Indemnités journalières et arrêt de travail pour l’auto-entrepreneur exerçant une activité en ligne

Un auto-entrepreneur peut déclarer un arrêt maladie en cas d'incapacité de travail. Il peut bénéficier d'indemnités journalières versées par la SSI ou la CPAM, à condition d'être affilié depuis au moins un an, d'être à jour de ses cotisations et de disposer d'un revenu annuel moyen supérieur à 4 806 € sur les 3 dernières années.

Qui peut bénéficier des indemnités journalières (IJ) ?

Les auto-entrepreneurs bénéficient du versement d’indemnités journalières (IJ) en cas d’arrêt maladie. En effet, ces derniers cotisent pour cela, au moment de payer les cotisations sociales à l’URSSAF.

Pour bénéficier du versement d’indemnités journalières en cas d’arrêt maladie, un micro-entrepreneur - qu'il soit affilié à la SSI ou à la CIPAV - doit : justifier de 12 mois minimum d’affiliation continue au titre de cette activité ; avoir un revenu annuel moyen supérieur à 4 806 € sur les 3 dernières années d’activité (10% de la moyenne des valeurs annuelles du PASS) en 2026 ; être à jour dans le paiement de ses cotisations sociales ; être dans l’incapacité temporaire de continuer ou de reprendre une activité professionnelle pour cause de maladie ; justifier d’un arrêt de travail prescrit par un médecin et attestant de cette incapacité temporaire d’exercer une activité professionnelle due à une maladie ; cesser son activité durant l’arrêt de travail.

Si vous ne remplissez pas l'ensemble de ces conditions, n'hésitez pas à contacter votre CPAM. Vous pouvez possiblement bénéficier d'un maintien de droits à la protection sociale au titre d'une précédente activité professionnelle.

Professions libérales : évolution récente

Depuis la loi de financement de la Sécurité Sociale de 2021, les auto-entrepreneurs en profession libérale affiliés à la CIPAV bénéficient également des indemnités journalières en cas d’arrêt maladie, dans les mêmes conditions que les artisans et commerçants.

Pour les professions libérales non réglementées, 2 cas de figure sont à distinguer : pour les travailleurs indépendants ayant créé leur auto-entreprise après le 1er janvier 2018, ces derniers sont rattachés à la SSI ; avec un début d’activité avant le 1er janvier 2018, les micro-entrepreneurs libéraux sont rattachés à la Cipav si ces derniers n’ont pas fait de demande de rattachement au régime général avant le 31 décembre 2023.

Conditions spécifiques selon la durée de l'arrêt

Des conditions spécifiques s’appliquent pour bénéficier des indemnités journalières selon la durée de l’arrêt.

Pour un arrêt inférieur à 6 mois, il faut justifier d’au moins 150 heures de travail au cours des 3 derniers mois ou avoir cotisé sur un salaire équivalent à 1 015 fois le SMIC horaire au cours des 6 derniers mois.
Pour un arrêt supérieur à 6 mois : 600 heures de travail au cours des 365 jours précédents ou avoir cotisé sur un salaire de 2 030 fois le montant du SMIC horaire pendant 12 mois. Vous devez aussi être affilié à la Sécurité sociale depuis au moins 12 mois dans les deux cas.

En cas d’arrêt de travail inférieur à 3 mois, les professionnels libéraux affiliés à la CNAVPL (donc hors avocats) bénéficient d'une indemnité journalière en cas d'incapacité de travail, dont le montant est proportionnel à leur revenu professionnel. À partir du 91ème jour d'arrêt, l'indemnisation cesse.

Calcul du montant des indemnités journalières

Le montant des IJ maladie est calculé en prenant en considération le revenu d’activité annuel moyen (RAAM) du micro-entrepreneur ainsi que la nature de son activité. Le montant de l’indemnité journalière versée à l’auto-entrepreneur correspond à 1/730e de son revenu moyen des 3 dernières années civiles.

En micro-entreprise, le RAAM correspond au chiffre d’affaires annuel moyen sur 3 ans, après application d’un abattement forfaitaire. Cet abattement varie selon la nature de l’activité : 71 % pour les activités de vente (BIC - bénéfices industriels et commerciaux) ; 50 % pour les prestations de services commerciales ou artisanales (également BIC) ; 34 % pour les activités libérales BNC.

Lire aussi: Guide INPI : Arrêter son Entreprise

Le RAAM = (CA moyen sur 3 ans) - (abattement forfaitaire). L’indemnité journalière = 1/730 × RAAM.

En 2026, le PASS est fixé à 48 060 € et l’indemnité journalière est limitée à 65,84 € bruts maximum. À la Cipav, les IJ sont plafonnées à 197,50 €/jour en 2026.

