Indemnités journalières et arrêt de travail pour auto-entrepreneur en cas de COVID ou maladie

Un auto-entrepreneur peut-il être en arrêt maladie ? Oui, un micro-entrepreneur peut prétendre au versement d’indemnités en cas d’arrêt maladie. En effet, un auto-entrepreneur paie des cotisations sociales tous les mois ou tous les trimestres auprès de l’URSSAF, et ces cotisations sociales lui assurent une protection sociale. Pour les auto-entrepreneurs, c’est la Sécurité sociale des indépendants (SSI) qui dépend de la CPAM (l’assurance maladie) et qui verse les indemnités.

Bon à savoir: vous percevez des indemnités indépendamment du fait que vous ayez ou non une mutuelle de micro-entrepreneur. Une mutuelle a uniquement pour rôle de compléter les remboursements de vos frais de santé. Ouvrez votre compte pro en ligne et bénéficiez d’assurances incluses avec votre carte.

Quelles sont les conditions pour percevoir des indemnités en cas d’arrêt maladie en micro-entreprise ?

Pour les micro-entrepreneurs artisan ou commerçant, les conditions d’indemnisation sont similaires. Si vous exercez une activité salariée, il y a des spécificités.

En tant qu’artisan ou commerçant en micro-entreprise:
- avoir cotisé depuis plus d’un an (12 mois d’affiliation continus) ;
- avoir un revenu professionnel supérieur à 4 582 € par an en 2026 sur les trois dernières années. Si le revenu professionnel est inférieur, les indemnités journalières (IJ) sont nulles;
- avoir une prescription médicale d’arrêt maladie.
En micro-entreprise en profession libérale:
- Avant le 1er juillet 2021, les indemnités maladie étaient limitées ou inexistantes pour certaines activités libérales. C’est désormais terminé : toutes les professions libérales ont le droit aux IJ, quel que soit leur rattachement (SSI ou CIPAV).
- Les mêmes conditions que pour les artisans et commerçants s’appliquent pour bénéficier de l’indemnisation.
Si vous êtes micro-entrepreneur et salarié:
- Vous pouvez cumuler les indemnités si vous avez une activité salariée et une activité de micro-entrepreneur. Cependant, la CPAM ne prend en compte que vos revenus de salarié pour le calcul des IJ en cas d’arrêt, et pas vos revenus de micro-entrepreneur.

Bon à savoir: si vous n’avez pas droit aux IJ en raison d’un revenu trop faible, vous pouvez demander des indemnités liées à votre ancienne activité salariée si vous avez été salarié. Le calcul concret de vos IJ s’effectue à partir du RAAM (Revenu d’Activité Annuel Moyen) des 3 dernières années et varie selon votre catégorie d’activité.

Calcul des indemnités journalières (IJ) selon le type d’activité

Calcul général pour les micro-entrepreneurs artisans et commerçants: Indemnité journalière = 1/730 du RAAM des 3 dernières années. Le RAAM est le chiffre d’affaires moyen sur 3 ans, après l’abattement forfaitaire (71 % pour les ventes, 50 % pour les prestations de services artisanales ou commerciales).

RAAM = CA moyen sur 3 ans - abattement forfaitaire

En 2026, le PASS est fixé à 48 060 € et l’indemnité journalière est plafonnée à 65,84 € brut par jour (1/730 du PASS).

Exemple concret pour une activité artisanale (Mathilde, créatrice de bijoux): CA 2023-2025 = 18 000 €, 22 000 €, 27 000 €; RAAM ≈ 22 333 €; abattement 50% ≈ 11 166,50 €; IJ ≈ 11 166,50 / 730 ≈ 15,29 € par jour.

Professions libérales: le calcul est similaire, mais pour les libéraux il faut appliquer un abattement forfaitaire différent selon le régime. Pour les libéraux réglementés ou non réglementés affiliés à la CIPAV ou SSI, le RAAM est ajusté (ABATTEMENT de 34 % pour les BNC), puis IJ = RAAM/730. Le montant maximum peut varier (65,84 € brut/jour pour le régime général, ou plafonds CIPAV en fonction de l’année).

