction tout en bénéficiant des indemnités journalières perçues au titre de son activité professionnelle, sous réserve bien sûr du respect des conditions légales traditionnelles : observation des prescriptions médicales, respect des heures de sortie. L’élu continue d’exercer son mandat durant son arrêt maladie. Avec l’accord préalable du médecin, l’exercice du mandat donne lieu au versement des indemnités de fonction en totalité. L’élu ne peut alors prétendre au versement des indemnités journalières.

L’élu n’exerce pas son mandat durant son arrêt maladie. Dans ce cas, la loi prévoit que l’élu peut percevoir des indemnités journalières dès lors qu’il remplit les conditions d’ouverture des droits au titre de son activité professionnelle. En outre, dès lors que le montant des indemnités journalières est inférieur à son indemnité de fonction, il revient à la collectivité de verser à l’élu un complément d’indemnité égal à cette différence (art. L.2123-25-1 et D.2123-23-1 du Code général des collectivités territoriales).

Pour les élus ne bénéficiant d’aucun régime d’indemnités journalières ou ne remplissant pas les conditions d’ouverture des droits au titre de leur activité professionnelle, les indemnités de fonction continueront à leur être versées par la collectivité durant la période d’arrêt de travail. Les élus cotisant au régime général sur leurs indemnités de fonction pourront prétendre à des indemnités journalières au titre de leur mandat.

La Cour de cassation a ainsi jugé qu’à défaut d’autorisation écrite du médecin traitant, l’élu était tenu de rembourser à la Sécurité sociale toutes les indemnités journalières perçues durant l’arrêt de travail (Cass. civ. 2, 15 juin 20217, n°16-17.567).

Cas particuliers : congé maternité des élues locales

Les élues locales, non fonctionnaires, ayant cessé leur activité professionnelle pour se consacrer à leur mandat sont obligatoirement affiliées au régime général. En cas de congé maternité, elles ont droit à des indemnités journalières, si elles ont cessé l’exercice de leur mandat pendant une période minimale de huit semaines (articles L. 1225-29 du Code du travail et L. 331-3 du Code de la Sécurité sociale). Elles peuvent renoncer à une partie de leur congé maternité dès lors que celui-ci excède cette durée minimale de huit semaines, ce qui aura pour conséquence de suspendre le versement des indemnités journalières.

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Les différents congés maladie dans la fonction publique (CMO, CLM, CLD, CITIS, TPT)

Dans le cas où vous êtes malade et dans l’impossibilité de travailler, un médecin ou un dentiste vous a prescrit un arrêt maladie de moins de 6 mois. Il s’agit d’un “congé maladie ordinaire” (CMO). Un CMO donne droit à la rémunération à plein traitement uniquement durant les trois premiers mois de l’arrêt, soit pendant 90 jours.

Dans le cas où l’accident de la vie que vous subissez vous place dans l’incapacité d’exercer votre profession, votre médecin peut vous placer en Congé Longue Maladie (CLM), pendant une durée maximale de trois années. Auquel cas, vous percevrez votre traitement indiciaire dans sa totalité pendant un an au plus.

Dans le cas d’une maladie grave et longue, de type cancer, votre congé passe en longue durée (CLD). Il peut durer jusqu’à 5 ans. Le CLM pour certaines pathologies (inscrites sur une liste ou non) est de 3 ans au maximum (1 an à plein traitement, et 2 ans à demi-traitement). Le CLD, pour certaines pathologies dont la liste est restreinte à 5 pathologies (tuberculose, poliomyélite, maladie mentale, affection cancéreuse, déficit immunitaire grave et acquis) peut durer 5 ans (3 ans à plein traitement, et 2 ans à demi-traitement).

Pour qu’il soit accordé la pathologie doit aussi répondre aux 3 critères du CLM (impossibilité de travailler, nécessité de traitement et soins prolongés, pathologie invalidante et de gravité confirmée). C’est le conseil médical restreint qui donne un avis sur la demande de CLM de l’agent remise à son employeur. L’agent joint à sa demande écrite un certificat d’un médecin certifiant que son état de santé justifie la demande de CLM, et le médecin joindra, sous lettre spéciale « secret médical » destinée au président du conseil médical, un courrier détaillé justifiant la demande et joindra les éventuelles pièces médicales nécessaires en ce sens.

Le CITIS (congé pour invalidité temporaire imputable au service) concerne les arrêts en lien avec un accident de service ou une maladie professionnelle ou encore une maladie imputable au service. Le CITIS dure le temps nécessaire pour que l’agent puisse reprendre le travail sur son poste ou sur un poste de reclassement (ou jusqu’à sa mise en retraite pour invalidité s’il est déclaré inapte à toute fonction). Le CITIS peut être accordé par l’administration sur avis d’un médecin agréé ou du médecin du travail sans l’avis du CMFP (conseil médical formation plénière).

Le TPT (temps partiel thérapeutique) peut-être accordé par période entre 1 et 3 mois et selon une quotité entre 50% et 90% (pas moins de la moitié d’un temps plein) sur simple demande avec un certificat d’un médecin. Au delà du 3e mois il faut aussi l’accord d’un médecin agréé. En cas de désaccord entre le médecin (traitant ou non) et le médecin agréé on demande l’avis du CMFR. L’agent est rémunéré à taux plein pendant le TPT. Le TPT ne peut pas se prolonger au-delà de 12 mois.

