Choix du régime fiscal pour une pharmacie : BIC ou BNC, que faut-il savoir ?

Chaque pharmacien sait à quel point la fiscalité peut influencer la santé financière de son officine. La profession de pharmacien est une profession de santé, réglementée et organisée en ordre, mais fiscalement la situation est singulière : hors cas très particuliers, les bénéfices réalisés dans l'exploitation d'une officine sont imposables au titre des bénéfices industriels et commerciaux (BIC). Cependant, depuis le 1er janvier 2024, la fiscalité des associés exerçant en société d’exercice libéral (SEL) a profondément évolué et impose une lecture attentive des règles applicables.

Principe général : pourquoi la pharmacie relève en pratique du BIC

La pharmacie achète des médicaments et produits pour les revendre avec marge - c’est une activité commerciale au sens fiscal. Les pharmaciens titulaires d’officine sont donc en règle générale soumis au régime des Bénéfices Industriels et Commerciaux (BIC). La règle de principe s’explique par la nature de l’activité : achat/revente, tenue de stocks importants, marges sur produits vendus. En conséquence, la pharmacie tient une comptabilité commerciale complète, établit bilan et compte de résultat annuels, et applique la TVA selon plusieurs taux.

Cas particulier : les associés de SEL et la réforme 2024-2025

Depuis le 1er janvier 2024, une réforme majeure modifie la fiscalité des pharmaciens associés de SEL. Les rémunérations perçues au titre de l'activité libérale au sein de la société sont désormais imposées dans la catégorie des Bénéfices Non Commerciaux (BNC) et non plus comme des traitements et salaires. Ce passage au BNC marque la fin du régime de traitement et salaires pour les pharmaciens associés et entraîne la perte de l’abattement forfaitaire de 10 % pour frais professionnels pour ces rémunérations.

Concrètement, un pharmacien gérant majoritaire d’une SEL, habitué à déclarer une partie de ses revenus en traitement et salaires, devra désormais les inscrire en BNC à hauteur de 95 %, voire 100 % pour certaines formes comme la SELAS ou SELAFA. Cette modification a un impact immédiat sur le montant de l’impôt à régler et impose des obligations comptables renforcées : déclaration 2035, ouverture d’un compte bancaire professionnel dédié pour l’activité libérale, et tenue d’une comptabilité en mode BNC pour la rémunération imposable.

Conséquences pratiques pour les associés

Perte de l’abattement de 10 % pour frais professionnels sur les rémunérations devenues BNC.
Obligation de déposer une déclaration n°2035 pour les revenus professionnels imposés en BNC, sauf si le pharmacien relève du micro-BNC.
Ouverture d’un compte bancaire professionnel dédié, utilisation stricte pour les flux liés à l’activité.
Comptabilité plus rigoureuse et transparence totale des flux financiers.

Distinction activité de la société vs rémunération de l’associé

La SEL, lorsqu’elle exploite l’officine, exerce l’activité commerciale d’achat/revente : c’est la structure qui est réputée exercer l’activité commerciale. Lorsqu’un associé exerce au nom et pour le compte de la société, la société reste tenue de prendre en charge les charges liées à l’activité. Les rémunérations versées aux associés au titre de leurs fonctions techniques sont désormais imposées en BNC, mais l’administration admet une exception lorsque l’activité est démontrée comme exercée dans des conditions salariées (existence d’un lien de subordination). Par ailleurs, la DLF a précisé que les rémunérations techniques perçues par les associés des SEL n’entrent pas dans le champ d’application de la TVA : les membres ne sont pas eux-mêmes redevables de la taxe pour ces rémunérations.

Lire aussi: Franchises et assurance maladie

Le cas des activités mixtes : BNC + BIC

La confusion entre BIC et BNC survient principalement dans les situations mixtes. Un pharmacien peut, par exemple, percevoir des honoraires (BNC) pour certaines prestations et réaliser des ventes ou des activités commerciales (BIC) pour d’autres. Dans ces cas, chaque flux doit être identifié, comptabilisé et déclaré séparément. Le pharmacien tient alors deux comptabilités et dépose les formulaires appropriés : 2035 pour les flux BNC et 2031 (ou 2042 C PRO selon le régime) pour les flux BIC.

La règle pratique : si vous percevez uniquement des honoraires pour des actes de soins, vous êtes en BNC ; si vous vendez des biens régulièrement, vous êtes en BIC. La jurisprudence et la doctrine administrative imposent un cloisonnement strict des flux. En pratique, l’administration tolère parfois une activité accessoire commerciale peu significative (indicateur de risque pratique autour de 10 % du CA), mais cette tolérance n’est pas un seuil légal et doit être documentée.

TVA en officine : multi‑taux et enjeu de conformité

Contrairement à la plupart des professions médicales, la pharmacie est assujettie à la TVA. Plusieurs taux coexistent :

2,1 % : médicaments remboursables par la Sécurité sociale (majorité du CA remboursé) ;
10 % : certains produits de santé non remboursables ;
20 % : parapharmacie, cosmétiques, compléments alimentaires.

La déclaration de TVA est généralement mensuelle pour les officines de taille significative. Une mauvaise affectation des ventes à un taux peut déclencher un redressement fiscal. Un logiciel de gestion officinale interfacé avec l’outil comptable est indispensable pour assurer la conformité.

