Impact de l'arrêt de travail sur la cotisation de la mutuelle d'entreprise : qui paie, quand et comment

En cas d'arrêt maladie, le financement de votre mutuelle d'entreprise reste inchangé si vous bénéficiez d'un maintien de salaire. Dans le cas contraire, vous payez la totalité de votre cotisation pendant toute la durée de votre arrêt de travail. On vous explique les différents cas.

Ce qu'il faut retenir

En arrêt maladie, la mutuelle reste obligatoire pour les salariés couverts par un contrat collectif
L’employeur continue de payer sa part des cotisations tant que le contrat de travail n’est pas rompu
Le salarié doit maintenir sa contribution, sauf dispositions particulières prévues par l’entreprise
En cas de fin de contrat pendant votre arrêt, la portabilité ou la souscription d’une mutuelle individuelle prend le relais
Si vous ne bénéficiez pas d'un maintien de salaire, c'est à vous de payer votre mutuelle en totalité

Comment fonctionne la mutuelle en cas d’arrêt de travail ?

Pour rappel, les salariés du privé bénéficient d’une mutuelle d’entreprise obligatoire depuis la loi ANI de 2016. L’employeur doit en financer au moins 50 %, le reste est prélevé directement sur votre salaire. Un arrêt maladie ne suspend pas votre mutuelle : elle continue à vous rembourser vos dépenses médicales. En revanche, il faut distinguer la prise en charge des soins et le paiement des cotisations.

Pour faire simple : la mutuelle ne devient pas gratuite pendant un arrêt de travail. Si votre entreprise ou votre convention collective prévoit un maintien partiel ou total de salaire, les cotisations continuent d’être prélevées sur ce revenu et l’employeur finance toujours sa part ; si vos revenus proviennent uniquement des indemnités journalières de l’Assurance Maladie, vous n’avez plus de fiche de paie : vous devez donc régler vous-même votre cotisation pour rester couvert.

L’obligation d’adhérer à la mutuelle d’entreprise reste valable pendant un arrêt maladie. Votre couverture ne s’interrompt pas, mais le mode de financement peut changer selon la présence ou non d’un maintien de salaire.

Que devient la mutuelle pendant un arrêt de travail ?

En arrêt maladie, votre mutuelle est maintenue. Ce qui change : c'est la participation de votre employeur en cas de contrat collectif selon votre situation (maintien de salaire ou non).

1) Arrêt de travail avec maintien total ou partiel de salaire

Si vous remplissez les conditions (ancienneté d’au moins un an, certificat médical transmis dans les 48 h, indemnités journalières perçues, prévoyance santé) et que votre employeur maintient tout ou partie de votre rémunération :

Votre mutuelle reste active et vos cotisations continuent d’être prélevées sur votre fiche de paie ;
L’employeur poursuit sa participation au taux habituel ;
Vous gardez le même niveau de couverture.

La durée du maintien de salaire dépend de votre ancienneté et de la convention collective. Passé ce délai, vous pouvez basculer dans le second cas.

2) Arrêt de travail sans maintien de salaire

Si vous ne bénéficiez plus de rémunération (faute d’ancienneté suffisante, arrêt longue maladie, etc.), votre employeur cesse de financer sa part sur la mutuelle d'entreprise. Deux situations peuvent alors se présenter :

Votre convention collective prévoit le maintien de la complémentaire santé : vous devez régler la totalité des cotisations ;
Rien n’est prévu : l'adhésion à la mutuelle est suspendue et vous dépendez uniquement de l’Assurance Maladie.

Si votre contrat santé est suspendu : pensez à souscrire une mutuelle individuelle sinon vous risquez de payer des restes à charge importants.

Fin du contrat pendant l'arrêt maladie : portabilité et solutions

En cas de rupture du contrat de travail (fin de CDD, démission, invalidité), le salarié ne relève plus de la mutuelle collective, même si cela intervient pendant ou à la suite d’un arrêt maladie.

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Deux options s’offrent à vous :

Portabilité des droits : vous conservez votre mutuelle d’entreprise pendant 12 mois maximum, à condition d’être indemnisé par France travail et d’avoir adhéré à la mutuelle avant la fin du contrat ;
Souscription d’une mutuelle individuelle : à l’issue de la portabilité, vous devez souscrire une complémentaire santé à titre personnel pour continuer à être couvert.

Grâce à la portabilité, vous conservez les mêmes garanties, sans frais supplémentaires. Nous vous conseillons d’en profiter avant de basculer sur un contrat individuel (sauf si vous avez besoin d'un couverture plus élevée).

Arrêt maladie longue durée, congé longue maladie (CLM) et invalidité

Un congé longue maladie est accordé lorsqu’un salarié est atteint d’une affection grave nécessitant un arrêt prolongé, généralement au-delà de 6 mois. Au début de l'arrêt de travail, si le salarié bénéficie encore d’un maintien de salaire (grâce à l’employeur et souvent à un contrat de prévoyance), il continue à cotiser normalement :

L’employeur conserve son obligation légale de financer au moins 50 % de la cotisation ;
Le salarié paie sa part, généralement prélevée sur son maintien de salaire ;
La couverture de la mutuelle reste active et les remboursements se poursuivent.

Lorsque le maintien de salaire cesse, généralement après quelques mois, le salarié ne perçoit plus que les indemnités journalières de la Sécurité sociale (IJSS). À ce stade, le salarié doit en principe assumer l’intégralité de la cotisation s’il souhaite continuer à bénéficier de la mutuelle collective ; certaines entreprises ou conventions collectives prévoient cependant un maintien de la participation de l’employeur via la prévoyance : vérifiez bien votre contrat.

