Comment déclarer les indemnités journalières aux impôts en tant qu'auto-entrepreneur ?

Personne n'est à l’abri d’un souci de santé, qu'il s'agisse d'un accident de vélo, d'une grippe ou d'un surmenage. Si les salariés ont un revenu assuré dans ces situations, ce n’est pas le cas pour tous les auto-entrepreneurs ! Il est donc essentiel de savoir si vous avez droit à une indemnisation en cas d'accident ou d'arrêt maladie en tant qu'auto-entrepreneur.

Conditions générales pour percevoir des indemnités journalières

Les auto-entrepreneurs commerçants ou artisans peuvent bénéficier d'indemnités journalières en cas d'arrêt de travail pour cause de maladie ou d'accident. Il faut pour cela remplir les quatre conditions suivantes :

• Être inscrit à un régime obligatoire de la sécurité sociale depuis au moins un an (12 mois continus d’affiliation). Si vous étiez soumis à un autre régime lors d’une précédente activité professionnelle, la période d’affiliation peut être comptée s’il n’y a pas eu d’interruption entre vos deux activités.
• Être en activité au moment de l’arrêt de travail ou bénéficier d’un maintien de droit, à la date d’un certificat médical d’incapacité de travail.
• Être à jour dans le paiement de vos cotisations sociales.
• Avoir un revenu annuel supérieur à 4 208,80 euros après abattement.

Si vous ne répondez pas aux conditions d’accès aux indemnités journalières, contactez votre Caisse primaire d’assurance maladie (CPAM) pour savoir si vous bénéficiez d’un maintien de droit au titre d’une précédente activité.

Affiliation à la Sécurité Sociale des Indépendants (SSI)

Pour être automatiquement rattaché à la Sécurité sociale des auto-entrepreneurs, vous devez avoir ouvert votre micro-entreprise libérale après le 1er janvier 2018. Si vous exercez une profession libérale non réglementée et êtes affilié au régime général pour votre retraite, vous respectez les mêmes conditions que les artisans et commerçants (article L131-6 du Code de la sécurité sociale).

En effet, les activités libérales ayant débuté avant 2018 étaient rattachées à la Cipav et n’avaient pas droit aux indemnités en cas d’arrêt de travail (maladie ou accident). Les personnes ayant débuté leur activité avant 2018 avaient jusqu'au 31 décembre 2023 pour demander à rejoindre le régime général de la sécurité sociale. Ces micro-entrepreneurs sont aujourd'hui affiliés à la Cipav.

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Affiliation à la Cipav

Depuis la loi de financement pour la sécurité sociale de 2021, les indemnités journalières en cas de maladie ou accident sont enfin ouvertes aux professions libérales affiliées à la Cipav. Il vous faudra alors répondre aux conditions suivantes :

• Avoir un revenu annuel au moins égal à 4 208,80 € (soit 10 % du Plafond Annuel de la Sécurité Sociale ou PASS).
• Être affilié depuis au moins 1 an à la Cipav, à partir de la date de l’arrêt de travail.

Seule une série précise d’activités réglementées sont obligatoirement rattachées à la Cipav pour leur protection sociale.

Si vous êtes salarié et auto-entrepreneur à titre complémentaire, vous restez affilié au régime général de la sécurité sociale en tant que salarié. Le calcul de vos indemnités journalières se base alors sur votre salaire, sans tenir compte de vos revenus d’auto-entrepreneur. La situation diffère si vous êtes auto-entrepreneur à titre principal, vous serez couvert en cas de maladie en tant qu’indépendant au sein du régime général.

En tant que travailleur « polyactif », vous avez le droit de choisir librement votre régime de protection sociale.

Conditions d'accès aux indemnités journalières pour un arrêt de travail

Arrêt de travail de moins de 6 mois

Pour être en mesure de toucher des indemnités en tant qu’indépendant et salarié, vous devez répondre l’un de ces deux critères :

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• Cumuler 150 heures de travail salarié sur une période 90 jours avant l’arrêt maladie ou accident (soit trois mois civils).
• Sur une période de 6 mois avant l’arrêt de travail, avoir réglé vos cotisations sur un salaire dont le montant est au moins équivalent à 1 015 fois le montant du SMIC horaire (11,88 € brut au 1er novembre 2024). Cela correspond à 12 058,20 euros brut à partir du 1er novembre 2024.