Il existe aussi des spécificités pour les professions libérales réglementées et non réglementées, notamment les règles de prévoyance et les régimes de rattachement (CIPAV, SSI, regime général). Le calcul des IJ peut être différent selon l’organisme.

Lire aussi: Guide INPI : Arrêter son Entreprise

Versement des indemnités et délai de carence

Le versement des IJ est soumis à un délai de carence de 3 jours. Les indemnités commencent à partir du 4e jour d’arrêt et sont versées par la CPAM/ASSED antaine de sécurité sociale des indépendants tous les 15 jours en moyenne, pendant une durée maximale de 90 jours (pour une même interruption). En cas d’ALD, la période d’indemnisation peut se prolonger selon le régime.

Pour les salariés auto-entrepreneurs, les IJ seront calculées principalement sur le salaire salarié. Le droit à l’indemnisation peut être maintenu via les droits antérieurs si l’activité micro-entrepreneur n’est pas suffisante.

Si vous cumulez micro-entreprise et activité salariée, l’employeur peut être amené à transmettre le formulaire Cerfa 11135*04 à la CPAM pour le paiement des IJ si nécessaire.

Calculs et cas concrets

Exemple de calculs pour les situatifs avec RAAM et CA moyen: RAAM/730 pour IJ; IJ plafonnées à 65,84 € en régime général ou à 197,50 €/jour selon CIPAV. Des exemples concrets illustrent comment le RAAM influence le montant final.

Durée d’indemnisation selon le régime

Régime général: IJ pour maladie jusqu’à 360 jours sur 3 ans, et 90 jours en temps partiel thérapeutique (si applicable). AMPLIATION possible en cas d’ALD.

Régime CIPAV: IJ plafonnées à 87 jours après 3 jours de carence (90 jours - 3 jours). Si arrêt prolongé, certaines conditions spécifiques s’appliquent, et certaines caisses prévoient des durées plus courtes selon les règles CIPAV.

Conclusions pratiques et conseils

Lors d’un arrêt maladie, contactez votre CPAM dans les 48 heures et envoyez les volets 1 et 2 de l’arrêt de travail (ou laissez le médecin transmettre en ligne avec votre accord).
Pendant l’arrêt, déclarez un chiffre d’affaires nul à l’URSSAF et assurez-vous de respecter les obligations fiscales et sociales.
Envisagez une prévoyance complémentaire (mutuelle et prévoyance) pour compenser la baisse du revenu et protéger l’entreprise, notamment en cas d’arrêt prolongé.
Le portage salarial peut offrir une protection similaire à celle d’un salarié, avec mutuelle d’entreprise et prévoyance; cela peut être une option à considérer pour certains indépendants souhaitant sécuriser leurs revenus pendant un arrêt maladie.

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Différences et points clés par statut

Les règles d’indemnisation des IJ varient selon que vous êtes artisan/commerçant ou libéral, selon que vous êtes rattaché à SSI ou CIPAV, et selon que vous exercez en tant que principal ou complémentaire. Pour les salariés auto-entrepreneurs, les IJ dépendront du salaire et des conditions de travail salarié, avec un calcul sur la base du salaire et non du chiffre d’affaires. Un auto-entrepreneur affilié au régime général peut bénéficier de la durée d’indemnisation maximale de 360 jours en cas d’ALD, ou 90 jours en temps partiel thérapeutique, sous conditions. CIPAV prévoit en règle générale 87 jours d’indemnisation, avec des particularités selon les caisses.

Bon à savoir: même si le calcul peut paraître complexe, des simulations existent sur le site de l’Assurance Maladie des Indépendants pour estimer les IJ potentielles en fonction des revenus déclarés et de l’activité. En cas d’arrêt maladie, le RAAM et l’abattement influencent fortement le montant des IJ.

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