Exemples concrets

Mathilde, créatrice de bijoux, perçoit 15,29 € bruts par jour d’arrêt maladie en 2026 après calcul : RAAM = 11 166,50 € ; IJ = 11 166,50 / 730 = 15,29 €.

Karim est auto-entrepreneur en vente de marchandises et réalise un chiffre d’affaires annuel moyen de 10 000 € sur 3 ans. Après abattement de 71 %, son revenu moyen s’élève à 2 900 €, inférieur au seuil de 4 806 €. Sophie est consultante libérale (BNC) et réalise un chiffre d’affaires annuel moyen de 30 000 € sur 3 ans. Thomas est prestataire de services BIC et réalise un chiffre d’affaires annuel moyen de 60 000 € sur 3 ans. Après abattement de 50 %, son revenu moyen s’élève à 30 000 €.

Claire est graphiste en micro-entreprise et réalise 40 000 € de chiffre d’affaires annuel. Sans assurance complémentaire, elle perçoit 36,16 € par jour d’indemnités journalières du régime obligatoire après le délai de carence de 7 jours, soit environ 1 085 € par mois.

Délai de carence et modalités de versement

Un délai de carence s’applique avant le versement des premières indemnités journalières. Pour les auto-entrepreneurs affiliés à la SSI, ce délai est de 7 jours en cas de maladie ou d’accident et de 3 jours en cas d'hospitalisation ou d’arrêt de plus de 7 jours. Pour les auto-entrepreneurs affiliés à la CPAM en cas de cumul avec une activité salariée, le délai de carence est de 3 jours.

Les IJ maladie sont versées à l’auto-entrepreneur après un délai de carence de 3 jours. En revanche, en cas d’arrêt maladie à la suite d’une fausse couche, ce délai carence de 3 jours est supprimé.

La CPAM verse les indemnités en moyenne tous les 15 jours. Les indemnités sont versées pendant 90 jours au maximum pour la durée totale d’un même arrêt de travail. Vous avez le droit à 360 jours d’indemnisation par période de 3 ans pour un arrêt sans rapport avec une affection de longue durée (ALD). De même, un micro-entrepreneur affilié au régime général peut bénéficier d’une durée d’indemnisation pouvant s’étendre jusqu’à 3 ans lorsque ce dernier est touché par une affection de longue durée (ALD) ou bénéficie de soins de longue durée (SLD).

Cumul activité salariée et micro-entreprise

En cas de cumul d’une activité salariée et d’auto-entrepreneur, les indemnités journalières sont versées par la CPAM et calculées uniquement sur la base du salaire, sans prise en compte des revenus de la micro-entreprise. Si vous cumulez votre micro-entreprise avec un emploi salarié, votre employeur devra en plus transmettre le formulaire Cerfa 11135*04 à la CPAM ou en ligne sur le site ameli.fr.

Pour un arrêt inférieur à 6 mois, il faut soit avoir travaillé au moins 150 heures en tant que salarié au cours des 3 mois précédents, soit avoir cotisé sur un revenu équivalent à au moins 1 015 fois le montant du Smic horaire sur les 6 derniers mois. Pour un arrêt de plus de 6 mois, il faut être affilié à l’Assurance maladie depuis au moins un an et avoir travaillé au moins 600 heures au cours des 12 derniers mois, ou avoir cotisé sur un revenu d’au moins 2 030 fois le montant du Smic horaire sur cette même période.

Obligations et démarches en cas d’arrêt

L'auto-entrepreneur doit transmettre les volets 1 et 2 de son avis d'arrêt de travail à la SSI ou à la CPAM dont il dépend dans un délai maximum de 48 heures après la date de l'arrêt, par courrier ou via ameli.fr. Le micro-entrepreneur dispose d’un délai de 48 heures pour faire parvenir son arrêt de travail à la CPAM auquel il est rattaché afin de percevoir ses indemnités journalières.

Vous devrez conserver le volet 3 ou le transmettre à France Travail si vous bénéficiez de l’allocation des travailleurs indépendants (ATI). Le versement des IJ impose au micro-entrepreneur de respecter les heures de présence obligatoire à domicile et avertir dans les 48 heures la CPAM en cas de reprise anticipée de l’activité.

Que faire pendant un arrêt : gestion pratique et conseils

Même pendant un arrêt maladie de longue durée, Marc doit continuer à déclarer ses revenus mensuellement ou trimestriellement à l’URSSAF, même si son chiffre d’affaires est nul. Pour les factures impayées : il doit les déclarer le mois où le paiement est réellement reçu, même si ce mois ne correspond pas à la date d’émission de la facture.

