Comment comptabiliser l’allocation journalière d’inaptitude (indemnités journalières) en comptabilité

Vous avez un salarié en arrêt de travail pour cause de maladie ou d’inaptitude ? Il peut alors bénéficier, sous certaines conditions, des indemnités journalières de Sécurité sociale (IJSS) pour compenser l’absence de salaire durant cette période. Pour le versement, deux possibilités : on passe soit par la CPAM, soit par l’employeur via la subrogation de salaire. Dans le second cas, la comptabilisation des indemnités journalières est obligatoire.

Qu’est‑ce que les indemnités journalières de Sécurité sociale (IJSS) ?

Les indemnités journalières de Sécurité sociale (IJSS) désignent une compensation financière fournie par l’Assurance maladie (CPAM) en cas d’arrêt de travail ou de certains congés indemnisés d’un salarié. Comme l’employeur ne verse plus de rémunération pendant cette période d’arrêt, les IJSS font office de revenus de remplacement. Les indemnités journalières sont versées dans les cas suivants : arrêt de travail (maladie non professionnelle, maladie professionnelle, accident du travail ou de trajet) ; congé maternité et assimilés (maternité, pathologique prénatal et postnatal, paternité, adoption, deuil) ; cure thermale ; temps partiel thérapeutique.

Qui perçoit les IJSS et quand faut‑il les comptabiliser ?

Pour les salariés, les indemnités journalières de la sécurité sociale leur sont versées directement par l’Assurance maladie. Par exception, l’entreprise peut maintenir les salaires de ses employés et percevoir elle‑même les indemnités : il s’agit de la subrogation. S’agissant des non‑salariés (travailleurs indépendants, dirigeants exploitants...), les indemnités journalières leur sont versées personnellement et la comptabilisation dépend de la forme juridique et du régime fiscal de l’entreprise.

Quand comptabiliser ?

• Lorsque l’Assurance maladie verse directement les IJSS au salarié, il n’y a pas d’écriture comptable particulière à passer dans l’entreprise (la baisse de salaire est constatée sur le bulletin de paie).
• Lorsque l’employeur pratique la subrogation (avance du salaire au salarié et prise en charge des IJSS), la comptabilisation est obligatoire : l’entreprise détient une créance envers la caisse d’Assurance maladie et doit l’enregistrer.

Principe de la subrogation et intérêt pour l’employeur

La subrogation permet à l’employeur d’avancer le montant des IJSS aux salariés. C’est donc lui qui recevra, par la suite, les indemnités par la caisse d’Assurance maladie. Il détient alors une créance envers les organismes sociaux. Il s’agit donc d’un flux financier à comptabiliser dans l’entreprise.

Écritures comptables : cas des salariés (subrogation)

La comptabilisation des indemnités journalières versées aux salariés s’effectue en deux temps principaux :

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1. Pendant le mois d’absence du salarié, l’employeur doit constater la créance envers les organismes sociaux. Pour ce faire, il réalise l’écriture comptable suivante : débit du compte 4387 Organismes sociaux - Produits à recevoir ; crédit du compte 641 Rémunération du personnel.
2. Puis lors du remboursement des IJSS : débit du compte 512 Banque ; crédit du compte 4387 Organismes sociaux - Produits à recevoir.

Cette méthode supprime le décalage entre la charge financière supportée par l’entreprise lors du versement du salaire et la réception des IJSS de la caisse de Sécurité sociale par la suite.

Décalage d’exercice : écriture d’ajustement

Si la constatation de la créance et son remboursement se situent dans un même exercice comptable, vous n’avez pas besoin d’ajuster l’avance de cotisations sociales sur les indemnités journalières. Par contre, si cette période couvre deux exercices, alors il est conseillé d’effectuer un ajustement avec l’écriture comptable suivante : débit du compte 486 Charges constatées d’avance ; crédit du compte 645 Charges sociales.

