Créer une micro-entreprise en arrêt maladie : conditions, droits et précautions

Un micro-entrepreneur (ou auto-entrepreneur) peut prétendre au versement d’indemnités en cas d’arrêt maladie. En effet, un auto-entrepreneur paie des cotisations sociales tous les mois ou tous les trimestres auprès de l’URSSAF. Ces cotisations sociales lui assurent donc une protection sociale. Pour les auto-entrepreneurs, c’est la Sécurité sociale des indépendants (SSI) qui dépend de la CPAM (l’assurance maladie) qui verse les indemnités.

Peut-on créer une micro-entreprise pendant un arrêt maladie ?

La réponse est oui, mais, sous certaines conditions. La création d’une auto-entreprise pendant un arrêt maladie soulève de nombreuses interrogations légales et pratiques. Entre l’interdiction de toute activité non autorisée par le médecin et les risques de restitution des indemnités journalières (IJ), il est essentiel de connaître précisément le cadre légal en vigueur. La création d'une auto-entreprise n'affecte pas ses obligations envers son employeur, ni les indemnités journalières versées par la caisse d’assurance maladie. Cependant, il doit respecter une clause de non-concurrence et ne pas exercer une activité similaire à celle de son employeur ou liée à son arrêt maladie. De plus, l’auto-entrepreneur doit se conformer aux horaires de sorties imposés par son arrêt maladie.

Le cadre légal : interdiction d’activité et risques

Arrêt maladie = suspension du contrat de travail. L’arrêt maladie entraîne automatiquement la suspension du contrat de travail. Cette suspension implique que le salarié doit s’abstenir de toute activité professionnelle et respecter certaines obligations, notamment les horaires de sortie autorisés (généralement de 10h à 12h et de 16h à 18h, sauf prescription médicale contraire). Pendant cette période, l’employé ne peut exercer aucune fonction pour son employeur ni pour un tiers, sauf autorisation expresse du médecin inscrite sur l’avis d’arrêt.

Le terme « toute activité » doit être interprété largement. Il englobe non seulement l’exercice effectif d’une profession, mais aussi les démarches préparatoires comme la rédaction de statuts, les rendez-vous avec des partenaires commerciaux ou encore les démarches d’immatriculation. Cette interprétation stricte vise à garantir que l’assuré se consacre exclusivement à son rétablissement.

Les sanctions en cas d’activité non autorisée pendant un arrêt maladie sont multiples et sévères. La CPAM peut exiger le remboursement intégral des indemnités journalières versées pendant la période d’infraction, suspendre les versements en cours et engager des poursuites pour fraude si l’activité était dissimulée. Du côté employeur, si l’activité exercée constitue un préjudice (concurrence déloyale, violation de clause de non-concurrence), des sanctions disciplinaires peuvent être prononcées, allant de l’avertissement au licenciement pour faute grave.

Autorisation médicale : étape indispensable

Pour sécuriser votre projet, faites préciser par votre médecin sur l’avis d’arrêt les activités explicitement autorisées (ex. : « démarches administratives de création sans exécution de prestations »). A défaut, considérez que tout est interdit et attendez la fin de votre arrêt pour lancer vos démarches.

L’obtention d’une autorisation médicale explicite constitue la première étape indispensable. Cette autorisation doit être inscrite dans la rubrique dédiée de l’avis d’arrêt, dans la partie « Activités autorisées pendant l’arrêt de travail ». Le médecin doit spécifier précisément la nature et l’étendue des activités autorisées. Préparez votre demande en détaillant les démarches spécifiques que vous souhaitez entreprendre : rédaction de statuts, rendez-vous notaire pour la création d’une société, démarches d’immatriculation, ouverture de compte bancaire professionnel. Plus la demande est précise, plus l’autorisation sera claire et vous protégera en cas de contrôle. Conservez systématiquement une copie de l’avis d’arrêt modifié avec les autorisations. En cas de prolongation de l’arrêt, n’oubliez pas de renouveler la demande d’autorisation auprès de votre médecin.

Puis-je réellement effectuer des démarches pendant l’arrêt ?

