Comptabilisation et fiscalité de la rémunération du gérant en SEL : règles comptables et fiscales

Les sociétés d'exercice libéral (SEL) permettent aux professionnels libéraux d'exercer leur activité sous forme de sociétés de capitaux soumises à l'impôt sur les sociétés. Si le régime fiscal de la société est en principe celui de droit commun, le régime applicable à la rémunération des associés, et en particulier du gérant, a connu des évolutions importantes depuis 2022. Cet article reprend les règles comptables et fiscales applicables, les implications pratiques et les recommandations pour la tenue des écritures et la déclaration des revenus.

Formes de SEL et règles générales

Les SEL peuvent prendre plusieurs formes : SELARL (y compris unipersonnelle), SELAFA, SELAS, SELCA. Elles sont soumises aux dispositions des sociétés commerciales correspondantes et, en principe, à l'impôt sur les sociétés. En revanche, la qualification fiscale des rémunérations perçues par les associés dépend de la nature des sommes (rémunération de mandat social versus rémunération technique liée à l'activité libérale) et de l'existence d'un lien de subordination.

Évolution doctrinale et cadre juridique

Avant la mise à jour du BOFiP du 15 décembre 2022, l'administration considérait souvent que les rémunérations des associés de SEL relevaient des traitements et salaires. Après prise en compte de décisions du Conseil d'État (CE 16 octobre 2013 n°339822 et CE 8 décembre 2017 n°409429), l'administration a modifié sa doctrine fin 2022-début 2023 et, par une mise à jour du 27 décembre 2023 et un rescrit du 24 avril 2024 (BOI-RES-BNC-000136), a posé le principe suivant : les rémunérations liées à l'activité libérale des associés de SEL sont, en principe, imposées parmi les bénéfices non commerciaux (BNC), sauf démonstration d'un lien de subordination caractérisant une activité salariée.

Toutefois, la tolérance administrative consistant à rattacher forfaitairement 5 % de la rémunération globale des gérants à leur fonction de direction a été jugée contraire à la loi par le Conseil d'État dans sa décision du 8 avril 2025 (n°492154). Le Gouvernement a confirmé en février 2026 le régime en principe applicable (BNC pour les rémunérations techniques, sauf lien de subordination) et l'inapplicabilité de la tolérance de 5 %. Des évolutions réglementaires étaient à l'étude début 2026, la DLF s'orientant vers une suppression de la mesure initiale et la profession appelant à une refondation globale des règles de rémunération des dirigeants.

Distinction essentielle : mandat social vs rémunération technique

La distinction entre rémunération au titre du mandat social et rémunération au titre de l'activité libérale (rémunération technique) est centrale.

Lire aussi: traitement comptable de la rémunération du dirigeant

• Rémunération du mandat social : son régime dépend de la forme de la SEL.
  • SELARL : la rémunération du gérant majoritaire relève de l'article 62 du CGI (assimilée aux traitements et salaires pour l'IR, avec régime social TNS selon la situation).
  • SELAS/SELAFA : les rémunérations versées au titre du mandat social relèvent en principe de la catégorie des traitements et salaires (régime des assimilés salariés selon les cas).
• Rémunération technique : en l'absence de lien de subordination, elle est imposée en BNC. Si un lien de subordination existe, elle relève des traitements et salaires.

Le BOFiP précise que, pour les gérants majoritaires de SELARL et les gérants de SELCA, les règles s'appliquent aux rémunérations allouées à raison de l'exercice d'une activité libérale lorsqu'elles peuvent être distinguées des rémunérations perçues au titre des fonctions de gérant ; dans le cas contraire, l'ensemble reste imposé selon l'article 62 du CGI.