3 conseils pour bien réagir en cas d’arrêt maladie en micro-entreprise :

Décrocher et se reposer : Acceptez la situation et ne cherchez pas à tout prix à continuer à travailler. Prenez le repos dont vous avez besoin.
Prévenir ses clients et anticiper son retour : Essayez de prévenir au plus tôt vos clients pour qu’ils s’organisent et communiquez avec eux régulièrement.
Envisager une prévoyance individuelle : L’indemnisation des arrêts maladie en micro-entrepreneur n’est pas toujours optimale. N’hésitez pas à vous protéger davantage en souscrivant une assurance prévoyance.

Assurances complémentaires : pourquoi et comment choisir

Les indemnités journalières du régime obligatoire existent mais restent souvent insuffisantes. Elles sont plafonnées, soumises à conditions et assorties d’un délai de carence. Souscrire une assurance indemnités journalières (IJ) complémentaire peut être nécessaire pour combler les lacunes du régime obligatoire.

Le montant des indemnités journalières complémentaires est le premier critère à vérifier avant de souscrire une assurance indemnités journalières pour un auto-entrepreneur. Il doit être suffisant pour couvrir la différence entre les indemnités journalières du régime obligatoire et les revenus habituels de l’auto-entrepreneur. Le délai de carence est également déterminant. Certains contrats prévoient une prise en charge dès le premier jour d’arrêt, d’autres à partir du 8e ou du 15e jour. La durée maximale d’indemnisation définit combien de temps les indemnités journalières seront versées en cas d’arrêt prolongé.

Plusieurs assureurs proposent des contrats d’assurance indemnités journalières (IJ) adaptés aux auto-entrepreneurs, tels qu’April, AXA, Malakoff Humanis, Entoria, Alptis, SwissLife, Wemind et Easyblue. Le tarif d’une assurance indemnités journalières (IJ) pour auto-entrepreneur varie entre 20 € et 120 € par mois selon l’âge et le niveau de protection souhaité ; pour un jeune assuré, le tarif varie généralement entre 20 € et 80 € par mois.

Plusieurs critères influencent directement le montant de l’assurance : l’âge de l’assuré, le montant des indemnités journalières souhaitées, la durée maximale d’indemnisation et le délai de carence choisi. Certains assureurs proposent des tarifs non évolutifs où la cotisation ne change pas avec l’âge.

Situations particulières et FAQ rapide

Un salarié en arrêt maladie peut créer une micro-entreprise, sous réserve de ne pas exercer une activité similaire à celle objet de l'arrêt, de respecter les horaires de présence à domicile imposés et de vérifier que son contrat de travail ne comporte pas de clause restrictive. Il continuera à percevoir ses indemnités journalières au titre de son activité salariée.

Un auto-entrepreneur a droit aux indemnités journalières en cas d’arrêt de travail (maladie, accident, congé maternité ou paternité, adoption), à condition de remplir plusieurs critères cumulatifs. Si le revenu annuel moyen des 3 dernières années est inférieur à 4 806 €, aucune indemnité journalière ne sera versée à l’auto-entrepreneur, quelle que soit la durée de l’ arrêt maladie.

En principe, un auto-entrepreneur en arrêt maladie doit cesser toute activité professionnelle. En revanche, un salarié en arrêt maladie peut créer une micro-entreprise pendant cette période, sous réserve de respecter plusieurs conditions.

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Points règlementaires essentiels

Les auto-entrepreneurs paient des cotisations URSSAF mensuellement ou trimestriellement. Bon à savoir : il existe une confusion entre micro-entrepreneur et auto-entrepreneur. La loi Pinel (2014) a fusionné ces 2 régimes le 1er janvier 2016, donc il s’agit désormais du même statut juridique.

Les cotisations sociales payées par les micro-entrepreneurs n’intègrent pas les accidents du travail et les maladies professionnelles (AT/MP). Par conséquent, un micro-entrepreneur qui n’a pas souscrit de sa propre initiative une assurance volontaire individuelle pour ces risques ne bénéficiera pas du versement d’indemnités journalières à ce titre. Seuls les frais de santé aux taux et aux conditions habituelles seront pris en charge.

Modalités de versement et durée selon le régime

Régime	Durée maximale d’indemnisation	Délai de carence
Régime général (SSI)	360 jours sur 3 ans (ALD : jusqu'à 3 ans)	7 jours (3 jours en cas d'hospitalisation)
CIPAV	90 jours (87 jours indemnisés après 3 jours de carence)	3 jours

En cas de cumul d’une activité salariée et d’auto-entrepreneur, la CPAM prend en compte uniquement les revenus salariaux pour le calcul des IJ.

Vous ne répondez pas aux conditions d’accès aux indemnités journalières ? Contactez votre Caisse primaire d’assurance maladie (CPAM) pour savoir si vous bénéficiez d’un maintien de droit au titre d’une précédente activité.

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