Couverture maladie des travailleurs indépendants : fonctionnement, démarches et indemnisation par la CNAM

Artisans, commerçants, professions libérales ou auto-entrepreneurs, vous n’êtes pas à l’abri d’un pépin de santé ou d’un accident vous empêchant d’exercer votre activité. En tant que travailleur indépendant, un arrêt maladie peut être lourd de conséquences. L’impossibilité de travailler peut entraîner une perte de revenus parfois importante selon la durée d’indisponibilité.

Que faire en cas d’arrêt de travail quand on est indépendant ?

Lorsque vous êtes dans l'incapacité de travailler, votre médecin vous prescrit un arrêt de travail pour maladie. Il vous remet un avis d'arrêt de travail, qui doit être envoyé à la CPAM dont vous dépendez dans les 48H. Soit l’avis est télétransmis par le médecin soit c’est à vous de le faire. C’est ce document qui permettra à la CPAM d’enclencher la procédure d’indemnisation pour compenser une partie de votre perte de revenus.

Tout comme les salariés, vous devez cesser toute activité professionnelle pour être indemnisé (même pour votre propre entreprise) et respecter les horaires de sortie autorisée de votre domicile, indiqués sur votre certificat d’arrêt de travail.

Qui peut bénéficier des indemnités journalières ?

En tant que TNS, artisan, commerçant, professionnel libéral comme les notaires ou les dentistes par exemple, freelance, chef d’entreprise ou conjoint collaborateur d’un travailleur indépendant, vous pouvez bénéficier d’indemnités journalières du régime général de la Sécurité Sociale en cas d’arrêt de travail pour maladie, accident ou hospitalisation (sous conditions de revenus et de durée d’affiliation). Vous bénéficiez quasiment des mêmes droits qu'un salarié, à la différence que lui bénéficie en plus d'une indemnisation par son employeur.

En revanche, cette couverture prévoyance de base de la Sécurité Sociale ne concerne pas les avocats qui bénéficient d'un système d'indemnisation avocats spécifique, géré par une caisse de prévoyance dédiée, la CNBF.

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Pour en bénéficier, l’indépendant doit remplir certaines conditions : Justifier d’au moins 12 mois d’affiliation continus dans cette activité. Être à jour de ses cotisations sociales auprès de l’URSSAF. Être dans l’incapacité de poursuivre l’activité professionnelle, en raison d’une maladie ou d’un accident. Bénéficier d’un arrêt de travail délivré par son médecin traitant. Avoir arrêté son activité. Avoir un revenu d’activité annuel moyen (Raam) sur les 3 dernières années avant l’arrêt au moins égal à 10% de la moyenne des PASS des 3 dernières années (4582€ en 2026).

💡 Bon à savoir : Même si vous venez de lancer votre activité ou que vous percevez de faibles revenus, vous pouvez bénéficier d’une indemnisation. Depuis le 1er janvier 2022, il est en effet possible de percevoir des IJ au titre son ancienne activité salariée.

Montant des indemnités journalières (IJ)

En cas d’arrêt maladie, le montant de vos indemnités journalières est de 1/730e du Raam (revenu d'activité annuel moyen). Cet indice correspond à la moyenne des revenus professionnels cotisés sur les trois années civiles précédant l'arrêt maladie, dans la limite du Plafond Annuel de la Sécurité Sociale (48 060€ en 2026).

Ainsi, l’indemnité journalière des TNS affiliés à la Sécurité Sociale des Indépendants ne pourra pas dépasser 65,84€ en 2026. La règle est différente pour les professions libérales affiliées à l'une des caisses de la CNAVPL qui, depuis 2021, bénéficient du même système d'indemnisation de la part de la Sécurité Sociale. Leur plafond de revenus annuels est en effet supérieur puisqu’il correspond à 3 PASS (144 180€ en 2026). Leur indemnité journalière est donc de 197,51€ maximum en 2026.