Cas particulier : passage en invalidité. Si l’état de santé du salarié ne lui permet pas de reprendre le travail après trois ans de congé longue maladie, il peut être reconnu en invalidité. Concernant la mutuelle, ce sont les mêmes modalités qu'une rupture de contrat : vous avez le choix entre la portabilité des droits durant 1 an ou souscrire une mutuelle individuelle.

Arrêt maladie des indépendants : qui paie la mutuelle ?

Contrairement aux salariés, les travailleurs non-salariés (TNS) (artisans, commerçants, professions libérales) ne bénéficient pas d’une mutuelle collective obligatoire. Ils doivent souscrire une complémentaire santé individuelle et en assumer entièrement le coût, qu’ils soient en activité ou en arrêt maladie.

Pendant un arrêt de travail, le contrat de mutuelle reste valable : l’assureur continue de rembourser les frais de santé. En tant qu'indépendant, rien ne change : vous continuez à assumer seul le montant de vos cotisations. L’Assurance maladie verse, sous conditions, des indemnités journalières aux TNS pour compenser partiellement la perte de revenus. Ces indemnités permettent souvent de couvrir une partie de vos dépenses, mais elles ne financent pas la mutuelle.

Prévoyance et mutuelle : quelles différences sur l’arrêt de travail ?

Non, ce n’est pas la mission de la mutuelle de vous rembourser votre arrêt de travail. Cependant, les contrats de prévoyance permettent une indemnisation supplémentaire pour supporter la perte de salaire. Il existe deux types de contrat de prévoyance :

La prévoyance collective : elle est obligatoire pour les cadres ;
La prévoyance individuelle : elle peut être souscrite par un salarié ou un indépendant à titre facultatif.

La prévoyance permet donc au salarié de bénéficier, en plus des indemnités journalières versées par le régime obligatoire d’Assurance Maladie (IJSS), des indemnités complémentaires versées par l’employeur, ainsi que d’indemnités journalières versées par un organisme assureur. Au-delà de l’arrêt de travail, un contrat de prévoyance vous protège contre le risque de décès et invalidité.

Récapitulatif pratique : qui paie la mutuelle selon la situation

Situation	Statut du contrat	Cotisation	Maintien de la mutuelle
Congés payés	Actif	Partagée employeur/salarié	Oui
Arrêt maladie (rémunéré : IJ + maintien)	Suspendu mais rémunéré	Partagée	Oui
Arrêt maladie (sans maintien)	Suspendu	À la charge du salarié (sauf accord)	Non, sauf disposition conventionnelle
Congé maternité	Suspendu mais indemnisé	Partagée ou à la charge selon accord	Oui si indemnisé
Congé parental / sabbatique	Suspendu et non rémunéré	À la charge du salarié	Non, sauf accord

Conditions pour percevoir les indemnités journalières

Les conditions pour bénéficier d’un arrêt de travail rémunéré diffèrent selon la durée de l’arrêt. Entre 0 et 6 mois d’arrêt de travail, il faut répondre à certains critères :

Avoir travaillé plus de 150 heures sur les 3 derniers mois ;
Avoir cotisé sur la base d'un salaire au moins égal à 1 015 fois le SMIC horaire établi au début de la période, sur les 6 mois précédant votre arrêt ;
Si vous remplissez ces conditions, après un délai de carence de 3 jours, vous recevrez une indemnité égale à 50 % de votre salaire journalier de base ;
Le maintien de votre salaire à hauteur de 40 % par votre employeur est possible après un délai de carence de 7 jours si vous avez travaillé plus d'1 an dans l'entreprise et avez transmis votre certificat médical dans les 48 heures.

Au-delà des 6 mois d'arrêt, des conditions supplémentaires s'appliquent (affiliation depuis au moins 12 mois, heures travaillées ou base de cotisation minimale sur 12 mois civils ou 365 jours précédant l'arrêt).

FAQ : réponses rapides

La mutuelle continue-t-elle de rembourser mes soins pendant un arrêt maladie ? Oui. L’arrêt maladie n’interrompt pas les remboursements de votre mutuelle. Vous conservez les mêmes garanties tant que vos cotisations sont à jour.
Que se passe-t-il si mon contrat de travail prend fin pendant mon arrêt ? Vous pouvez bénéficier de la portabilité de la mutuelle jusqu’à 12 mois si vous percevez l’assurance chômage. Passé ce délai, il faut souscrire une mutuelle individuelle.
Peut-on suspendre sa mutuelle pendant un long arrêt maladie ? En général, non. La couverture est obligatoire dans le cadre d’un contrat collectif. La suspendre n’est envisageable que si vous quittez l’entreprise et choisissez une mutuelle individuelle.
Les cotisations de mutuelle sont-elles prises en charge par la Sécurité sociale pendant l’arrêt ? Non. L’Assurance Maladie verse des indemnités journalières mais ne finance jamais la mutuelle.

Arrêt de travail : formalités et démarches pour les employeurs

Bonnes pratiques et recommandations

Vérifiez votre convention collective : elle peut prévoir un maintien de la complémentaire santé ou un financement plus favorable pendant l’arrêt.
Contactez votre service RH pour connaître précisément la durée et le montant du maintien de salaire et la répartition des cotisations.
En cas de suspension de la mutuelle, souscrivez une mutuelle individuelle pour éviter des restes à charge importants, surtout en cas de soins de longue durée.
Considérez une garantie de prévoyance ou d’indemnisation complémentaire si votre activité comporte des risques d’arrêt prolongé : les meilleurs contrats de prévoyance indemnisent à 100 % leurs bénéficiaires en cas d’arrêt de travail.

La mutuelle d’entreprise protège vos dépenses de santé mais ne compense pas directement la perte de revenu liée à un arrêt de travail : anticipez le financement de votre couverture et vérifiez les dispositifs (maintien de salaire, prévoyance, portabilité) applicables à votre situation.

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