Traitement fiscal et social des indemnités journalières de prévoyance et des cotisations

Les indemnités journalières (IJ) et les prestations de prévoyance relèvent d'un régime complexe mêlant règles fiscales, cotisations sociales, conditions de versement et modalités de financement. Il convient de distinguer les IJ versées par la Sécurité sociale (IJSS), les indemnités complémentaires versées par un organisme de prévoyance et les cotisations afférentes aux contrats collectifs ou individuels.

Indemnités journalières de la Sécurité sociale (IJSS) : conditions, montant et régime

Dans le cadre d'un arrêt maladie, qu'il soit d'origine professionnelle ou non, ou d'un accident du travail, le salarié peut percevoir des indemnités journalières de la Sécurité sociale (IJSS). Différentes situations ouvrent droit au versement d'indemnités journalières par la Sécurité sociale, notamment : maladie non professionnelle, accident du travail, maternité, paternité.

Les IJSS sont dues à compter du 4e jour d'arrêt d'origine non professionnelle : les 3 premiers jours non indemnisés constituent le délai de carence. En cas d'AT/MP, il n'y a pas de délai de carence et l'indemnisation commence le lendemain de l'arrêt. En cas d'ALD, seul le 1er arrêt est concerné par la carence, durant une période de 3 ans.

Le montant de l'IJSS varie selon l'origine de l'arrêt : pour maladie non professionnelle, 50 % du revenu d'activité journalier antérieur ; pour AT/MP, 60 % pendant les 28 premiers jours puis 80 % à compter du 29e jour ; pour maternité/paternité, 100 % du revenu d'activité antérieur selon la périodicité de la paie. À compter du 7e mois d'arrêt maladie, les IJSS ne peuvent être inférieures à un minimum fixé réglementairement.

Les IJSS peuvent être versées directement au salarié ou à l'employeur (subrogation). L'employeur peut se substituer au salarié : il avance les IJSS et les perçoit ensuite de la CPAM. En cas de maintien à 100 % du salaire brut, il est subrogé de plein droit sur demande, sans accord du salarié.

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Les IJSS ne sont pas soumises à cotisations sociales, mais elles sont soumises à la CSG et à la CRDS (prélevée directement par la CPAM). Côté impôt sur le revenu, sont entièrement soumises au prélèvement à la source les IJSS liées à la maladie non professionnelle (hors ALD) et à la maternité/paternité ; les IJSS liées à un AT/MP sont imposables pour moitié. Non, en principe, lorsqu'il s'agit d'une ALD reconnue « exonérante » : les indemnités journalières versées par la Sécurité sociale sont alors totalement exonérées d'impôt sur le revenu. Une ALD exonérante ouvre droit à une prise en charge à 100 % des soins liés à la pathologie et à l'exonération d'impôt sur les indemnités journalières.

Indemnités complémentaires de prévoyance : nature, financement et régime social

En plus des indemnités légales ou conventionnelles lors d’un arrêt de travail, le salarié peut bénéficier d’indemnités complémentaires. Souvent, les indemnités de prévoyance prennent le relais des IJSS versées par la CPAM. Cette indemnisation complémentaire est généralement mise en œuvre par l’intermédiaire d’un organisme extérieur (institution de prévoyance, mutuelle, société d’assurances). Effectivement, l’organisme de prévoyance applique les obligations légales ou conventionnelles en matière de maintien de salaire à la place de l’employeur.

Le financement peut être à la charge exclusive de l’employeur ou se faire conjointement avec les salariés. Important : seuls les avantages qui entraînent un supplément par rapport à la loi peuvent donner lieu à financement par le salarié. La détermination de la fraction du financement supportée par l’employeur s'apprécie globalement par rapport au total du financement du régime concerné (total des cotisations salariales et patronales), sans tenir compte de la répartition du financement spécifique au risque concerné par l'indemnisation.

En application de l'article R. 242-1 du Code de la sécurité sociale, sont incluses dans la base des cotisations les allocations complémentaires aux indemnités journalières de Sécurité sociale, versées au titre de périodes d'incapacité temporaire de travail, en application du contrat de travail ou d'une convention collective, lorsqu'elles sont destinées à maintenir, en tout ou en partie, le salaire d'activité. Ces dispositions ne sont applicables qu'aux allocations complémentaires versées au titre des périodes pendant lesquelles le contrat individuel de travail qui lie le salarié à l'employeur reste en vigueur.

Les indemnités complémentaires « maladie, maternité, accident du travail », versées pendant le contrat de travail, sont soumises aux cotisations de la Sécurité sociale, à la CSG et à la CRDS (CSS, art. R. 242-1). En effet, en application du principe général d’assujettissement aux cotisations sociales, ne sont soumises à cotisations de sécurité sociale que les sommes versées aux salariés en contrepartie ou à l’occasion du travail.