💡 Bon à savoir : Pour les micro-entrepreneurs, le Raam correspond au chiffre d’affaires annuel déclaré diminué d'un abattement forfaitaire : 71 % pour les activités de BIC Vente, 50 % pour BIC Prestations, 34 % pour BNC.

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Exemples pratiques

Exemple : Vous tombez malade le 13 novembre, vous ne pouvez plus travailler et vous remplissez toutes les conditions pour obtenir des indemnités journalières. Si vous êtes en arrêt maladie du 13 novembre au 25 novembre, vous percevez des indemnités journalières à partir du 16 novembre. Elles sont ensuite versées jusqu'à la fin de votre arrêt de travail (le 25 novembre).

Modalités de versement et durée

En cas d’arrêt de travail, les indemnités journalières sont versées par votre Caisse Primaire d’Assurance Maladie (CPAM). Elles sont dues après un délai de carence obligatoire de 3 jours, et sont versées deux fois par mois.

Certaines situations exceptionnelles justifient l’absence de délai de carence pour la perception des indemnités journalières : Prolongation de l’arrêt de travail après une tentative de reprise d’activité infructueuse (délai de 48 h maximum entre la fin de l’arrêt initial et sa prolongation) ; En cas d’affection de longue durée (ALD), le délai de carence ne s’applique que sur le 1er arrêt de travail, même en cas de prolongation pendant une période de trois ans.

L’Assurance Maladie verse les indemnités journalières aux indépendants durant une période maximum de 360 jours étalée sur 3 ans. Pour les professions libérales affiliées à la CNAVPL, les IJ de l'Assurance Maladie sont versées pendant 90 jours. Au-delà de cette période, certains régimes de prévoyance prennent le relais mais pas tous. Cela dépend de la profession.

Aspects fiscaux et sociaux des IJ

Même en cas d'arrêt de travail, vos revenus perçus sont soumis à l’impôt. Les indépendants doivent déclarer les indemnités journalières qui leur ont été versées par l’Assurance Maladie. Ces indemnités journalières sont soumises : Aux prélèvements sociaux avec un taux de 0,5 % pour la contribution au remboursement de la dette sociale (CRDS) et un taux de 6,2 % de contribution sociale généralisée (CSG) ; À l’impôt sur le revenu, sauf en cas d’ALD.

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Depuis le 1er janvier 2019, le versement des indemnités journalières bénéficie du prélèvement à la source. L’Assurance Maladie verse directement l’impôt sur le revenu correspondant à l’administration fiscale, facilitant ainsi les démarches administratives pour les travailleurs indépendants.

Autres prestations liées : maternité, paternité, remplacement

Maternité : Lorsque vous cessez le travail dans le cadre d'un congé maternité, vous pouvez percevoir des indemnités journalières et une allocation forfaitaire de repos maternel si vous remplissez certaines conditions. Vous devez notamment être affilié à la Sécurité sociale depuis au moins 6 mois à la date prévue de votre accouchement. Vous pourrez bénéficier de vos indemnités et de l'allocation forfaitaire pendant au moins 8 semaines tant que vous ne travaillez pas. L'allocation forfaitaire de repos maternel est versée en 2 fois : la moitié au début du congé maternité et l'autre moitié à la fin de la période obligatoire de cessation d'activité (8 semaines dont 6 après l'accouchement). Elle est égale à 4 005 €. Les indemnités journalières quant à elles sont versées chaque jour de congé maternité. Elles sont d'un montant pouvant atteindre au maximum 65,84 €.

Paternité : Si vous décidez de prendre un congé paternité dans les 6 mois qui suivent la naissance de votre enfant, vous pouvez bénéficier d'une indemnité journalière forfaitaire. Son montant est de 65,84 € par jour. En revanche, lorsque vos revenus sont inférieurs à 4 582 € par an, vos indemnités sont réduites à 10 % du montant habituel. Vous devez être affilié à la sécurité sociale pour votre activité indépendante depuis au moins 6 mois à la date présumée de l'accouchement ou au début de vos congés paternité.