Contrôles médicaux et recours

L’administration peut faire procéder, à tout moment, à l’examen du demandeur par un médecin agréé. Elle fait procéder à cet examen au moins une fois après un congé de 6 mois consécutifs. Le fonctionnaire se soumet à cet examen, sous peine d’interruption du versement de sa rémunération. Le conseil médical compétent peut être saisi, soit par l’administration, soit par l’intéressé, des conclusions du médecin agréé.

Lorsque vous ou votre administration employeur contestez l'avis du médecin agréé, vous pouvez saisir le conseil médical. En cas de refus de votre part de vous soumettre à ces examens, votre rémunération n'est plus versée.

Conséquences sur la carrière, la retraite et la protection sociale

La période pendant laquelle l’agent public bénéficie du congé ne peut générer de temps de repos lié au dépassement de la durée annuelle du travail. Elle est valable pour l’avancement à l’ancienneté, et entre en ligne de compte dans le minimum de temps valable pour pouvoir prétendre au grade supérieur. Elle compte également pour la détermination du droit à la retraite, et donne lieu aux retenues pour constitution de pension civile.

Pour le départ en retraite anticipée pour carrière longue, les congés de maladie, quels qu’ils soient (maladie ordinaire, longue maladie, longue durée, citis) sont pris en compte dans la limite de 4 trimestres. Les congés de maladie, quels qu’ils soient, et les périodes de travail à temps partiel pour raison de santé sont pris en compte pour la retraite dans la limite de 5 ans.

À la fin de votre congé de maladie, votre situation diffère selon que vous êtes apte ou non à reprendre vos fonctions antérieures. Si vous êtes apte à la reprise de vos fonctions antérieures, vous reprenez vos fonctions. Votre poste de travail peut éventuellement être adapté à votre état de santé si nécessaire. Si vous avez été placé en congé de maladie pendant 12 mois consécutifs, vous pouvez reprendre votre travail qu'après avis favorable du conseil médical.

Si vous êtes reconnu définitivement inapte à l'exercice de tout emploi, vous pouvez être mis à la retraite pour invalidité quel que soit votre âge et quel que soit votre nombre de trimestres d'assurance retraite. Si votre état de santé ne vous permet pas de reprendre votre travail et si vous n'avez pas droit à un CLM, vous pouvez être placé en disponibilité d'office si le conseil médical juge que votre état de santé va évoluer favorablement.

Aides complémentaires : prévoyance, assurance maintien de salaire et allocations d’invalidité

Des solutions existent pour se couvrir contre ces risques de perte importante de salaire. Des mutuelles spécialisées dans la prévoyance dédiée aux fonctionnaires proposent notamment des contrats “assurances maintien de salaire”. L’assurance de maintien de salaire pour fonctionnaire est un dispositif de prévoyance. Une maladie ou un accident peuvent être la cause de l’arrêt d’un agent de la fonction publique. Ils peuvent également lui causer des incapacités pouvant l’invalider.

Ainsi, en plus du maintien de salaire, les assureurs proposent également une garantie invalidité qui prévoit le versement d’un capital. Dans ce cas, l’organisme assureur complète les prestations versées par l’employeur ou par les organismes sociaux (Sécurité Sociale, caisses de retraite) par le versement d’un capital, lors de la reconnaissance de l’invalidité à plus de 20%. Ce qui permet de faire face à des frais importants et urgents liés à votre invalidité. Le montant de la garantie invalidité dépend de votre âge au moment de la mise en invalidité, de votre salaire et du taux d'invalidité.

À la suite d’une maladie ou d’un accident, un fonctionnaire peut se retrouver dans l’incapacité physique de réaliser les tâches liées à son activité professionnelle. Dans ce cas, il est possible de percevoir une pension permettant de garantir un maintien de ses revenus. La commission de réforme détermine la cause de l’invalidité du fonctionnaire afin que ce dernier puisse bénéficier d’une allocation spécifique : une allocation d’invalidité temporaire (AIT), si le fonctionnaire est momentanément dans l’incapacité de remplir ses fonctions ; une pension d’invalidité pour retraite anticipée à condition que le fonctionnaire ait subi des blessures ou maladies directement liées à l’exercice de ses fonctions.

La demande d'AIT doit être formulée auprès de l'Assurance maladie. Cette allocation est versée par l'établissement qui emploie l'agent de la fonction publique dès que sa situation est validée par la commission de réforme. La demande d'ATI doit être réalisée auprès de l'administration. Pour percevoir l'une des allocations d'invalidité présentées ci-dessus, il est important de respecter un délai de demandes d'AIT ou ATI : ces demandes de pension doivent être formulées au plus tard un an après l'apparition des faits ouvrant les droits du fonctionnaire à ces aides.

Tableau récapitulatif : rémunération pendant le congé de maladie pour le fonctionnaire d'État

Points pratiques et recommandations pour les adjoints administratifs

• Déclarez immédiatement votre arrêt et respectez les délais de transmission des volets de l’avis d’arrêt de travail.
• Conservez le volet n°1 de l'arrêt et présentez-le au médecin agréé si nécessaire.
• Informez-vous sur votre statut (titulaire, stagiaire, contractuel) pour connaître précisément vos droits et obligations.
• En cas de mandat électif, veillez à obtenir l’accord écrit du médecin traitant si vous souhaitez continuer votre mandat pendant l’arrêt maladie.
• Anticipez une complémentaire ou une assurance maintien de salaire pour couvrir la perte de revenu en cas d’arrêt prolongé ou d’invalidité.
• En cas de contestation médicale, saisissez le conseil médical; en cas de litige administratif, rapprochez-vous des instances compétentes ou des organisations syndicales.

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