Le Contrôle Fiscal des Petites Entreprises en France

En France, toutes les entreprises sont assujetties à l’impôt et, par conséquent, aux obligations fiscales. Ces obligations peuvent faire l’objet d’un contrôle fiscal. Loin d’être réservée aux grandes structures, cette vérification peut concerner n’importe quelle entreprise, quel que soit son secteur ou sa taille.

Dans ce guide, nous vous aidons à comprendre comment se déroule un contrôle fiscal, pourquoi certaines entreprises sont ciblées, et surtout comment bien s’y préparer pour limiter les risques.

Bien se préparer à un contrôle fiscal

1. Qu'est-ce qu'un Contrôle Fiscal ?

La Définition du Contrôle Fiscal

Le contrôle fiscal est une vérification effectuée par l’administration fiscale pour s’assurer que votre entreprise respecte ses obligations fiscales. Elle contrôle les déclarations fiscales que vous êtes tenu d’effectuer (déclaration de revenus, déclaration de TVA…) ainsi que l’exactitude de vos déclarations. Elle contrôle également le respect de vos obligations comptables. Son but est de rechercher d’éventuels manquements et erreurs.

À noter qu’une entreprise qui a fait l’objet d’une liquidation peut être contrôlée jusqu’à 3 ans après sa cessation d’activité. Un contrôle fiscal peut donc s’effectuer sur de nombreuses années, c’est le « droit de reprise de l’administration », qui est une question complexe du droit fiscal français.

Contrôle Fiscal vs. Contrôle de l'URSSAF

Il est important de distinguer le contrôle fiscal du contrôle de l'URSSAF. Le contrôle de l’URSSAF vise à contrôler que vous avez bien déclaré votre chiffre d’affaires et payé vos cotisations sociales. Il se limite uniquement à la vérification des charges sociales et cotisations en micro-entreprise alors que le contrôle fiscal se limite aux impôts et taxes. Les champs d’application sont donc différents.

Contrôle Fiscal en Micro-Entreprise : Mythe ou Réalité ?

La micro-entreprise est une entreprise individuelle prisée pour la souplesse de ses procédures et ses formalités simplifiées. Mais peu d’obligations ne signifie pas pour autant qu’il n’y a pas de règles à respecter. Les micro-entrepreneurs sont logés à la même enseigne que les entrepreneurs exerçant en société (SASU, EURL…). Autrement dit, si vous ne respectez pas les règles, vous courrez bel et bien le risque de faire l’objet d’un contrôle fiscal de la part des impôts.

Un chiffre : on compte environ 10 000 micro-entrepreneurs par an qui subissent un contrôle de l’administration fiscale.

2. Pourquoi un Contrôle Fiscal ?

Les raisons qui poussent le fisc à opérer un contrôle fiscal sont variées et dépendent du type de procédure. La principale raison tient à la lutte contre la fraude. Dans le contrôle fiscal interne, il n’existe pas de raisons précises. L’inspecteur contrôle la cohérence des déclarations. Le vérificateur peut pousser son analyse en externe s’il le juge nécessaire.

De nombreux éléments peuvent provoquer un contrôle fiscal et mettre la puce à l’oreille de l’administration. Voici quelques raisons pouvant expliquer la survenue d’un contrôle :

Une dénonciation
Des éléments chiffrés discordants
Des incohérences entre vos déclarations
Des transactions nombreuses à l’étranger
Une entreprise avec laquelle vous travaillez est soumise à un contrôle fiscal

💡 Le contrôle fiscal peut être aussi simplement le fruit du hasard !

3. Les Types de Contrôles Fiscaux

Un contrôle fiscal en entreprise adopte des procédures fiscales spécifiques. Il en existe deux grands types : le contrôle fiscal d’entreprise interne et externe.

Contrôle Fiscal Interne (Contrôle sur Pièces)

Le premier peut aussi être appelé « contrôle sur pièces » et consiste à vérifier si la société a été de bonne foi dans ses déclarations d’impôt. Dans le cadre du contrôle fiscal interne, le fisc n’est pas obligé d’en informer l’entreprise contribuable. Dans le contrôle fiscal interne, il n’existe pas de raisons précises. L’inspecteur contrôle la cohérence des déclarations.

Contrôle Fiscal Externe (Vérification de Comptabilité)

Il s’agit du contrôle fiscal le plus approfondi. Le vérificateur peut pousser son analyse en externe s’il le juge nécessaire. La "vérification de comptabilité" est, en principe, réalisée par un vérificateur sur place, dans les locaux de l'entreprise ou dans les bureaux de son expert-comptable, après notification préalable. En règle générale, celle-ci a lieu parce que l'administration fiscale a relevé certaines incohérences dans les déclarations de l'entreprise, ou pour faire suite à une dénonciation.