Indemnité de remplacement pour les conjoints collaborateurs : Elle est versée pour chacun des jours de cessation d’activité professionnelle pendant lesquels la conjointe collaboratrice est effectivement remplacée, dans les mêmes conditions que pour l’allocation forfaitaire de repos maternel. Son montant est égal au coût réel du remplacement, dans la limite d'un plafond journalier fixé à 62,40 euros au 1er mai 2023.

Risques du travail : AT/MP, invalidité et décès

Votre régime d'assurance maladie n'indemnise pas les accidents de travail ou les maladies professionnelles. Vous pouvez cependant bénéficier de la prise en charge de vos frais de santé comme cela est le cas en cas de maladie. Vous pouvez souscrire une assurance volontaire et individuelle AT/MP contre le risque d'accident de travail et de maladie professionnelle auprès de votre caisse d'assurance maladie. L'assurance volontaire AT/MP est également ouverte aux conjoints collaborateurs qui exercent une activité régulière dans l'entreprise de leur conjoint sans percevoir de rémunération.

Invalidité - décès : A la différence des salariés, il n’y a pas de prévoyance obligatoire. Les travailleurs indépendants ne sont couverts qu’au titre de l’invalidité et du décès. Les garanties proposées varient d'un régime à l'autre et sont, dans la plupart des cas, insuffisantes pour compenser les pertes de revenu suite à un accident, une maladie ou encore un décès. Les travailleurs non-salariés peuvent souscrire un contrat de prévoyance (loi Madelin) afin de bénéficier d'une meilleure couverture en cas d'invalidité ou de décès.

L'invalidité-décès des commerçants, artisans et professionnels libéraux non réglementés est gérée par le régime général de la sécurité sociale, selon des règles spécifiques (durée d'affiliation minimum, calcul des prestations, etc.). Dans ce cadre, ils peuvent bénéficier d'une pension : égale à 50 % du revenu annuel moyen cotisé sur les 10 dernières années en cas d'incapacité totale d'exercice et jusqu'à l'âge légal de départ à la retraite, égale à 30 % du revenu annuel moyen cotisé sur les 10 dernières années, en cas d'incapacité partielle. En cas de décès de l'assuré, ses ayants droit peuvent percevoir un capital.

Compléter sa protection : prévoyance individuelle et loi Madelin

Pour maintenir votre niveau de vie, les indemnités journalières versées par l’Assurance Maladie sont insuffisantes. Pour compléter cette indemnisation prévue par le régime général, une solution existe : une prévoyance individuelle complémentaire, adaptée à vos besoins.

Les contrats de prévoyance individuels vous protègent en cas d’incapacité à exercer votre activité suite à une maladie, un accident ou une hospitalisation. Le montant des indemnités journalières de l'Assurance Maladie est complété par une indemnité versée par la compagnie d'assurance selon les modalités du contrat. Selon le niveau de couverture choisi, la prévoyance individuelle complémentaire peut vous permettre d'améliorer votre indemnisation globale voire de maintenir votre niveau de revenu habituel.

Choisir sa prévoyance d'indépendant ne doit pas se faire à la légère. Une couverture inadaptée ne vous protègera pas comme il le faut malgré le versement de votre cotisation. C'est pourquoi nous vous conseillons de faire appel à un courtier spécialisé en prévoyance comme Lilycare pour souscrire le contrat adapté et vous accompagner éventuellement sur la souscription d'une mutuelle.

💡 Bon à savoir : Grâce à votre statut d’indépendant, vous pouvez bénéficier d’un contrat de prévoyance éligible à la loi Madelin. Il permet alors de déduire le montant des cotisations d'assurance de vos revenus d’activité. Cet avantage fiscal est également valable sur la souscription d'une mutuelle santé.

Démarches et bonnes pratiques quotidiennes

L’Assurance Maladie propose un guide complet intitulé "Travailleurs indépendants : à vos côtés pour votre santé", qui présente toutes les démarches clés pour bien gérer votre santé au quotidien. Dès les premiers paragraphes, ce guide répond à une question cruciale : Comment se prémunir en cas de souci de santé en tant qu'indépendant ? La réponse est simple : anticiper, connaître ses droits et activer les bons dispositifs.

