Logiciel de Facturation pour Petite Entreprise : Comparatif et Guide Ultime

Découvrez en détail dans ce guide tout ce qu’il faut savoir pour dénicher le logiciel de facturation le plus adapté à vos besoins. Si vous dirigez une petite entreprise, l’automatisation du processus comptable et de la facturation de votre TPE vous aidera à dégager du temps libre. Si vous gérez une PME, un logiciel de facturation fait partie des outils indispensables. Vous êtes micro-entrepreneur ? Des logiciels de facturation sont spécifiquement dédiés aux auto-entreprises.

Qu'est-ce qu'un Logiciel de Facturation ?

Un logiciel de facturation est un outil informatique qui permet de simplifier et d’automatiser la gestion commerciale d’une entreprise. Un logiciel de facturation est un outil qui permet d’éditer des devis et factures, de les transmettre à vos clients et de les archiver. Ils couvrent donc tout le processus de facturation. Les automatisations sont au cœur de ces solutions, pour qu’en quelques clics, vous ayez géré la facturation de vos clients. Aux côtés de ces fonctions classiques, les logiciels de facturation en ligne incluent bien souvent d’autres fonctionnalités et modules de gestion.

Est-ce Obligatoire d'Utiliser un Logiciel de Facturation ?

À ce jour, n’importe quel professionnel indépendant peut utiliser un outil de facturation mais personne n’en est contraint légalement. La seule exception reste les entreprises qui travaillent en BtoG, c’est-à-dire avec les collectivités, institutions, etc. Elles doivent en effet émettre et déposer leurs factures électroniques sur la plateforme Chorus Pro. Pour les autres, utiliser un logiciel de facturation n’est pas encore obligatoire. Vous pouvez très bien choisir de faire vos factures sur papier, facturier, Excel ou Word.

Panorama des meilleurs outils de facturation pour les PMEs et Startup

Une précision quand même : afin de lutter contre la fraude à la TVA, la loi de finances 2018 impose aux commerçants assujettis à la TVA et qui utilisent un logiciel de caisse, que celui-ci soit certifié. Si vous utilisez un outil unique, pour l’encaissement et la facturation, seul le module relatif à l’encaissement doit avoir obtenu une certification.

D’autre part, ces mêmes entreprises assujetties à la TVA et qui travaillent en BtoB sont concernées par la mise en place de la facturation électronique obligatoire. Ceci est toujours vrai début 2025. Par ailleurs, le gouvernement a communiqué fin septembre 2023 le détail du passage à la facturation électronique. Le calendrier se décompose en 3 étapes, avec une première phase de test qui a débuté en 2024. L’instauration complète de la facturation électronique est prévue pour 2026.

Pourquoi Utiliser un Logiciel de Facturation ?

Vous l’aurez compris, les logiciels de facturation sont utiles à tous les entrepreneurs. Mais un logiciel de facturation ne convient pas forcément à tous. Il s’agit en effet de trouver l’outil qui répond à vos besoins, aux caractéristiques de votre activité et de votre statut.

Conformité légale : Les risques ? Le logiciel de facturation est en mesure de s’adapter aux différentes évolutions législatives et ainsi, d’éditer des documents commerciaux conformes, vous assurant de respecter vos obligations légales. En effet, la loi évolue constamment et de nouvelles réglementations, parfois complexes, peuvent pointer le bout de leur nez au fil des mois. Un logiciel de facturation est très utile à ce niveau-là.
Gain de temps : Nous l’avons vu, les nombreuses automatisations d’un logiciel devis et facture permettent d’aller plus vite dans l’édition et le traitement de vos documents. On peut aussi ajouter que le suivi de vos factures devient plus aisé.
Suivi des paiements : Un logiciel de facturation permet de faciliter le suivi de vos paiements, tout en simplifiant la gestion de votre comptabilité.
Réduction des erreurs : Dernier avantage, et pas des moindres : une solution de facturation limite le nombre d’erreurs que vous pourriez commettre sur vos documents. Il suffit d’une simple erreur de calcul ou d’une faute de frappe pour rendre une facture caduque. En automatisant tout le processus de facturation, un logiciel limite nettement les erreurs. Il effectue tous les calculs à votre place, tout en vous indiquant si vous avez oublié de remplir certaines données (ex : quantité, prix, réduction etc.).

Comment Choisir Votre Logiciel de Facturation ?