Écritures comptables : cas des non‑salariés et dirigeants

Pour les travailleurs indépendants et les dirigeants qui perçoivent directement les IJSS, la comptabilisation est différente :

• Débit du compte 108 Compte de l’exploitant (pour les chefs d’entreprise individuelle) ;
• Crédit du compte 791 Transfert de charges d’exploitation.

Dans les sociétés soumises à l’IS, les indemnités journalières perçues par le dirigeant ne doivent pas être intégrées dans le bénéfice imposable, même si les cotisations sociales sont prises en charge par la société : ces IJ sont imposables à l’impôt sur le revenu du dirigeant.

Points pratiques sur le bulletin de paie

Tout dépend du mode de versement des indemnités journalières :

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• Si c’est l’Assurance maladie qui verse directement les IJSS au salarié en arrêt de travail, alors il n’y a pas besoin de le noter sur le bulletin de paie (attention toutefois à indiquer la retenue sur salaire pour absence).
• Si c’est l’employeur qui perçoit les IJSS de l’Assurance maladie puis les redistribue au salarié (subrogation), alors il faut l’inscrire sur la fiche de paie, dans la catégorie des revenus de remplacement.

Règles fiscales et sociales à connaître

Les IJSS sont exonérées de cotisations sociales (sauf CSG/CRDS) ; elles sont soumises à CSG/CRDS sur les revenus de remplacement. Le maintien de salaire éventuel par l’employeur peut donner lieu à un complément soumis aux cotisations selon les règles conventionnelles et légales. L’omission d’enregistrer correctement la créance liée à la subrogation expose l’employeur à un redressement fiscal et à des sanctions.

Conseils de gestion et bonnes pratiques

1. Vérifier systématiquement l’accord du salarié pour la subrogation et noter la date de début et de fin de l’arrêt pour calculer correctement le brut, le net imposable et le maintien de salaire.
2. Tenir à jour le compte 4387 dès le versement au salarié et enregistrer le remboursement au débit du compte 512 et crédit du compte 4387 à réception des fonds.
3. Anticiper les impacts sur la paie : intégrer les IJSS sur le bulletin avec mention du montant brut, net et imposable et vérifier la prévoyance et les compléments éventuels.
4. Automatiser le suivi avec un logiciel de paie pour générer les écritures, suivre les remboursements et documenter les régularisations d’exercice.
5. Communiquer clairement avec les salariés sur la subrogation, les délais de remboursement et la somme nette perçue.

Exemples d’écritures résumées

Évolutions réglementaires et plafonds (points d’attention pour 2025‑2026)

Les nouveaux plafonds et les réformes récentes (notamment la modification du plafond de prise en compte des salaires pour le calcul des IJSS passant à 1,4 × SMIC) peuvent impacter le montant des indemnités perçues en subrogation et donc la trésorerie et les écritures de l’employeur. En cas d’augmentation des salaires, les IJSS peuvent rester moins couvrantes et l’employeur devra compléter davantage via la prévoyance ou des accords collectifs.

À retenir

• La subrogation permet à l’employeur d’avancer les IJSS à un salarié en arrêt de travail pour maintenir son salaire, puis de se les faire rembourser par la CPAM.
• Les IJSS doivent être enregistrées comme une créance en comptabilité (compte 4387) lorsque l’employeur est subrogé.
• Pour les dirigeants non salariés, les IJ sont enregistrées au débit du compte 108 et au crédit du compte 791 (ou autres comptes selon la pratique et la nature juridique).
• En cas de clôture d’exercice avant remboursement, pensez aux écritures d’ajustement (486 / 645 ou 4387 / 791 selon les pratiques et l’importance des montants).

La bonne tenue comptable de ces opérations garantit une image fidèle de la situation financière de l’entreprise et évite les écarts entre l’avance de l’employeur et le remboursement réel de la sécurité sociale. L’utilisation d’un logiciel de paie fiable peut automatiser ces enregistrements et réduire les risques d’erreur.

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