Taux et charges patronales éligibles au Crédit d'Impôt Recherche (CIR) : guide détaillé

Le Crédit d’Impôt Recherche (CIR) est l’un des principaux leviers de financement public de la R&D en France. Le CIR est un dispositif fiscal qui permet aux entreprises qui ont des projets de recherche de déduire une partie de leurs dépenses de R&D de leur impôt. En 2025, le CIR est un dispositif fiscal incontournable. Qu’est-ce que le CIR et pourquoi est-il stratégique pour les entreprises innovantes ? Le crédit d'impôt recherche a été créé pour soutenir les efforts financiers des entreprises en matière de recherche et développement (R&D) et d’innovation.

Principe général et taux applicables

Le principe : le crédit d'impôt s’impute sur l’impôt sur les bénéfices (IR ou IS) dû par l'entreprise au titre de l'année au cours de laquelle les dépenses de recherche ont été réalisées. L'excédent de crédit d'impôt non imputé fait naître au profit de l’entreprise une créance sur l'Etat de même montant. Cette créance est imputable sur l'impôt sur les bénéfices (IR ou IS) dû au titre des 3 années suivantes. A l'issue de cette période de 3 ans, la créance est remboursable.

Précision : le crédit d’impôt recherche s’élève, par année civile, à 30 % des dépenses éligibles. Ce taux étant abaissé à 5 % pour les dépenses engagées au-delà de 100 M€. Pour les exploitations situées dans les départements d'outre-mer (DOM) le taux du CIR est fixé à 50 % pour la fraction des dépenses de recherche qui n’excède pas 100 M€ ; 5 % pour la fraction des dépenses de recherche supérieure à ce montant.

Dépenses ouvrant droit au CIR (rappel des catégories)

Toutes les dépenses de recherche ne permettent pas de bénéficier du crédit d’impôt. Seules celles expressément prévues par la loi ouvrent droit au CIR, à savoir :

• les dotations aux amortissements des immobilisations créées ou acquises à l’état neuf et affectées directement à la réalisation d'opérations de recherche scientifique et technique, y compris la réalisation d'opérations de conception de prototypes ou d'installations pilotes ;
• les dépenses de personnel afférentes aux chercheurs et techniciens de recherche directement et exclusivement affectés à ces opérations ;
• les rémunérations supplémentaires des salariés auteurs d'une invention résultant d'opérations de recherche ;
• les autres dépenses de fonctionnement, fixées forfaitairement à 75 % des dotations aux amortissements (mentionnées ci‑dessus) et 40 % des dépenses de personnel (43 % pour les dépenses de recherche exposées avant le 16 février 2025) ;
• les dépenses exposées pour la réalisation d'opérations confiées à des organismes agréés ou à des experts scientifiques agréés, sous conditions et limites (plafonds et non-dépendance) ;
• les dépenses de normalisation afférentes aux produits de l'entreprise (pour la moitié de leur montant) ;
• les dépenses liées à l'élaboration de nouvelles collections (secteur textile-habillement-cuir, jusqu'au 31 décembre 2027) ;
• les dépenses d'innovation (conception de prototypes ou installations pilotes) faites par les PME, dans la limite globale de 400 000 € par an (jusqu’au 31 décembre 2027).

Charges patronales éligibles : panorama et précisions

Parmi les dépenses à prendre en compte figurent les dépenses de personnel. Il s’agit principalement des rémunérations, et des cotisations sociales obligatoires correspondantes, des chercheurs et techniciens de recherche qui sont directement et exclusivement affectés aux opérations de R&D. En effet, ni les textes applicables ni la doctrine ne réduisent aux seules dépenses de personnel salarié les dépenses de personnel éligibles.

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Les cotisations et contributions éligibles comprennent notamment :

• les cotisations dues au titre des assurances maladie, maternité, invalidité et décès ;
• les cotisations dues au titre de l'assurance vieillesse et de l'assurance veuvage ;
• les cotisations dues au titre des accidents du travail et des maladies professionnelles ;
• les cotisations dues au titre des allocations familiales ;
• les cotisations dues au titre de l'assurance chômage ;
• les cotisations dues au titre de l'association pour la gestion du régime d'assurance des créances des salariés (AGS) ;
• des contributions versées par l'employeur au titre des régimes de prévoyance complémentaire ;
• les cotisations et contributions correspondant à des impositions de toute nature telles que la contribution solidarité autonomie, la contribution exceptionnelle associée, les taxes liées aux salaires (taxe d'apprentissage, participation au développement de la formation professionnelle, contribution au développement de l'apprentissage), le forfait social, la cotisation au fonds national d'aide au logement, le versement transport, etc.;
• les versements pour le fonctionnement du comité d'entreprise, contributions aux organisations professionnelles et syndicales, contributions à la médecine du travail, contribution AGEFIPH, etc.

Exemples concrets de charges patronales souvent admises et mentionnées dans la doctrine et la jurisprudence :

• CET (Contribution d'équilibre technique) liée à la fusion AGIRC-ARRCO ;
• CEG (Contribution Exceptionnelle de Gestion) ;
• Assurance chômage ;
• AGS / FNGS ;
• Assurance maladie, maternité, invalidité et décès ;
• Assurance vieillesse, allocations familiales ;
• Accident du travail et maladies professionnelles ;
• Retraite complémentaire ARRCO / AGIRC ;
• Mutuelle et prévoyance complémentaire ;
• Assurance décès obligatoire ;
• Réduction Fillon (allégement des cotisations) : mécanisme affectant le coût du travail.

Autres charges patronales potentiellement éligibles

Voici maintenant les autres charges patronales que vous pouvez ajouter dans l'assiette du CIR et du CII, sous réserve d'analyse : tickets restaurant, participation, intéressement, PEE, PERCO, chèques-cadeaux, paritarisme. La jurisprudence (ex. TA Montreuil 17-11-2016 n° 1509742 ; CE 12-3-2014 nos 365875 et 365877) a parfois reconnu l'éligibilité de certaines de ces contributions dans des conditions précises.

Personnels éligibles et exclusions

Aux termes du 1 de l'article 49 septies G de l'annexe III au CGI, les chercheurs sont des scientifiques ou des ingénieurs travaillant à la conception ou à la création de connaissances, de produits, de procédés, de méthodes ou de systèmes nouveaux. Sont assimilés à des techniciens de recherche les stagiaires et apprentis remplissant les conditions prévues. Il est admis que soient retenues les dépenses afférentes aux personnels de recherche dont l'entreprise n'est pas l'employeur mais qui sont mis à sa disposition par une autre entreprise ou une association (association du travail en temps partagé, groupement d'employeurs).

Le personnel de soutien est expressément exclu du champ d'application du crédit d'impôt. Il s'agit notamment des activités administratives, de direction, juridiques et réglementaires, commerciales, de transport, d’entreposage, d’entretien et de maintenance, de sécurité et de qualité.

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Les salaires des chercheurs et techniciens de recherche et personnel assimilé affectés à temps partiel ou en cours d'année à des opérations de recherche sont pris en compte au prorata du temps effectivement consacré à ces opérations. Le prorata d'affectation permet de déterminer la part de rémunération des personnels non affectés exclusivement à des opérations de recherche prise en compte dans la base de calcul du CIR, et est calculé en rapprochant le nombre d'heures (ou jours) consacrés à la recherche par rapport au total d'heures travaillées.

Cas particuliers et points d’attention

• Les dirigeants d’entreprise même non-salariés peuvent être valorisés dans le CIR-CII s’ils participent effectivement et personnellement aux projets éligibles, sous réserve que leur rémunération constitue une charge déductible du résultat fiscal. Dans le cas particulier des entreprises unipersonnelles soumises à l’IR (SARL de famille, EURL), les rémunérations des dirigeants ne constituent pas une charge déductible du résultat imposable.
• Il est admis que les dépenses de personnel concernant des fonctionnaires autorisés à apporter leur concours scientifique ouvrent droit, sous conditions, au CIR ; les sommes facturées par ces agents peuvent être incluses si elles sont considérées comme opérations de recherche et techniques et si le fonctionnaire opte pour le régime des traitements et salaires.
• Les frais de personnel « externe » (mis à disposition, intérimaires, portage salarial) restent une catégorie de dépenses dont la valorisation est peu explicitée dans la doctrine et sujette à un examen minutieux de l’administration.
• Les jeunes docteurs bénéficiaient d'un régime favorable (doublement d'assiette pour les 24 premiers mois suivant le premier recrutement). La loi de finances pour 2025 a supprimé ce dispositif jeune docteur.
• Les dotations aux amortissements des immeubles acquis ou achevés avant le 1er janvier 1991 ou dont le permis de construire a été délivré avant cette date ne sont pas prises en compte.
• Pour les opérations confiées à des organismes agréés, attention aux plafonds (limite globale de 2 M€ par an, portée à 10 M€ pour certaines sous-traitances sous conditions).

Sécuriser la déclaration : bonnes pratiques et recours

De nombreuses entreprises commettent des erreurs lors de leur déclaration CIR. Comment sécuriser la déclaration des dépenses CIR ? Le rescrit fiscal permet de demander à l’administration fiscale de confirmer l’éligibilité d’un projet avant déclaration. Faites votre déclaration via le formulaire Cerfa 2069-A-SD en temps et en heure, selon votre exercice fiscal. Les entreprises passibles de l’IS déposent cette déclaration spéciale auprès du service des impôts des entreprises dont elles dépendent, dans les mêmes délais que leur relevé de solde IS. Les entreprises soumises à l’IR doivent quant à elles déposer la déclaration spéciale dans les mêmes délais que la déclaration annuelle de résultat.

Le conseil d’expert : il est très important d’anticiper la collecte de ces informations bien en amont de votre déclaration de CIR. La coopération avec des avocats ou cabinets spécialisés permet de se tenir informé des évolutions législatives et jurisprudentielles susceptibles d’affecter l’éligibilité des charges patronales. En pratique, auditez votre dossier et documentez précisément l’affectation du temps des collaborateurs, les contrats des prestataires, et la ventilation des charges sociales incluses dans la paie.

Calcul pratique : éléments à retenir pour l'assiette

Dans le calcul du crédit d’impôt, il faut prendre en compte le salaire brut annuel chargé prorata du temps R&D ainsi que les frais de fonctionnement forfaitaires. Les frais de fonctionnement correspondent aux frais annexes liés aux travaux de Recherche et Développement (ex : l’achat de matières premières, les démarches administratives…). Ces frais sont fixés de manière forfaitaire et représentent 40% des dépenses de personnel (43 % pour les dépenses de recherche exposées avant le 16 février 2025). On retient le salaire brut chargé prorata du temps R&D, les cotisations patronales et des frais de fonctionnement forfaitaires.

Exemples et erreurs fréquentes

Un point déterminant : vous pouvez très bien faire de la R&D et malgré tout ne pas obtenir de CIR. Cette situation est d’ailleurs très courante. C’est notamment le cas de la startup où les travaux de R&D sont réalisés par les fondateurs qui ne se rémunèrent pas encore. Il est donc important de faire la liste de toutes les dépenses qui rentrent dans le calcul du crédit impôt recherche et innovation. C’est souvent le principal poste de dépense. Dans le calcul du crédit d’impôt, il faut prendre en compte le salaire brut annuel chargé ainsi que les frais de fonctionnement.

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Attention aux dépenses exclues : les dépenses liées au personnel de soutien doivent être exclues. L'administration a indiqué que les activités de soutien ne s'inscrivent pas directement dans les tâches scientifiques et techniques de la R&D et ne sont pas réalisées par du personnel qualifié pour la R&D (activités administratives, juridiques, commerciales…). Les dividendes ne sont pas éligibles.

Combo CIR / CII et modalités déclaratives

Une même entreprise peut bénéficier à la fois du crédit d’impôt recherche (CIR) et du crédit d’impôt innovation (CII), mais pas pour les mêmes dépenses. Il existe un taux spécifique pour le crédit d’impôt innovation (CII). Pour le CII : le calcul du CII a changé plusieurs fois ces dernières années. Le 1er janvier 2023 le taux du CII est passé de 20% à 30%. En contrepartie, les frais de fonctionnement ne sont plus comptabilisés avec le crédit impôt innovation. Par conséquent, lorsque vous déclarez du CII, vous devez appliquer la bonne méthode de calcul ! Il vous faut adopter l’ancienne méthode (avec un taux de 30% et sans compter les frais de fonctionnement) pour les travaux de 2023 et 2024.

L’entreprise qui souhaite bénéficier du CIR doit déclarer les dépenses éligibles : au moment du relevé de solde de l’impôt sur les sociétés (IS) si elle relève de l’IS, soit au plus tard le 15 du 4e mois suivant la clôture de l’exercice ; au moment de sa déclaration de résultats si elle relève de l’impôt sur le revenu, soit au plus tard le 2e jour ouvré suivant le 1er mai. Par exemple, les dépenses réalisées en 2026 seront imputées sur le solde de l’impôt dû au titre de l’année 2026 (payé en 2027).

Si vous avez des questions concernant l'éligibilité de ces charges aux dispositifs fiscaux de financement de l'innovation, n'hésitez pas à solliciter un audit spécialisé afin de sécuriser votre dossier et anticiper un contrôle de l'administration.

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