Pendant l’arrêt et avec autorisation médicale, vous pouvez vous limiter aux activités purement administratives : réservation du nom commercial, rédaction des statuts, prise de rendez-vous avec les professionnels (expert-comptable, notaire). L’étude de marché peut être autorisée si elle ne nécessite pas de déplacements incompatibles avec votre état de santé. L’immatriculation proprement dite ne doit intervenir qu’avec une autorisation explicite, et le lancement commercial (signature des premiers contrats, facturation, livraison) doit impérativement attendre la fin de l’arrêt ou l’autorisation de reprise partielle en mi-temps thérapeutique.

Cas par cas : situations spécifiques

La réponse varie considérablement selon votre statut actuel et la nature de votre projet entrepreneurial.

Salarié sans activité indépendante préalable

Pour un salarié n’ayant jamais exercé d’activité indépendante, le principe est clair : aucune activité de création d’entreprise n’est autorisée sans autorisation médicale explicite. Si le médecin accorde cette autorisation, elle doit être strictement limitée aux formalités administratives (immatriculation, rédaction de statuts) et exclure toute exécution commerciale tant que l’arrêt est en cours. Il convient également de vérifier l’existence d’une clause de non-concurrence dans votre contrat de travail. Cette clause peut interdire la création d’une entreprise dans le même secteur d’activité, même après la fin de l’arrêt maladie. Dans tous les cas, documentez scrupuleusement les autorisations obtenues et limitez-vous strictement aux activités mentionnées sur l’avis médical.

Lire aussi: CDI et création d'entreprise

Salarié déjà micro-entrepreneur (activité secondaire)

Les salariés exerçant déjà une activité de micro-entrepreneur en parallèle de leur emploi principal doivent savoir que la CPAM calcule les IJ uniquement sur la base du salaire principal, sans tenir compte des revenus de la micro-entreprise. Cependant, l‘exercice de l’activité micro-entrepreneuriale reste interdit pendant l’arrêt sans autorisation médicale. La solution consiste à mettre en pause temporaire l’activité : pas de nouvelles prestations, pas de facturation, pas de prospection commerciale. Il est possible de différer les facturations en cours après la reprise d’activité, mais aucune nouvelle prestation ne doit être réalisée.

Travailleur indépendant (artisans/commerçants)

Les travailleurs indépendants bénéficient d’un régime spécifique pour les indemnités journalières. Ils doivent déclarer leur arrêt à l’Ameli sous 48 heures et peuvent percevoir des IJ selon des plafonds révisés annuellement. Si un travailleur indépendant souhaite créer une nouvelle structure juridique (passage en société par exemple) pendant son arrêt, les mêmes règles s’appliquent : autorisation médicale nécessaire et limitation aux formalités administratives. Les contrôles de la CPAM sont fréquents chez les indépendants, notamment pour vérifier l’absence d’activité pendant l’arrêt. Il est donc essentiel de conserver tous les justificatifs prouvant l’interruption effective de l’activité et l’autorisation médicale pour les éventuelles démarches de création.

Cas particuliers : ALD, burn-out, mi-temps thérapeutique

Pour les affections de longue durée (ALD), la création d’entreprise peut s’inscrire dans une démarche thérapeutique de reconstruction professionnelle, à condition d’obtenir l’accord du médecin traitant et du médecin-conseil de l’Assurance Maladie. Pour les arrêts liés au burn-out ou aux risques psychosociaux, la création d’entreprise peut être perçue comme un moyen de sortir d’une situation professionnelle nocive. Le mi-temps thérapeutique permet de reprendre progressivement une activité tout en conservant une partie des IJ. Cette période peut être mise à profit pour tester une activité entrepreneuriale complémentaire, toujours avec l’autorisation du médecin et dans le respect des horaires aménagés.

