Règles fiscales et cession d’un fonds de commerce en base TVA pour les franchises

L’acquisition d’un fonds de commerce n’est pas une opération neutre sur le plan fiscal. En effet, elle entraîne des conséquences en matière de droits d’enregistrement, de TVA et de contribution économique territoriale (CET).

Droits d’enregistrement lors de la cession

L'acquisition d'un fonds de commerce entraîne pour l'acheteur le versement de droits d'enregistrement. Ils s'élèvent à 3 % du prix de vente du fonds, augmenté des charges, pour la fraction du prix comprise entre 23.000 et 200.000 euros et à 5 % pour la fraction du prix supérieure à 200.000 euros.

Les charges à prendre en compte sont constituées des prestations supplémentaires dont le vendeur est redevable mais qui sont effectivement imposées à l'acquéreur. Il s'agit, en particulier, des frais de vente, de certains impôts (par exemple la taxe foncière concernant la période qui précède l'entrée en jouissance) ou des travaux de remise en état de l'immeuble.

TVA et cession du fonds de commerce

La cession globale du fonds de commerce entraîne en principe le paiement de la TVA. Toutefois, cette opération est exonérée de TVA dès lors qu'elle remplit les conditions suivantes : la vente porte sur l'intégralité du fonds de commerce ; l'acquéreur est redevable de la TVA. L'exonération concerne alors l'ensemble des biens et des services transmis à l'occasion de la cession du fonds.

La franchise en base de TVA

La franchise en base de TVA allège les obligations fiscales : en effet, avec ce régime, il n'y a aucune déclaration de TVA à faire. En contrepartie, il n'est pas possible de déduire la TVA sur les achats professionnels réalisés pour les besoins de l'activité. Pour bénéficier du régime de la franchise en base de TVA, le chiffre d'affaires de l'entreprise ne doit pas dépasser certains seuils. Ces seuils varient selon l'activité exercée.

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Seuils et règles en 2026

À noter: Pour l’année 2026, les seuils de franchise en base de TVA françaises restent inchangés. La proposition issue de la loi de finances pour 2025 visant à instaurer un seuil unique de franchise en base de TVA de 25 000 € a été abandonnée. Les seuils restent donc distincts selon l’activité:

Ventes et hébergement: seuil de base 85 000 €, seuil majoré 93 500 €.
Prestation de services et professions libérales: seuil de base 37 500 €, seuil majoré 41 250 €.

Les entreprises nouvelles bénéficient de la franchise la première année, avec un ajustement au prorata selon le temps d’activité. Le calcul du prorata s’effectue lorsque l’activité débute en cours d’année et les seuils ne se calculent que sur une année complète.

Règles par activité

Pour bénéficier de la franchise en base de TVA, l’entreprise doit être dans l’une des situations suivantes selon l’activité :

Activité commerciale et d’hébergement: CA N-1 ≤ 85 000 €, CA N ≤ 93 500 € (au prorata si démarrage en cours d’année).
Activité de prestation de services: CA N-1 ≤ 37 500 €, CA N ≤ 41 250 € (au prorata si démarrage en cours d’année).
Activité libérale (sauf avocat): règles similaires aux services, mais des spécificités existent selon la nature réglementée ou non.

Exemples et prorata

Exemple de prorata pour démarrage en cours d’année: si l’entreprise démarre le 14 mai 2025 et réalise 82 000 € de CA sur 232 jours de l’année, le CA annuel est recalculé: (82 000 € × 365) / 232 = 129 009 €. Dans ce cas, le chiffre d’affaires proratisé dépasse le seuil majoré de 93 500 €, et l’entreprise perd le bénéfice de la franchise à partir de l’année suivante.

Cas particuliers par activité

Activité de services et hébergement

Les règles de franchise et les seuils diffèrent selon que l’entreprise exerce une activité commerciale, d’hébergement ou de services. Pour les services, le seuil de base est plus bas que pour la vente et l’hébergement. Le prorata est appliqué pour les démarrages en cours d’année et peut conduire au passage au régime TVA l’année suivante si les seuils ne sont pas respectés sur une année complète.