Conséquences fiscales pour l'associé imposé en BNC

Lorsque la rémunération technique est imposée en BNC :

• L'associé doit tenir, sous le régime réel, une comptabilité retraçant le détail des recettes et des dépenses professionnelles (déclaration 2035 pour la déclaration contrôlée).
• Il peut relever du régime micro-BNC si le seuil de chiffre d'affaires prévu à l'article 102 ter du CGI est respecté et s'il n'est pas exclu du régime ; dans ce cas, il utilise la déclaration 2042-C-PRO et bénéficie d'un abattement forfaitaire de 34 % (plafonné) au lieu de la déduction forfaitaire de 10 % applicable aux traitements et salaires.
• La déduction forfaitaire de 10 % pour frais professionnels (CGI art. 83) n'est pas applicable aux BNC, ce qui peut entraîner un surcoût fiscal notable pour certains contribuables.
• Les cotisations « Madelin » et autres cotisations sociales obligatoires ou facultatives peuvent être déduites sous conditions (article 154 bis du CGI), conformément aux précisions du rescrit du 24 avril 2024.

Obligations TVA et CFE

La doctrine administrative précise que l'associé exerçant au sein d'une SEL n'est pas assujetti à la TVA pour la rémunération de ses fonctions techniques : il n'agit pas comme un agent économique indépendant vis-à-vis des clients de la SEL et n'est donc pas soumis à l'obligation de facturation (article 289 CGI). La SEL elle-même reste assujettie à la CFE et à la CVAE dans les conditions de droit commun. Les associés ne sont personnellement redevables de la CFE que s'ils exercent par ailleurs une activité professionnelle propre non salariée.

Comptabilisation dans la SEL (avis CNOEC n°2024-01)

Il convient de distinguer les écritures à passer dans la comptabilité de la SEL de celles relevant de la comptabilité BNC de l'associé. Le CNOEC recommande, pour un grand nombre de situations, d'enregistrer les rémunérations des associés au débit du compte 641 « Rémunérations du personnel », indépendamment de l'existence ou non d'un lien de subordination. Toutefois le choix du compte dépendra aussi de la nature fiscale et sociale de la rémunération.

Principales écritures côté SEL :

Lire aussi: Tout savoir sur la comptabilisation CFE/CVAE

• Rémunération technique versée à un associé imposé en BNC : débit du compte 622 « Rémunérations d'intermédiaires et honoraires » ou, selon le CNOEC, possible usage du compte 641 « Rémunérations du personnel » - la pratique majoritaire et l'avis CNOEC privilégient le compte 641 ;
• Rémunération liée au mandat social : comptabilisée en rémunération de gérance (compte 641 ou sous-compte) lorsque l'article 62 du CGI s'applique ;
• Charges sociales patronales : compte 645 « Charges de sécurité sociale et de prévoyance » ;
• Dette envers l'associé (rémunération non versée immédiatement) : crédit du compte 455 « Associés - Comptes courants ».

Exemple pratique (issu du matériel) : un associé de SELAS, sans lien de subordination, perçoit 10 000 € d'honoraires mensuels au titre de son activité libérale.

• Chez la SEL : Débit 622 Honoraires rétrocédés : 10 000 € - Crédit 455 Compte courant associé : 10 000 €.
• Lors du règlement : Débit 455 Compte courant associé : 10 000 € - Crédit 512 Banque : 10 000 €.

Comptabilisation côté associé (BNC)

L'associé imposé en BNC enregistre les honoraires rétrocédés par la SEL en recettes encaissées sur la déclaration 2035. Les charges déductibles (cotisations sociales obligatoires et facultatives, frais professionnels engagés directement) viennent en diminution de ces recettes et doivent être reportées sur les lignes correspondantes de la 2035 conformément au rescrit du 24 avril 2024.

Aspects pratiques et risques

• Il est indispensable de ventiler et de documenter clairement la répartition entre rémunération technique et rémunération de mandat social (procès-verbal, statuts, pacte d'associés, conventions, pièces justificatives) : cette ventilation sera déterminante en cas de contrôle. Une ventilation qui ne reflète pas la réalité des opérations risque d'être contestée.
• L'incohérence entre la comptabilité de la SEL, la déclaration personnelle (2035/2042) et les déclarations sociales (DSN, Urssaf) est source de redressements et de demandes d'explications.
• Les conséquences fiscales peuvent être significatives : par exemple, la suppression de l'abattement de 10 % (traitements et salaires) et l'imposition en BNC peuvent générer un surcoût d'impôt important selon la tranche marginale d'imposition.
• L'associé doit détenir un numéro SIREN pour son activité technique au sein de la SEL (identification fiscale) ; cette immatriculation se fait via le Guichet Unique mais ne constitue pas une immatriculation en tant qu'entreprise individuelle.