Conditions d’accès aux indemnités journalières (IJ) pour le micro-entrepreneur

Les auto-entrepreneurs commerçants ou artisans peuvent bénéficier d'indemnités journalières en cas d'arrêt de travail pour cause de maladie ou d'accident. Il faut pour cela remplir les quatre conditions suivantes :

Être inscrit à un régime obligatoire de la sécurité sociale depuis au moins un an (12 mois continus d’affiliation). Si vous étiez soumis à un autre régime lors d’une précédente activité professionnelle, la période d’affiliation peut être comptée s’il n’y a pas eu d’interruption entre vos deux activités.
Être en activité au moment de l’arrêt de travail ou bénéficier d’un maintien de droit, à la date d’un certificat médical d’incapacité de travail.
Être à jour dans le paiement de vos cotisations sociales.
Avoir un revenu annuel supérieur à 4 806 euros après abattement.

Vous ne répondez pas aux conditions d’accès aux indemnités journalières ? Contactez votre Caisse primaire d’assurance maladie (CPAM) pour savoir si vous bénéficiez d’un maintien de droit au titre d’une précédente activité.

Calcul du montant des indemnités journalières

L’indemnité journalière = 1/730 du revenu d’activité annuel moyen (RAAM) des 3 dernières années. En micro-entreprise, le RAAM correspond au chiffre d’affaires annuel moyen sur 3 ans, après application d’un abattement forfaitaire. Cet abattement varie selon la nature de l’activité :

71 % pour les activités de vente (BIC - bénéfices industriels et commerciaux) ;
50 % pour les prestations de services commerciales ou artisanales (également BIC) ;
34 % pour les professions libérales (BNC).

Le RAAM = (CA moyen sur 3 ans) - (abattement forfaitaire). En 2026, le PASS est fixé à 48 060 € et l’indemnité journalière est limitée à 65,84 € bruts maximum.

Par exemple, Mathilde, créatrice de bijoux, a réalisé les chiffres d’affaires suivants : 2023 : 18 000 €, 2024 : 22 000 €, 2025 : 27 000 €. Étape 1 - Calcul du chiffre d’affaires moyen : (18 000 + 22 000 + 27 000) / 3 = 22 333 €. Étape 2 - Application de l’abattement forfaitaire : Mathilde exerce une activité de prestations de services artisanales, donc abattement de 50 % : 22 333 € × 50 % = 11 166,50 € ➡️ c’est son RAAM. Étape 3 - Calcul de l’indemnité journalière : 11 166,50 € / 730 = 15,29 € par jour. Mathilde percevra 15,29 € bruts par jour d’arrêt maladie en 2026.

Plafonds, durée d’indemnisation et délai de carence

Le délai de carence est de 3 jours en cas d’arrêt maladie. Vous commencez à percevoir des indemnités à partir du 4e jour. Dans certains cas (comme les affections de longue durée), ce délai de carence peut être supprimé. La CPAM verse les indemnités en moyenne tous les 15 jours. Les indemnités sont versées pendant 90 jours au maximum pour la durée totale d’un même arrêt de travail dans certains régimes. Vous avez le droit à 360 jours d’indemnisation par période de 3 ans pour un arrêt sans rapport avec une affection de longue durée (ALD).

La durée de versement des IJ en micro-entreprise diffère selon le régime auquel le micro-entrepreneur est affilié. Pour le régime général : 360 jours en cas d’arrêt maladie, 90 jours en cas de temps partiel thérapeutique sur une période glissante de 3 ans, et 3 ans pour les affections de longue durée (ALD) ou soins de longue durée (SLD). Si vous êtes affilié à la CIPAV : 90 jours dont 3 jours de carence, soit 87 jours indemnisés.

Démarches à effectuer pendant l'arrêt maladie

Pour bénéficier d’indemnités journalières en cas d’arrêt maladie, un micro-entrepreneur doit :

Faire parvenir les volets 1 et 2 de l’arrêt de travail établi par le médecin dans les 48h auprès de la CPAM auquel il est rattaché, sauf si le médecin dépose l’arrêt de travail sur le téléservice de transmission en ligne des arrêts de travail avec l’accord du micro-entrepreneur.
Conserver le volet 3 ou le transmettre à France Travail (anciennement Pôle emploi) si ce dernier bénéficie de l’allocation des travailleurs indépendants (ATI).

