Comment comptabiliser les frais de test PCR en comptabilité

Avec le déremboursement de certains tests virologiques et l'exigence du pass sanitaire dans de nombreux contextes, la question de la comptabilisation des tests PCR engagés pour les besoins de l'activité professionnelle se pose fréquemment. Cet article réunit et organise les éléments utiles pour savoir quand un test PCR peut être considéré comme frais professionnel, comment l'enregistrer en comptabilité et quelles précautions garder en tête.

Cadre général : notion de frais professionnels et exemples pertinents

Les notes de frais correspondent aux frais engagés par les salariés et les dirigeants d'entreprise, dans le cadre de l'activité professionnelle. L'entreprise est obligée de rembourser ces frais, lorsque les dépenses sont justifiées.

Le dépistage peut-il être considéré comme un frais professionnel ? La DSS (Direction de la Sécurité Sociale) distingue certaines situations pour lesquelles le test PCR est reconnu comme un frais professionnel. C’est le cas par exemple des collaborateurs tenus à un déplacement professionnel à l’étranger pour lequel l’entrée dans un pays tiers est conditionnée à la présentation d’un test virologique négatif.

Principes de qualification

• Seules les dépenses ayant un caractère professionnel sont remboursables : il faut pouvoir justifier que le test est nécessaire à la mission ou à l'exécution du travail.
• Le remboursement doit être justifié par un document (facture, reçu) : sans justificatif, la dépense ne devrait pas être remboursée.
• Pour les indépendants, la déduction d'un test PCR relève de l'application des « frais réels » : la déduction est possible mais doit être justifiable en cas de contrôle fiscal.

Cas pratiques et positions applicables

Depuis le 15 octobre 2021, la prise en charge des tests virologiques Covid-19 n’est plus systématique. La gratuité reste pour les personnes symptomatiques et les cas contacts, mais pour les autres situations l'employeur peut décider de dédommager ses collaborateurs.

Situations où le test PCR peut être considéré comme frais professionnel :

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1. Déplacement professionnel international exigé par la réglementation du pays tiers (présentation d’un test négatif exigée) ;
2. Test rendu nécessaire par une exigence contractuelle liée à une mission (s'il existe une obligation contractuelle ou un impératif opérationnel) ;
3. Décision unilatérale de l'employeur de rembourser les tests à ses salariés : action volontaire de l'entreprise.

Situations où la qualification est incertaine ou non retenue :

• Tests demandés uniquement pour accéder aux lieux de vie sociale ou à titre personnel (loisirs) : non qualifiables en frais professionnel ;
• Salariés non vaccinés qui réalisent des tests pour présenter un pass sanitaire pour se rendre au travail sans qu'il y ait exigence professionnelle claire : dépend de la politique interne et du contexte ;
• Indépendants : aucune jurisprudence claire, la décision de déduire relève d'une interprétation prudente à justifier en cas de contrôle.

Modalités comptables de remboursement

Quand le test PCR est reconnu comme dépense professionnelle et remboursé par l'employeur, la comptabilisation suit le schéma habituel des notes de frais et remboursements de dépenses professionnelles.

Enregistrement par l'entreprise (cas salarié)

1. Le salarié avance la dépense et transmet le justificatif (facture ou reçu) ;
2. L'entreprise vérifie la conformité, enregistre la dépense et rembourse le salarié.

Écritures comptables usuelles :

• Débit du compte de charge approprié (classe 6). Pour les frais médicaux liés à la médecine du travail et pharmacie, il existe le compte 6475 - Médecine du travail, pharmacie ; si l'entreprise considère le test PCR comme charge liée à la santé au travail, le compte 6475 peut être utilisé.
• Ou à défaut, selon la politique interne, comptabiliser la dépense dans un compte 625 (frais de missions, déplacements) ou dans un compte dédié aux dépenses exceptionnelles de santé, si cohérent avec la nature professionnelle du test.
• Crédit du compte 421 « Personnel - rémunérations dues » (ou 4551/108 pour dirigeants selon le cas) jusqu'au remboursement effectif ; puis règlement via compte de trésorerie.