Maintenant que vous êtes convaincu par l’intérêt des logiciels de facturation, comment choisir le vôtre ? C’est le critère n°1, celui que vous devez évaluer en premier. Mais pour dénicher l’outil le mieux adapté, vous devez tout d’abord définir vos besoins. Quels sont vos processus de facturation actuels ?

Fonctionnalités

Nous avons déjà mentionné pas mal de fonctionnalités, et elles sont globalement toutes présentes dans les meilleurs logiciels de facturation de notre comparatif. Ensuite, d’autres fonctionnalités plus spécifiques vous permettent de distinguer les outils les plus pertinents pour vos besoins. Les logiciels de facturation destinés aux freelances embarquent parfois un outil de time tracking, pour facturer vos clients au temps. C’est le cas d’Abby et Freebe. On peut aussi trouver des modules pour gérer les notes de frais, notamment dans les logiciels de factures pour les PME tels qu’Evoliz, Axonaut ou encore macompta.fr. Et si certaines fonctionnalités vous manquent toujours, pensez à jeter un œil du côté des intégrations possibles.

Certains logiciels sont réservés à des formes juridiques spécifiques. Si vous êtes une TPE ou un entrepreneur individuel qui émet peu de factures, choisissez un outil simple comme Sage 50 ou Evoliz ou commencez éventuellement avec un logiciel de facturation gratuit comme Henrri. Vous gérez une PME ou une start-up ? Envisagez plutôt un outil de facturation et de gestion complet, qui vous permettra d’aller beaucoup plus loin. Enfin, votre secteur d’activité peut aussi avoir un impact sur votre choix, avec des besoins en fonctionnalités plus spécifiques. Par exemple, la plupart des logiciels de facturation de notre liste seront adaptés à un freelance, selon votre statut.

Facilité d'Utilisation

Un logiciel de facturation efficace doit vous simplifier la tâche en se montrant intuitif et ergonomique. Ceux que nous vous avons présentés dans la sélection remplissent ce critère et ne nécessitent aucune connaissance technique pour être utilisés. Mais ça, c’est plutôt logique lorsque l’on découvre un nouvel outil.

Nombre d'Utilisateurs

C’est un critère important parce que la plupart des logiciels proposent des offres avec un nombre d’utilisateurs limité. Alors posez-vous les bonnes questions : est-ce que plusieurs personnes sont amenées à utiliser votre logiciel de facturation ? Dans bien des cas, plus le nombre d’utilisateurs est important, plus le prix à payer augmentera.

Lire aussi: Choisir son Logiciel de Gestion

Budget

Parler du prix, c’est avant tout parler de votre budget. Quelle somme d’argent êtes-vous prêt à allouer à votre logiciel de facturation ? Concernant le tarif, nous vous recommandons de ne pas faire une fixation dessus. Et cela marche dans les deux sens. A contrario, se concentrer uniquement vers le gratuit n’est pas forcément ce qu’il y a de plus productif. Certes, l’investissement de départ est nul dans ce cas. Vous aurez donc l’impression d’avoir fait une affaire. Mais il est parfois plus judicieux de dépenser quelques euros par mois pour un outil plus performant, qui vous fera gagner un temps précieux (et donc de l’argent).

Évolutivité

Vos besoins du jour ne sont pas forcément les mêmes que ceux que vous aurez demain. Si le nombre de factures que vous éditez est amené à exploser ou si vous avez besoin de nouvelles fonctionnalités pour faire face à l’évolution de votre business, il serait dommage de se retrouver limité par l’outil de facturation que vous aurez choisi.

Types de Logiciels

Logiciels de facturation en ligne : le principal avantage réside dans la mobilité puisque la majorité de ces logiciels sont accessibles n’importe où et n’importe quand, de façon dématérialisée. Seule condition : disposer d’une connexion internet.
Logiciels de facturation à télécharger : vous les installez sur votre ordinateur et n’avez pas besoin de connexion internet pour vous en servir. Vous trouverez aussi bien des logiciels de facturation sur Mac que sur PC. Pour information, on parle aussi de logiciel on-premise, lorsqu’il nécessite l’achat d’une licence.

Enfin, certains fonctionnent aussi hors ligne, c’est-à-dire que vous pouvez travailler sur l’interface, même sans connexion à internet, et toutes les données seront synchronisées une fois la connexion rétablie. Pratique si vous vous déplacez souvent chez vos clients ou sur les chantiers ! Tout dépend aussi de votre organisation et de votre façon de procéder.