💡 En micro-entreprise, l’administration fiscale préfère la plupart du temps un contrôle sur pièces (à distance).

4. Objet du Contrôle Fiscal en Micro-Entreprise

En principe, le contrôle fiscal peut porter sur un ou plusieurs des éléments suivants :

Le chiffre d’affaires de la micro-entreprise : l’administration contrôle le respect des plafonds de chiffre d’affaires en micro-entreprise.
Les déclarations de TVA : elle vérifie notamment l’assujettissement à un régime de TVA en cas de franchissement des seuils du régime de la franchise en base de TVA.
Les opérations sur le compte bancaire dédié à l’entreprise.
La tenue de la comptabilité (livre des recettes…).
Les mentions obligatoires sur les factures…

5. Obligations Comptables pour un Contrôle Fiscal Réussi

Pour prévenir un contrôle fiscal, les mots d’ordre sont l’anticipation, le calme et la rigueur dans la tenue de la comptabilité. La réussite d’un contrôle fiscal ne repose pas sur une préparation de dernière minute, mais sur un travail comptable sérieux tout au long de l’année.

Le Compte Bancaire en Micro-Entreprise

L’auto-entrepreneur a l’obligation de posséder un compte bancaire dédié à son activité dès que son chiffre d’affaires en micro-entreprise dépasse 10 000 € pendant 2 années consécutives. Ce compte bancaire peut être un compte professionnel ou un compte courant classique : vous êtes libre de choisir.

La Facturation en Micro-Entreprise

L’auto-entrepreneur a l’obligation d’émettre des factures s’il travaille avec des professionnels, quel que soit le montant de la facture. Dans le cas où vous travaillez avec des particuliers, vous avez l’obligation d’émettre une facture dans les cas suivants :

Le montant dépasse 25 €
Vos clients vous demandent une facture
Vous vendez une prestation ou un produit en ligne

Toutes vos factures doivent contenir un certain nombre de mentions obligatoires : coordonnées du client, détail du prix de vente, pénalités de retard… L’omission d’une ou plusieurs de ces mentions est sanctionnée d’une amende.

Les Livres Comptables de l’Auto-Entrepreneur

Vous devez tenir à jour un livre des recettes détaillant les sommes encaissées par l’entreprise au jour le jour. Il doit être organisé de façon chronologique et contenir les mentions suivantes :

La date d’encaissement
La référence de la facture
Le nom du client
La nature de la prestation
Le montant
Le mode de règlement

Les micro-entrepreneurs exerçant une activité d’achat-revente de marchandises doivent également tenir un registre des achats.

6. Délais de Contrôle Fiscal

Délai de Reprise de l'Administration Fiscale

L’administration fiscale ne peut pas remonter indéfiniment dans le temps en cas de contrôle fiscal. Elle doit observer ce qu’on appelle un « délai de reprise » :

En matière d'impôt sur le revenu, l'administration peut remonter au maximum jusqu’à la fin de la troisième année suivant celle au titre de laquelle l'imposition est due.
En matière de TVA (taxe sur la valeur ajoutée), c’est la même chose : les impôts peuvent remonter jusqu’aux 3 années précédant l’année où la taxe a été demandée.
En matière d’impôts locaux (CFE), l’administration ne peut remonter que d’une année.

Bon à savoir : Vous devez conserver toutes les factures et les pièces justificatives (bons de commande…) de vos ventes, achats ou prestations de services pendant une durée de 10 ans.

Délais Spécifiques pour les Petites Entreprises

Quelle que soit la situation, l’administration dispose d’un délai pour réaliser son contrôle fiscal dans les locaux de l’entreprise. Ce délai est établi à trois mois pour les petites entreprises. Néanmoins, l'expiration de ce délai de trois mois n’empêche pas le retour du contrôleur dans l’entreprise.

7. Déroulement d'un Contrôle Fiscal

Un contrôle fiscal n’est jamais un moment agréable pour une entreprise, mais connaître précisément son déroulement permet de mieux s’y préparer.

Le contrôle fiscal commence officiellement avec l’envoi d’un avis de vérification, par lettre recommandée avec accusé de réception.
Le contrôleur peut intervenir physiquement dans vos locaux ou effectuer son travail à distance. Dans les deux cas, il vous remettra une liste de documents à fournir et un calendrier des échanges.
À l’issue de l’analyse, une réunion de clôture est organisée. Le vérificateur y présente ses constats et éventuelles irrégularités. Vous avez alors l’opportunité de formuler vos réponses, observations ou objections.

L'Avis de Vérification

L’avis de vérification de comptabilité ou l’avis d’examen de comptabilité a pour but de vous informer de :

La date du contrôle
Le nom de l’inspecteur chargé de mener le contrôle
Les éléments faisant l’objet du contrôle

Il doit vous parvenir par lettre recommandée au minimum 48 heures avant le début du contrôle. Il vous appartient de préparer les éléments avant la venue de l’inspecteur. Cet imprimé doit mentionner un certain nombre d’éléments obligatoires à peine d’irrégularité de la procédure.