La lettre circulaire ACOSS n°2007-030 précise que le maintien de salaire de même que les indemnités journalières complémentaires versés au salarié directement par l’employeur ou pour son compte par l’intermédiaire d’un organisme assureur demeure soumis aux cotisations de Sécurité sociale, à la CSG et à la CRDS, le cas échéant au prorata du financement patronal. Extrait lettre circulaire ACOSS N° 2007-030 du 8/02/2007 : 1.3 - Le régime social des prestations servies en cas d’incapacité de travail demeure inchangé.

Assiette et abattements

Ces sommes n'ont pas à être intégrées dans votre revenu imposable quand elles concernent certaines allocations : toutefois, les indemnités de prévoyance sont donc également soumises à la CSG et à la CRDS. Néanmoins, il faut appliquer un abattement pour frais professionnels (1,75 %). Des arrêtés conjoints déterminent les conditions et limites dans lesquelles la rémunération peut faire l'objet d'un abattement pour frais professionnels.

Le principe essentiel à retenir est le suivant : les indemnités qui ont pour objet d’améliorer l’indemnisation de l’employeur ne sont soumises à cotisations sociales que pour la part financée par l’employeur. Par exemple - l'employeur reçoit 155 € de l'organisme de prévoyance pour un salarié malade. Le système est financé à 70 % par l'employeur et 30 % par le salarié. Seront soumis à charges : 155 € × 70 % = 108,50 €. Les 46,50 € restants sont reversés en net au salarié (non soumis à charges, mais imposables en régime obligatoire).

Régime fiscal des indemnités complémentaires et des rentes

Les indemnités journalières complémentaires sont intégralement soumises à l’impôt sur le revenu. A la différence de ce qui est prévu au niveau social, ces indemnités complémentaires sont intégralement soumises à l’impôt sur le revenu et non au seul prorata du financement « employeur ». Particularité : en revanche, les indemnités journalières complémentaires ne sont pas imposables lorsqu’elles sont versées en vertu d’un régime de prévoyance complémentaire à adhésion facultative.

Si la rente est versée dans le cadre d'un contrat de prévoyance collectif d'entreprise, elle est en principe imposable, considérée comme les autres prestations de ce type de contrat. Les rentes de prévoyance, qu’elles soient à titre gratuit ou onéreuses, sont soumises à l’impôt sur le revenu, avec des abattements spécifiques. Par exemple, les rentes à titre gratuit bénéficient d’un abattement de 10 % au titre des frais professionnels.

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Le prélèvement à la source s'applique généralement directement sur les indemnités complémentaires de prévoyance au moment de leur versement.

Cotisations et avantages fiscaux liés aux cotisations de prévoyance

Les cotisations de prévoyance représentent une opportunité fiscale notable pour les entreprises et les salariés. Pour les entreprises, les cotisations versées pour la prévoyance sont déductibles de l’impôt sur les sociétés (IS), permettant ainsi de réduire significativement la charge fiscale globale. Un contrat de prévoyance est assimilé à des dépenses de personnel mais pour rendre déductible la cotisation, il doit entrer dans le cadre de l’article 39 du Code Général des Impôts (CGI).

Le contrat doit tout d’abord être collectif et obligatoire pour bénéficier de certains avantages. Il existe trois formes juridiques : la décision unilatérale de l’employeur (DUE), l’accord collectif d’entreprise, le référendum. Le contrat de prévoyance doit couvrir l’ensemble des salariés ou une ou plusieurs catégories objectives de personnel, définies selon des critères professionnels homogènes.

La loi Madelin permet aux travailleurs non salariés (TNS) de déduire de leur revenu imposable les cotisations versées sur un contrat de prévoyance Madelin. Les cotisations versées sont déductibles dans la limite d’un plafond fixé à 3 % de huit PASS (soit 11 128,32 € en 2024). Pour les entreprises, les exonérations de charges sociales sur les cotisations patronales sont calculées selon des formules spécifiques, impliquant un pourcentage du Plafond Annuel de la Sécurité Sociale (PASS) et de la rémunération brute.

Les déductions fiscales s’appliquent dans une limite fixée à 5% du PASS, à laquelle on ajoute 2% de la rémunération annuelle brute. Quelle que soit la situation, la part déductible ne peut pas dépasser 2% de 8 fois le PASS. La participation du CSE peut donner droit à une exonération, pour les contrats qui remplissent les conditions.

Contrats collectifs, obligations et conséquences pratiques pour l'entreprise

Depuis une quinzaine d’années, l’assurance collective se développe en France. Il existe une multiplicité d’offres. En fonction de chaque offre, il existe un formalisme à respecter. Pour être conforme aux exigences réglementaires et bénéficier des exonérations sociales, un contrat de prévoyance complémentaire collectif et obligatoire doit être mis en place selon l’une des trois modalités prévues à l’article L.