Sécurité et Stockage des Données

On aborde maintenant un critère très important : la sécurité et le stockage des données (les vôtres et celles de vos clients). De ce côté-là, pas de panique : les logiciels de facturation en ligne sont dans l’obligation de respecter des standards extrêmement exigeants en matière de protection des données, de confidentialité et de sécurité. Certains logiciels proposent une page dédiée à la sécurité, afin de rassurer leurs futurs clients : ne vous privez pas de la consulter. Vous pouvez aussi vous renseigner sur la disponibilité de vos données et leur sauvegarde (plus elles sont régulières, mieux c’est) auprès du service client. Enfin, vérifiez que toutes les informations que vous envoyez soient bien cryptées. Si la sécurité est primordiale, se conformer aux normes en vigueur l’est tout autant.

Support Client

Dernier critère auquel vous devez accorder une importance particulière : le service client. Même si aucune connaissance technique particulière n’est requise pour vous servir d’un logiciel de facturation, vous pourrez parfois rencontrer des difficultés d’utilisation. Sans surprise, un outil premium vous offrira bien souvent plus de garanties à ce niveau-là qu’un logiciel de facturation gratuit (vous payez, c’est logique).

Lire aussi: Comparatif Logiciels Finances

Logiciels de Facturation Gratuits vs Payants

Les coûts d’un logiciel de facturation payant sont variables. En moyenne, comptez une dizaine d’euros par mois pour des fonctionnalités classiques. En règle générale, les solutions de facturation proposent plusieurs offres évolutives : plus vous choisirez de fonctionnalités, plus votre abonnement sera onéreux.

Vous souhaitez gagner du temps sur la création de vos devis et factures sans vous ruiner ? Un logiciel devis facture gratuit peut éventuellement être adapté aux TPE et entrepreneurs individuels qui émettent peu de factures ou qui débutent. Henrri : il est édité par la société Rivalis, spécialiste de l’accompagnement des dirigeants, et est un bon choix si vous cherchez un logiciel de facturation gratuit et certifié, sans publicité. D’autres solutions de gestion incluent parfois un module de facturation gratuit.

Si vous désirez un outil tout-en-un capable de gérer la facturation et la comptabilité, particulièrement si vous êtes une PME ou une start-up, vous devrez vous tourner vers des logiciels de facturation payants plus complets.

Alternatives aux Logiciels de Facturation

Nous vous avons partagé les multiples avantages d’un logiciel de facturation. Vous pouvez par exemple vous servir d’un facturier papier, d’un tableur Excel ou même de Word ou encore d’un modèle de devis ou d’un modèle de facture. Cependant, cela comporte pas mal de limites. En procédant de façon manuelle, les risques d’erreurs s’accroissent.

Pour nous les seules réelles alternatives au logiciel de facturation sont donc l’utilisation de logiciels plus complets et qui comprennent des modules de facturation. On peut par exemple trouver plusieurs logiciels CRM + facturation ou des outils de comptabilité qui incluent un module pour créer des factures.

Tableau Comparatif des Logiciels de Facturation

Voici un tableau comparant l’assistance proposée par les marques :

Logiciel	Assistance
Henrri	Support technique et assistance entrepreneur
Indy	Support client réactif
Evoliz	Support client complet

Top 5 des Logiciels de Facturation pour Auto-entrepreneur en 2025

Tiime Invoice : Logiciel de facturation en ligne pensé pour les auto-entrepreneurs.
Facture.net : Logiciel de facturation populaire pour les auto-entrepreneurs.
Evoliz : Logiciel de facturation et de gestion pour les auto-entrepreneurs.
Debitoor : Logiciel de facturation en ligne spécialement conçu pour les petites entreprises et les auto-entrepreneurs.
MyAE : Logiciel de facturation spécialement conçu pour les auto-entrepreneurs.

Logiciels de facturation : Le point sur la réforme de 2026

La réforme de la facturation électronique arrive en 2026. Toutes les entreprises assujetties à la TVA devront transmettre leurs factures B2B par voie électronique. Pour cela, il faudra passer par une Plateforme de facturation électronique agréée par l'État. Mais comment choisir le meilleur logiciel de facturation électronique pour rester conforme à la loi, tout en simplifiant sa gestion ?

Tarifs : Certaines solutions sont gratuites, d'autres facturent un abonnement mensuel.
Évolutivité : Votre entreprise va évoluer ?

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