Le Contrôle en Lui-même

Le contrôle sur place implique le déplacement d’un contrôleur envoyé par l’administration fiscale dans les locaux de votre entreprise. Le contrôle à distance s’effectue depuis les locaux de l’administration fiscale. Le contrôleur procède aux vérifications à partir des éléments envoyés par le micro-entrepreneur.

Généralement, il est demandé dans le cadre d’un contrôle fiscal de la société de produire : des documents spécifiques sur son historique ou son activité, des documents comptables et les coordonnées de l’expert comptable chargé de sa comptabilité.

Le contrôle fiscal en entreprise présente des délais variables en fonction de la taille de la structure. Il se déroule en 9 mois en moyenne.

8. Issue du Contrôle et Sanctions

Décisions Possibles de l'Administration Fiscale

À l’issue du contrôle, l’administration fiscale peut prendre différentes décisions :

Adresser un avis de rectification au micro-entrepreneur : cet avis vous informe que vous faites l’objet d’un redressement.
Conclure que tout est en règle : vous recevrez un avis d’absence de redressement. Si aucun manquement n’est constaté à l’issue de la vérification, le contrôle fiscal prend fin sans conséquence.

La Période Contradictoire

Si vous n’êtes pas d’accord avec la décision de l’administration, vous avez 30 jours à partir de la réception de l’avis de rectification pour lui répondre et opposer vos objections. L’administration étudiera alors vos arguments et maintiendra ou non sa décision. Si vous n'êtes toujours pas d’accord, il est possible de saisir une commission départementale compétente chargée de trancher le litige.

Sanctions en Cas de Fraude

Voici les sanctions que vous risquez en présence d’un redressement :

Si l’erreur est involontaire : l’entreprise doit payer l’impôt supplémentaire avec 10 % de pénalité et 0,2 % d’intérêt par mois de retard.
Si l’erreur est volontaire : le montant de l’impôt est majoré de 40 % ou bien de 80 % si la micro-entreprise est la bénéficiaire directe de la fraude.

Bon à savoir : L’administration va chercher à savoir si vous êtes de bonne foi pour déterminer si l’erreur est involontaire. Si elle pense que vous êtes de mauvaise foi, elle doit le prouver.

Recours Possibles

Dans le cas d’un redressement, le contribuable professionnel dispose de 30 jours pour le contester par écrit. Le fisc lui répondra soit positivement, en mettant fin à la procédure, soit négativement en l’obligeant au paiement de son impôt. L’administration fiscale peut également porter le litige devant la Commission départementale des impôts directs et des taxes sur le chiffre d’affaires.

Si l’inspecteur constate des irrégularités et décide du redressement fiscal de l’entreprise, celle-ci peut contester la décision auprès du supérieur hiérarchique.

9. Préparation et Attitude Face au Contrôle Fiscal

Un contrôle fiscal peut naturellement générer du stress, surtout face à des questions techniques ou imprévues. Pourtant, votre attitude joue un rôle clé dans le déroulement de la vérification. En anticipant les documents à fournir et les éventuelles interrogations, vous abordez le contrôle dans un climat plus serein, propice à la confiance.

Gardez en tête que le contrôleur est avant tout un être humain qui essaye de faire son travail. Restez cordial et courtois pendant toute la durée du contrôle. Vous avez aussi intérêt à converser à l’écrit avec l’administration fiscale pour conserver des preuves en cas de litiges. Pensez à envoyer chaque demande par lettre recommandée avec accusé de réception (LRAR).

Restez zen et n’oubliez pas qu’un contrôle fiscal est un événement assez fréquent dans la vie d’une entreprise.

10. Conseils Pratiques pour un Contrôle Fiscal Réussi

La réussite d’un contrôle fiscal repose avant tout sur une préparation rigoureuse en amont. Dès la réception de l’avis de vérification, chaque étape doit être anticipée avec méthode.

Examiner l'avis de vérification : celui-ci doit contenir certaines mentions obligatoires, comme les exercices soumis à vérification.
Préparer tous les documents nécessaires au contrôle : déclarations fiscales, factures, registres, documents liés aux stocks de l'entreprise.
Prendre conseil et/ou se faire assister par un expert : votre expert-comptable, un avocat fiscaliste...
Vérifier que le contrôle fiscal suit la procédure réglementaire.

Le cabinet Sion Avocat vous accompagne à chaque étape du contrôle fiscal, de la préparation à la réponse à une proposition de rectification.

En suivant ces conseils et en adoptant une approche proactive, vous pouvez aborder un contrôle fiscal avec plus de sérénité et minimiser les risques de redressement.

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