Exemple d'écritures

Imaginons qu'un salarié présente une facture de test PCR de 60 € et que l'entreprise le rembourse :

Si l'entreprise supporte initialement la dépense fournisseur avant refacturation au client (cas particulier), la méthode diffère et suit la logique des frais refacturés (compte 401 / débit compte 6, voir guide des frais de facturation).

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Impacts fiscaux et sociaux

Les conséquences fiscales et sociales dépendent de la qualification de la dépense :

• Si la dépense est considérée comme frais professionnel remboursé dans le respect des règles et justifiée, elle est déductible pour l'entreprise et, si conforme aux barèmes et règles, n'est pas soumise à cotisations sociales pour le salarié.
• En cas de versement sans justification ou si la dépense est assimilée à un avantage personnel, l'excédent ou le montant pourra être soumis aux cotisations sociales et à l'impôt.
• Pour les indépendants, la déduction du test PCR dans les frais généraux est possible mais doit être motivée et justifiée en cas de contrôle fiscal : la déduction s'apparente aux frais réels.

Précautions à prendre

• Fixer une politique interne claire précisant les conditions et les justificatifs acceptés pour le remboursement des tests PCR afin d'éviter les ambiguïtés et les risques de redressement ;
• Conserver systématiquement les justificatifs originaux (factures ou reçus) ;
• Rédiger des libellés d'écriture précis pour distinguer ces remboursements d'autres aides ou dispositifs exceptionnels ;
• En cas d'aides publiques perçues (ex. aides Covid spécifiques), bien distinguer les écritures et les comptes utilisés pour éviter les confusions ;
• Pour les indépendants, documenter la nécessité professionnelle du test (mission, exigence du donneur d'ordre, déplacement à l'étranger) pour pouvoir justifier la déduction.

Choix du compte : recommandations pratiques

Selon la nature et le motif du test PCR :

• Compte 6475 - Médecine du travail, pharmacie : pertinent si le test s'inscrit dans une démarche de santé au travail ou lié à des obligations de l'employeur en matière de sécurité sanitaire ;
• Comptes 625x (frais de missions/déplacements) : si le test est lié à un déplacement professionnel (notamment international) ;
• Compte 623 ou autre compte de charges exceptionnelles : possible si l'entreprise décide d'en faire une prise en charge exceptionnelle (mais préférer la clarté en utilisant un compte spécifique) ;
• Compte 421 ou 467 pour la contrepartie avant remboursement au salarié ;
• Pour les dirigeants, utiliser le compte adéquat selon la nature du lien (compte 108 pour exploitant, 4551 pour compte courant d'associé).

Procédure opérationnelle recommandée

1. Mettre en place une politique interne écrite précisant : motifs admis, justificatifs requis, compte à utiliser et procédure de remboursement ;
2. Demander systématiquement la facture ou le reçu original du laboratoire ;
3. Vérifier le caractère professionnel du test (ordre de mission, justificatif de déplacement, exigence contractuelle) ;
4. Enregistrer la dépense dans le compte choisi (ex. 6475 ou 625x) et inscrire la contrepartie sur 421/467 ;
5. Régler le salarié et archiver la pièce justificative avec un libellé clair liant la dépense à la mission ou à la décision de l'employeur.

Points de vigilance en cas de contrôle

• L'administration fiscale et l'URSSAF examinent souvent les notes de frais lors d'un contrôle ; des justificatifs manquants ou des remboursements injustifiés peuvent entraîner des redressements.
• En cas de remboursement collectif décidé par l'employeur, il convient de documenter la décision (note de service, politique de remboursement) afin de justifier l'uniformité des traitements.
• Pour les indépendants, l'absence de jurisprudence impose prudence et traçabilité : conservez tous les éléments démontrant le caractère indispensable du test pour l'activité.

Récapitulatif pratique

La comptabilisation des tests PCR nécessite donc d'évaluer le caractère professionnel de la dépense, de collecter les justificatifs et d'appliquer une écriture cohérente selon la nature de la charge. Une politique interne claire et des libellés d'écriture précis réduisent le risque de redressement et facilitent la traçabilité comptable.

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