Déclarations et formalités pratiques

Pour déclarer correctement :

• Séparer les flux : déclarations 2035 pour le régime de la déclaration contrôlée ou 2042-C-PRO pour le micro-BNC ;
• Veiller à la cohérence entre comptabilité SEL et déclaration personnelle ;
• Anticiper l'impact sur les acomptes d'impôt et sur la trésorerie : la logique BNC implique une gestion différente des acomptes que la logique traitements et salaires ;
• Adapter la paie et la DSN selon la nature sociale des rémunérations : la DSN reste le canal standard pour les situations assimilées salariées, mais la nature fiscale (BNC) peut diverger de la présentation paie.

Recommandations pratiques

• Formaliser la ventilation des rémunérations (procès-verbaux, conventions, affectation comptable) afin de pouvoir prouver la distinction entre rémunération technique et rémunération de mandat en cas de contrôle.
• Consulter un expert-comptable pour adapter les écritures (sous-comptes 641, comptes 455, 622, 645) et sécuriser la cohérence entre comptabilité société et déclarations personnelles.
• Mettre à jour les statuts et les procès-verbaux pour clarifier la répartition des rémunérations et éviter des interprétations défavorables de l'administration.
• Anticiper l'impact social et retraite : la modification du régime fiscal peut affecter la prévoyance et les droits retraite ; analyser les conséquences et envisager des solutions (prévoyance, retraite complémentaire).
• Suivre l'actualité réglementaire : des évolutions étaient en cours début 2026 et la doctrine administrative peut être précisée à tout moment.

Tableau synthétique : traitement selon la nature et la forme

Cas pratiques et pièges fréquents

Dans la pratique, les erreurs fréquentes sont :

• Ne pas ventiler les rémunérations et déclarer l'ensemble en article 62 par simple habitude : risque de redressement si la part technique devrait être en BNC ;
• Omettre l'inscription au SIREN pour l'associé pour sa rémunération technique et les conséquences déclaratives associées ;
• Absence de cohérence entre la comptabilité de la SEL, la 2035 de l'associé et les déclarations sociales ;
• Application mécanique d'un prorata forfaitaire sans support factuel : l'administration attend une ventilation en conformité avec la réalité des fonctions.

Points complémentaires

Le rescrit du 24 avril 2024 précise la liste des charges déductibles, les modalités de déduction des cotisations (article 154 bis CGI), le traitement des honoraires rétrocédés par la SEL à des associés d'une SPFPL, les questions de TVA, CFE et l'éligibilité aux dispositifs d'épargne salariale. La doctrine administrative rappelle aussi que l'associé n'est pas tenu de facturer ses actes à la SEL et n'est pas assujetti à la TVA au titre de ces rémunérations techniques.

Lire aussi: Guide TVA : Achat en Chine

Enfin, la question de l'impact sur le résultat de la SEL est importante : si la société rétrocède des honoraires à l'associé et que cet associé les déclare en BNC, la SEL peut voir diminuer ses charges déductibles et le régime social du dirigeant est affecté. La profession appelle à une refondation globale des règles afin de prendre en compte ces conséquences sur la rémunération, la prévoyance et la retraite.

Bonnes pratiques finales

• Documenter et justifier la ventilation entre mandat et activité technique.
• Paramétrer des sous-comptes 641 pour distinguer clairement les catégories de rémunérations et faciliter le suivi.
• Anticiper l'impact sur la trésorerie, les acomptes d'impôt et les cotisations sociales.
• Consulter un expert-comptable pour adapter les écritures et la déclaration (2035/2042-C-PRO) et pour suivre les évolutions doctrinales et législatives.

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