Régimes micro et réel : abattements et seuils

Que vous soyez en BIC ou en BNC, deux niveaux de régime sont possibles : micro et réel.

Lire aussi: Guide Financement Pharmacie

Régime	Principe	Seuils et abattements (exemples)
Micro-BNC	Abattement forfaitaire sur recettes	Plafond recettes ≈ 77 700 € ; abattement 34 %
Micro-BIC	Abattement forfaitaire selon activité	Prestations 50 %, ventes 71 % ; plafonds distincts
Régime réel	Déduction des charges réelles, comptabilité complète	Adapté aux officines, optimisation possible

En pratique, le micro convient rarement à une officine compte tenu des charges et du volume d’activité. Le régime réel (déclaration 2031 pour le BIC commercial, 2035 pour le BNC) devient généralement plus favorable.

Impact financier de la réforme : exemples et leviers d’atténuation

Le passage des rémunérations des associés de SEL en BNC peut augmenter la charge fiscale des pharmaciens. Selon des estimations, ce changement pourrait entraîner un surcoût fiscal significatif (jusqu’à plusieurs milliers d’euros par an pour les plus concernés). Toutefois, des leviers existent :

Si la rémunération nette annuelle est inférieure à 77 000 €, accès possible au micro-BNC avec abattement de 34 % ;
Arbitrage rémunération vs dividendes : la SELARL crée deux niveaux d’imposition (IS pour la société, IR pour l’associé) et l’arbitrage reste un levier d’optimisation mais devient plus complexe depuis la réforme ;
Optimisation des charges et amortissements au régime réel ;
Accompagnement par un expert-comptable spécialisé pour sécuriser les écritures et limiter le risque de redressement.

Obligations comptables et gestion pratique

La gestion d’une pharmacie implique des obligations comptables renforcées : tenue d'une comptabilité chronologique, établissement d'un bilan et d'un compte de résultat annuels, inventaire et valorisation des stocks (PEPS ou CUMP), gestion des créances envers l'Assurance Maladie et respect des règles d’amortissement et de constitution de provisions.

Les charges déductibles comprennent les rémunérations et charges sociales du personnel, loyers, frais informatiques, honoraires d’experts‑comptables, amortissements des immobilisations et provisions admises par la loi. Une comptabilité rigoureuse permet d’optimiser la base imposable et de piloter la trésorerie, essentielle en officine du fait des délais de règlement de l’Assurance Maladie.

Mesures de soutien et évolutions 2025

Pour répondre aux défis de la désertification pharmaceutique, des aides financières spécifiques seront mises en place en 2025, visant à soutenir les officines en zones rurales ou sous-denses. Ces soutiens pourront atteindre jusqu’à 20 000 euros par an pour les officines isolées. Par ailleurs, des mesures incitatives liées à l’usage des biosimilaires et des outils de lutte contre la fraude (ASAFO, ADAC, algorithmes d’IA) seront renforcées pour optimiser les dépenses de santé et sécuriser les pratiques en officine.

Risques et erreurs fréquentes à éviter

Confondre statut juridique et régime fiscal : le régime dépend de la nature de l’activité, pas seulement du statut (SEL, SELARL, entreprise individuelle) ;
Ne pas cloisonner correctement une activité mixte BNC + BIC ;
Rester en micro sans vérifier l’intérêt économique réel : l’abattement forfaitaire peut devenir pénalisant ;
Ignorer les nouvelles obligations liées aux rémunérations d’associés en SEL et le dépôt de la déclaration 2035 ;
Mal gérer la TVA multi‑taux et la valorisation des stocks, source fréquente de redressements.

Comment s’y préparer et quoi faire dès maintenant

Face aux réformes, la meilleure stratégie est l’anticipation. Réviser votre stratégie fiscale, qualifier précisément la nature des flux, et vous entourer d’un expert-comptable spécialisé en santé sont des étapes essentielles. Si vos revenus sont inférieurs aux seuils, étudiez l’éligibilité au micro-BNC ; autrement, préparez la transition vers la déclaration 2035 et la tenue comptable stricte exigée par le régime BNC pour les rémunérations d’associés.

Exploitez aussi les nouvelles technologies de détection des fraudes (ASAFO, ADAC, solutions IA) et suivez les dispositifs d’aides territoriales pour les officines en zones fragiles. Enfin, ne tardez pas : s’y préparer dès maintenant, c’est maîtriser l’impact sur la rentabilité de l’officine.

BIC vs BNC : Arrête de vouloir choisir (pour payer moins de charges) !

Ressources et accompagnement

Pour sécuriser la transition et optimiser votre fiscalité, il est recommandé de consulter votre expert‑comptable et de solliciter un diagnostic personnalisé. Des cabinets spécialisés accompagnent les professionnels de santé sur la qualification d’activité, la tenue des déclarations (2035, 2031), l’optimisation fiscale, et les structurations sociétaires (SELARL, SCM, SELAS).

Sources officielles : impots.gouv.fr (déclaration 2035, régimes BNC/BIC), service-public.fr, législation et doctrine administrative (BOI, DLF), jurisprudence et avis du Conseil d’État.

balises: