Comment comptabiliser les congés paternité en entreprise: guide exhaustif et pratique

Le Code du travail contient de nombreuses dispositions permettant au salarié de quitter momentanément son emploi pour des raisons personnelles, et plus particulièrement familiales. Ces moments de suspension du contrat de travail sont la plupart du temps qualifiés de « congés ». Parmi ceux-ci figure le « congé de paternité et d'accueil de l'enfant » qui offre aux salariés un droit au congé à l'occasion de la naissance d'un enfant. ▶ 🚨 LFSS 2026 🚨 L'article 99 de la loi de financement de la Sécurité sociale (LFSS) pour 2026 instaure un nouveau congé de naissance indemnisé par la Sécurité sociale, ouvert à chacun des deux parents en complément des congés maternité, paternité et d'adoption. Chaque parent pourra prendre un congé d'1 ou 2 mois, simultanément ou successivement, permettant jusqu'à 4 mois de garde parentale au total. Il devrait être indemnisé à hauteur de 70% du salaire net le premier mois et de 60% le second, ces montants étant à confirmer par décret, de même que le délai dans lequel il devra être pris. Ce dispositif, applicable pour les enfants nés ou adoptés à compter de janvier 2026 ou dont la naissance était prévue à cette date, ne sera déployé qu'à partir du 1er juillet 2026 (communiqué de presse du Ministère de la Santé du 29 décembre 2025).

Les bases juridiques et les nouveautés pertinentes pour la comptabilité

En tout état de cause, l'ensemble des dispositions applicables au congé de paternité sont impératives. Le congé paternité et d'accueil de l'enfant est régi par les articles du Code du travail et du Code de la sécurité sociale, avec des jalons importants pour l’employeur et le service paie. Depuis 2021, la durée du congé paternité est fixée à 25 jours calendaires (32 jours en cas de naissances multiples), avec une première période obligatoire de 4 jours et une seconde période de 21 jours (ou 28 jours en cas de naissances multiples) pouvant être fractionnée. La catégorie des indemnités journalières est assurée par l’assurance maladie-maternité et est soumise à des conditions d’affiliation et de heures travaillées.

La mise en place du nouveau congé supplémentaire de naissance à partir de 2026 est une évolution majeure pour les entreprises et les bulletins de paie, car il s’agit d’une indemnisation complémentaire et d’un allongement de la période pendant laquelle le salarié peut être absent tout en étant indemnisé par la sécurité sociale. Pour la comptabilité, cela implique d’intégrer des postes d’IJSS et de suivre les règles DSN depuis juillet 2022.

Conditions générales et conditions liées à la paternité

Le congé paternité est ouvert à tous les salariés sans condition d’ancienneté ni de taille d’entreprise. Le salarié doit informer son employeur de la date prévisionnelle d’accouchement au moins un mois avant celle-ci. Le congé est de droit; l’employeur ne peut ni refuser ni exiger le report, sous réserve du respect des délais et des règles de prise du congé. Le salarié peut fractionner le second volet de 21 jours selon les modalités prévues, et la date de début peut être modifiée en cas d’hospitalisation de l’enfant ou d’autres circonstances prévues par la réglementation.

Le congé est composé d’un congé de naissance de 3 jours ouvrables et d’un congé paternité de 25 jours calendaires (32 jours en cas de naissances multiples) répartis en 2 périodes. Le versement des indemnités est assuré par la CPAM (ou MSA selon le régime) et dépend des conditions d’affiliation et du salaire de référence. L’employeur n’est pas tenu de maintenir le salaire pendant le congé, sauf disposition conventionnelle plus favorable.

Modalités et effets du congé paternité

Depuis le 1er juillet 2021, la durée du congé paternité est de 25 jours calendaires, avec 4 jours obligatoires immédiatement après le congé de naissance. Les 21 jours restants peuvent être pris en une ou deux périodes, chacune d’au moins 5 jours. Le congé est assimilé à une période de présence dans l’entreprise pour certains droits (répartition de l’intéressement, réserve de participation, PPV) et bénéficie d’une protection contre le licenciement pendant les 10 semaines suivant la naissance.