Le versement des indemnités impose au micro-entrepreneur de respecter les heures de présence obligatoire à domicile et d’avertir dans les 48 heures la CPAM en cas de reprise anticipée de l’activité. En cas d’arrêt maladie il est attendu que vous cessiez votre activité durant l’arrêt de travail. Des contrôles inopinés peuvent être effectués afin de vérifier que le micro-entrepreneur en arrêt satisfait ces conditions.

Que déclarer pendant l’arrêt ?

Même durant votre arrêt maladie, quel que soit le régime fiscal pour lequel vous avez opté, vous allez devoir déclarer à l’Urssaf un chiffre d’affaires zéro. Même pendant un arrêt maladie de longue durée, Marc doit continuer à déclarer ses revenus mensuellement ou trimestriellement à l’URSSAF, même si son chiffre d’affaires est nul. Pour les factures impayées : il doit les déclarer le mois où le paiement est réellement reçu, même si ce mois ne correspond pas à la date d’émission de la facture.

Conséquences fiscales et besoin de prévoyance

Il n'est pas nécessaire de déclarer vos indemnités journalières aux impôts en cas d’arrêt maladie. Bien que les indemnités journalières soient tout de même imposables, cet arrêt temporaire d’activité aura un impact sur les impôts sur le revenu de l’auto-entrepreneur. En raison de la faiblesse possible des IJ par rapport au revenu habituel d’activité, un micro-entrepreneur a tout intérêt à souscrire une assurance prévoyance. Une prévoyance vous permettra de bénéficier d’indemnités plus élevées en cas de maladie qui viendront compenser la baisse de chiffre d’affaires. De nombreux contrats de prévoyance pour entrepreneurs existent.

Conseils pratiques pour gérer un arrêt maladie quand on veut créer

Décrocher et se reposer : Acceptez la situation et ne cherchez pas à tout prix à continuer à travailler. Prenez le repos dont vous avez besoin pour revenir en plus grande forme. Sachez que vous n’avez pas le droit d’être en arrêt maladie et de continuer à travailler même si vous êtes micro-entrepreneur.
Prévenir ses clients et anticiper son retour : Si vous sentez que vous allez devoir stopper votre activité, essayez de prévenir au plus tôt vos clients pour qu’ils s’organisent. N’hésitez pas à communiquer avec eux régulièrement pour les rassurer et prévoir votre retour.
Envisager une prévoyance individuelle : Si vous souhaitez augmenter votre protection, vous pouvez souscrire à un contrat de prévoyance. Une assurance prévoyance peut maintenir votre salaire au niveau que vous souhaitez.

FAQ rapide

Comment se déroule un arrêt maladie pour un auto-entrepreneur ? Un arrêt maladie pour un auto-entrepreneur est indemnisé à partir du 4e jour d’arrêt et lorsque l’arrêt prescrit par le médecin présente une durée de plus 7 jours ou fait l’objet d’une hospitalisation.
Où envoyer son arrêt de travail quand on est auto-entrepreneur ? L’auto-entrepreneur doit envoyer son arrêt de travail à la CPAM auquel il est rattaché, en ligne ou par courrier dans les 48 heures suivant la prescription de l’arrêt de travail.
Comment sont calculées les indemnités journalières pour un auto-entrepreneur ? Les indemnités journalières sont calculées en fonction des revenus moyens annuels générés au cours des 3 dernières années d’activité (RAAM). Le calcul appliqué est le suivant : 1/730 X RAAM.
Quelle est la durée maximale d'un arrêt maladie indemnisé ? La durée maximale d’un arrêt maladie indemnisé dépend de l’organisme de rattachement. Au régime général, la durée maximale peut s’étendre jusqu’à 3 ans pour une affection longue durée (ALD) ou des soins longue durée (SLD).

L'arrêt maladie est-il possible en auto-entreprise ?

En synthèse, créer une micro-entreprise pendant un arrêt maladie est possible mais encadré : obtenez une autorisation médicale explicite, limitez-vous aux démarches administratives autorisées, respectez les horaires et obligations de présence, continuez vos déclarations à l’URSSAF et renseignez-vous auprès de la CPAM pour sécuriser vos droits aux indemnités.

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