Activité libérale et avocats

Pour les activités libérales, les seuils reflètent des prestations spécifiques; les avocats ou artistes-auteurs disposent de régimes propres et de seuils distincts qui peuvent influencer l’application de la franchise. Le suivi des seuils et la comptabilisation des recettes par catégorie sont importants pour identifier le chiffre d’affaires généré par chaque catégorie.

Régime et options après franchisation

La franchise dispense de déclarations et de reversement de TVA tant que les seuils sont respectés. En revanche, la TVA ne peut pas être déduite sur les achats. Il est possible d’opter pour le paiement de la TVA même sous les seuils, et cette option est valable deux ans et renouvelable, avec effet dès le premier jour du mois de sa formulation.

Option pour le régime réel: l’entreprise collecte la TVA sur les ventes, déduit celle sur les achats et reverse la différence à l’État via les déclarations de TVA. Cette option peut être avantageuse pour les entreprises qui investissent ou qui ont des achats importants.
Option d’un passage au réel dès le début d’activité ou après le dépassement des seuils.
Gestion des seuils et mentions sur les factures: les factures sous franchise portent la mention “TVA non applicable, art. 293 B du CGI”.

Implications fiscales liées à la cession

La TVA, l’impôt sur les sociétés ou sur le revenu et la CET peuvent être concernés selon les cas. L’acte de cession, les régularisations et les mentions à apporter sur les déclarations fiscales doivent être anticipés. Le cédant et le cessionnaire peuvent prévoir la répartition de la CET dans le contrat de cession, et la cession peut entraîner une exonération de CET sous certaines conditions si l’exploitation cesse.

Cas de figure et bonnes pratiques

Lors de la cession d’un fonds de commerce, vérifier si l’acte de vente porte sur l’intégralité du fonds et si l’acquéreur est redevable de la TVA pour l’application de l’exonération ou de la TVA.
Pour les transmissions de fonds de commerce, l’avocat et l’expert-comptable peuvent sécuriser les mentions et anticiper les basculements au réel afin d’éviter des redressements.
Les seuils et leurs évolutions sont à suivre chaque année, notamment les règles relatives à l’entrée et au dépassement des seuils et les implications sur la facturation et la déductibilité.

Tout savoir sur les cessions de fonds de commerce et de droit au bail - Maître Baptiste ROBELIN

Tableau récapitulatif des règles clés

Élément	Règle	Impact
Droits d'enregistrement	3 % jusqu’à 200.000 € ; 5 % au-delà, sur le prix du fonds et charges	Coût d’acquisition pour l’acheteur
TVA sur cession globale	Exonération si conditions: vente intégrale et acquéreur redevable de la TVA	Exonération TVA sur ensemble des biens et services
Franchise en base TVA	CAN-1 ≤ seuils; seuils > 85k/37.5k; prorata possible si démarrage	Déclaration nulle et TVA non déductible
Seuils 2026	85 000 € (ventes/hébergement), 93 500 € (majoré); 37 500 € (services/libérales), 41 250 € (majoré)	Déclenchement passage TVA en fonction du dépassement
Option pour TVA volontaire	Option valable 2 ans; effets dès le premier jour du mois	Récupération de la TVA sur achats et déductions potentielles

Exemples pratiques et précautions

Exemple: Une entreprise de services réalise 24 000 € en 2025 et 38 500 € en 2026. Le seuil de base étant 37 500 €, elle peut bénéficier de la franchise en 2026 mais dépasse le seuil majoré de 41 250 €, elle sera soumise à la TVA dès le dépassement.

Exemple prorata démarrage: si démarrage le 14 mai 2025 et CA 27 000 € sur 232 jours, CA proratisé 2025 = (27 000 × 365) / 232 = 42 478 €, au-delà du seuil de 41 250 €, donc franchise non maintenue en 2026.

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