Les 5 démarches clés recommandées par l’Assurance Maladie pour garantir une bonne protection sociale sont : Mettre à jour régulièrement sa carte Vitale ; Activer son compte Ameli pour suivre ses remboursements et démarches ; Déclarer un médecin traitant, indispensable pour un bon suivi ; Adhérer à une mutuelle santé adaptée ; Souscrire une assurance volontaire AT/MP (Accident du Travail / Maladie Professionnelle), notamment si votre activité est à risque.

Les 3 piliers du guide santé pour les indépendants sont : 1) Votre santé et celle de votre activité au quotidien : Il est primordial d’avoir un accès régulier aux soins et de pratiquer une prévention efficace : bilans médicaux, suivi médical des enfants, vaccinations.. 2) Préserver son activité dans les moments clés : Arrêt maladie, congé parentalité, invalidité, accident du travail ou maladie professionnelle : autant de situations où il est vital de connaître vos droits et les aides disponibles. 3) Un accompagnement personnalisé en cas de difficultés : Vous faites face à des problèmes administratifs, un isolement ou des fragilités économiques ? Des dispositifs d’aide existent pour vous accompagner.

Un nouveau dispositif de contrôle par visioconférence a été mis en place pour les arrêts maladie. Depuis décembre 2025, un nouveau dispositif de contrôle par visioconférence a été mis en place pour les arrêts maladie. Un rappel de l’importance d’être bien informé sur ses obligations pour éviter tout litige avec l’Assurance Maladie.

Interlocuteurs et aides complémentaires

Vous avez une question ? Vous êtes travailleur indépendant? Vos obligations et droits en matière de santé peuvent sembler complexes, mais ils sont essentiels pour assurer la pérennité de votre activité. L’Assurance Maladie met à disposition des travailleurs indépendants un guide qui présente leurs droits et rappelle les services dont ils peuvent bénéficier.

En tant qu'entrepreneur individuel, vous pouvez bénéficiez d'une protection sociale en payant des cotisations sociales. Cette protection comprend des droits à l'assurance maladie, l'assurance maternité/paternité, la retraite. Les cotisations sociales des indépendants de l’année en cours sont calculées sur la base de vos revenus professionnels de l’année N-1. Vos cotisations et contributions sociales sont à régler auprès de l’Urssaf. Depuis le 1er janvier 2023, l’Urssaf est l’interlocuteur unique des professionnels libéraux qui relevaient de la Cipav. En début d’activité, le calcul des cotisations se fait sur une base forfaitaire.

Aspects complémentaires : retraite, allocation et ressources faibles

En tant que travailleur indépendant, vous cotisez pour votre retraite peu importe le montant de vos revenus. Si vous ne réalisez pas de chiffre d'affaires ou que celui est faible, vous devez tout de même verser une cotisation minimale égale à 967 €. Cela vous permet de valider au minimum 3 trimestres de retraite par an.

En cas de cessation involontaire d’activité, vous pouvez bénéficier à certaines conditions d'une allocation pour les travailleurs indépendants (ATI) versée par France Travail (anciennement Pôle emploi). Son montant est compris entre 19,73 € et 26,30 € par jour. L'allocation est versée pour une durée maximale de 182 jours.

Pour les travailleurs indépendants aux ressources très faibles, la complémentaire santé solidaire est une aide pour payer les dépenses de santé si les ressources du foyer sont modestes. Selon les ressources, elle ne coûte rien ou coûte moins d’un euro par jour et par personne.

Tableau récapitulatif des principaux seuils et durées

Soyez acteur de votre santé professionnelle : anticiper, s’informer et se faire accompagner sont les clés pour bien gérer sa santé d’indépendant. Ne laissez pas les démarches administratives freiner votre bien-être.

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