La rémunération pendant le congé: l’employeur n’a pas l’obligation de maintenir le salaire, mais le salarié peut percevoir des indemnités journalières versées par la CPAM, sous conditions d’affiliation et d’heures travaillées. Le calcul des IJSS suit la base de salaire des 3 derniers mois, plafonné par le PMSS et soumis à un abattement de 21% pour la part salariale. Le montant varie entre un minimum et un maximum déterminé par le PMSS et les règles en vigueur.

Cas particuliers et cas de naissances multiples

En cas de naissances multiples, la durée passe à 32 jours calendaires et le second volet peut être étendu (28 jours facultatifs). En cas d’hospitalisation immédiate de l’enfant après la naissance, des prolongations peuvent être prévues selon les circonstances médicales et les règles applicables. Ces particularités doivent être reflétées dans les bulletins de paie et les transmissions à la CPAM.

Comptabilisation et DSN: comment enregistrer le congé paternité

Comptablement, le congé paternité est une suspension du contrat de travail: pas de salaire à verser par l’employeur pendant le congé, sauf dispositions conventionnelles plus favorables. Les indemnités versées par la CPAM n’entrent pas dans le salaire mais dans des prestations sociales, et influencent le calcul des IJSS sur le bulletin de paie et les déclarations DSN.

Depuis 2022, Net-Entreprises propose une simplification des déclarations: le DSN permet de signaler l’arrêt de travail et les périodes de congé, les données étant ensuite transmises à la CPAM pour le calcul des indemnités journalières. Si l’outil DSN n’est pas disponible, l’employeur peut transmettre une attestation de salaire via DEPOFI sur net-entreprises.fr ou remplir le formulaire de transmission des dates de congé paternité. Le salarié doit quant à lui veiller à envoyer les documents attestant de la naissance à sa CPAM.

Rémunération et indemnités en 2026: ce qui change et ce qui reste identique

En 2026, le congé de naissance peut prolonger le temps passé avec l’enfant grâce au congé supplémentaire de naissance, qui s’étend sur 1 à 2 mois avec une indemnisation dégressive (70% puis 60% du salaire net). Le droit demeure inchangé sur le fait que le congé paternité et d’accueil est un droit ouvert à tous les salariés, mais les modalités d’indemnisation et de déploiement peuvent évoluer par décret. Les plafonds et les règles d’affiliation évoluent avec les lois et décrets annuels.

Tableau récapitulatif des durées et conditions (2026)

Cas	Durée totale congé	Détails
Naissance simple	28 jours (3 jours naissance + 25 jours paternité)	4 jours obligatoires après naissance; 21 jours facultatifs, fractionnables
Naissances multiples	32 jours	4 jours obligatoires + 28 jours facultatifs; possibilité de fractionnement
Conjoint ou autre personne vivant avec la mère	Idem selon les conditions de lien	Droit étendu au partenaire non père biologique selon PMA et liens

Exemple pratique et planification: naissance le jeudi 15 janvier 2026, 3 jours ouvrables de congé de naissance, 4 jours obligatoires puis 21 jours éventuellement fractionnables dans les 6 mois suivant la naissance.

Droit du travail | Le congé de paternité et d’accueil de l’enfant (tutoriel)

À propos de l’information à transmettre et des responsabilités

Le salarié doit informer l’employeur et envoyer les justificatifs de naissance à la CPAM, tandis que l’employeur transmet les données via DSN ou attestation de salaire. En cas de décès de la mère ou d’hospitalisation de l’enfant, des dispositions particulières permettent une adaptation des dates et des durées. En cas de refus par l’employeur, le salarié peut saisir le conseil de prud’hommes.

Synthèse pratique pour la comptabilité et les ressources humaines

Informer l’employeur au moins 1 mois avant la date prévisionnelle de l’accouchement; l’employeur ne peut refuser le congé si le préavis est respecté.
Intégrer la période de congé paternité dans la DSN dès le début du congé; assurer la transmission automatique à la CPAM pour les IJSS.
Calculer les IJSS en fonction du salaire journalier de base plafonné par le PMSS; appliquer l’abattement de 21% pour la part salariale.
Documenter la naissance avec les documents requis (acte de naissance, livret de famille, acte de reconnaissance, etc.) et les transmettre à la CPAM selon les cas.
Prévoir les cas particuliers (hospitalisation, naissances multiples) et les possibilités de fractionnement du congé.

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