La prévoyance complémentaire est un dispositif d’assurance mis en place pour couvrir certains risques, tels que l’incapacité de travail, l’invalidité ou le décès du salarié. Il s’agit d’une assurance collective co-financée par l’employeur et le salarié, dont les modalités sont généralement définies par la convention collective ou un accord d’entreprise. Les contrats de prévoyance collectifs sont un mécanisme de protection sociale limitant les risques de précarisation des salariés qui en bénéficient.

La prévoyance complémentaire permet aux salariés de bénéficier d’une prise en charge complémentaire en cas d’accident de la vie (maladie longue durée, décès, …). Les indemnités interviennent en complément des indemnités journalières de la Sécurité sociale (IJSS), afin d’assurer un niveau de revenu défini dans les garanties du contrat de prévoyance.

Un point à vérifier : concernant le régime social des indemnités prévoyance, les entreprises doivent également consulter le contrat de prévoyance en vigueur dans l’entreprise. En effet, ce dernier peut éventuellement prévoir une exonération des IJ complémentaires aux contributions finançant le régime…

Subrogation et gestion paie

Le traitement de la subrogation : en cas de subrogation, l'employeur avance les sommes au salarié et les récupère auprès de l'organisme. Si l'employeur finance intégralement le régime, la subrogation n'a pas d'influence sur le bulletin (les sommes ont déjà été soumises via le maintien de salaire). Si le salarié participe au financement, une partie des IJ est exonérée : cette fraction doit être déduite du brut pour déterminer l'assiette des cotisations, puis réintégrée dans le net.

L’employeur a l'obligation de déclarer l'arrêt à la prévoyance, sous peine d'être condamné au versement de l'intégralité des IJ complémentaires. Il peut être subrogé dans les droits du salarié. Par principe, l'ouverture du droit aux IJ prévoyance est conditionnée au versement des IJSS.

Spécificités pour les travailleurs indépendants et contrats Madelin

Les contrats de prévoyance des travailleurs indépendants (contrat Madelin) prévoient le versement d’indemnités journalières en cas d’arrêt de travail du travailleur indépendant. Les cotisations versées au titre de ces contrats sont déductibles du revenu imposable sous conditions. Les indemnités journalières complémentaires versées par ces contrats peuvent être réintégrées dans le revenu professionnel imposable du travailleur indépendant si son activité professionnelle se poursuit : elles entrent donc dans l’assiette des charges sociales.

Points jurisprudentiels et notes pratiques

A noter que la Cour de cassation a rendu un arrêt considérant que le raisonnement de l’URSSAF était contestable sur le point « sans tenir compte de la répartition du financement spécifique au risque concerné par l'indemnisation ». KERIALIS ne saurait en aucun cas être tenue pour responsable des éventuelles erreurs ou omissions existant dans ce document, ni de l’utilisation et de l’interprétation de l’information qu’il contient.

Le schéma fiscal du maintien de salaire est une notion complexe que des experts en protection sociale analysent régulièrement. Pour plus d’informations et une assistance personnalisée, pensez à contactez nos experts en protection sociale afin qu’ils vous accompagnent dans vos démarches.

Tout savoir sur le maintien salaire

Tableau récapitulatif : régime social et fiscal selon la nature des prestations

Type de prestation	Assujettissement cotisations sociales	CSG/CRDS	Imposition IR
IJSS (Sécurité sociale)	Pas de cotisations sociales	Oui	Imposables sauf ALD exonérante (exonération possible) ; AT/MP imposable pour moitié
IJ complémentaires (contrat obligatoire, employeur finance)	Oui, pour la part patronale (assiette R.242-1)	Oui	Imposables (régime obligatoire)
IJ complémentaires (adhésion facultative, part salarié)	Cotisations selon part patronale	Oui	Non imposables si adhésion facultative
Rentes de prévoyance	Soumises selon nature	Oui	Imposables avec abattements spécifiques

Conseils pratiques

Consultez toujours le contrat de prévoyance de l’entreprise pour déterminer les modalités précises d’assujettissement et les éventuelles exonérations.
Vérifiez la répartition du financement (part employeur / part salarié) pour calculer la part soumise aux cotisations sociales.
En cas de doute sur la qualification fiscale ou sociale d’une prestation, sollicitez un expert en protection sociale ou un conseil juridique.

La prévoyance complémentaire permet d'améliorer la protection des salariés face aux risques d'incapacité, d'invalidité ou de décès, mais exige une vigilance particulière sur le plan fiscal et social pour garantir la conformité du dispositif et optimiser ses effets pour l'entreprise et les bénéficiaires.

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