Arrêt de travail de plus de 6 mois

Si la durée de votre arrêt de travail s’étend sur plus de six mois, vous bénéficiez d’une indemnisation seulement si vous répondez à l’une de ces deux situations :

• Vous êtes immatriculé auprès de l’Assurance maladie depuis au moins 12 mois à la date du constat médical ET vous cumulez au moins 600 heures de travail sur ces 12 mois civils précédant votre arrêt (soit 365 jours).
• Sur une période de 12 mois avant l’arrêt de travail, avoir réglé vos cotisations sur un salaire dont le montant est au moins équivalent à 2 030 fois le montant du SMIC horaire (11,88 € brut). Cela correspond à 24 140,16 euros brut à partir du 1er novembre 2024.

Calcul des indemnités journalières

Affilié au régime général

Le montant de votre indemnité journalière correspond à 1/730e de votre revenu d'activité annuel moyen (RAAM) des trois dernières années :

1/730 X revenu annuel moyen des 3 dernières années = Montant des indemnités journalières

Par exemple, en tant qu'auto-entrepreneur, Emmanuelle enregistre un revenu d'activité annuel moyen (RAAM) de 12 000 euros sur les 3 années précédentes. Le montant de son indemnité journalière s’élèvera à 16 euros, puis que 1/730 x 12 000 = 16. En 2024, les indemnités journalières des auto-entrepreneurs artisans et commerçants sont comprises entre 5,765 € et 63,52 € par jour. Ce montant maximum correspond à 1/730 du plafond de la sécurité sociale (PASS), c’est-à-dire 46 368 € en 2024.

Notez que les auto-entrepreneurs ayant un revenu annuel moyen de moins de 4 208,80 € sur les 3 dernières années n’ont pas droit aux indemnités journalières. Vous pouvez cependant y avoir droit, exceptionnellement, si vous avez opté pour le versement d’une cotisation minimale indemnité journalière.

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Libéraux affiliés à la CIPAV

Les règles de calcul sont identiques à celles du régime général : le montant de vos indemnités journalières correspond à 1/730 votre revenu d'activité annuel moyen (RAAM) des 3 dernières années. Cette moyenne de vos revenus est plafonnée à 139 104 euros brut, soit 3 fois le montant du PASS (46 368 € en 2024). Ainsi, ce plafond limite votre indemnité journalière à 190,55 euros par jour maximum.

Durée d'indemnisation

Affilié au régime général

La période d’indemnisation en cas de maladie ou d’accident s’étend au maximum à :

• 360 jours en cas d’arrêt maladie, sur une période glissante de 3 ans au titre d'une ou de plusieurs maladies.
• 90 jours en cas de temps partiel thérapeutique, sur une période de 3 ans également.
• 3 ans pour les affections de longue durée (ALD) ou soins de longue durée (SLD). S’il s’agit d’un mi-temps dans ce cadre, cette période est limitée à 270 jours sur une période de 4 ans.

En cas de temps partiel thérapeutique, les auto-entrepreneurs peuvent recevoir une indemnité journalière, sous certaines conditions et pour une durée limitée, si :

• leur activité professionnelle aide à améliorer leur état de santé ;
• facilite leur rééducation ou réadaptation professionnelle pour reprendre une activité adaptée à leur état de santé.

Un auto-entrepreneur n’a pas besoin d’avoir été en arrêt de travail indemnisé à temps complet pour pouvoir bénéficier du temps partiel thérapeutique.

Affilié à la Cipav

Si vous êtes un professionnel libéral affilié à la Cipav, vous serez indemnisé pour une période maximale de 90 jours, moins 3 jours de carence (donc 87 jours d’indemnisation).

Délai de carence

Comme pour les salariés, les auto-entrepreneurs sont soumis à un délai de carence entre le début effectif de votre arrêt de travail et le versement des indemnités. Celui-ci est de 3 jours pour un arrêt supérieur à 7 jours ou en cas d’hospitalisation. Pour déclencher l’indemnisation, vous devrez faire parvenir les 2 premiers volets de votre arrêt de travail dans les 48 heures à la CPAM.

Si vous cumulez votre micro-entreprise avec un emploi salarié, votre employeur devra en plus transmettre le formulaire Cerfa 11135*04 à la CPAM ou en ligne sur le site ameli.fr.

Pour compléter vos indemnités journalières de travailleur indépendant, vous pouvez souscrire une assurance prévoyance santé (ou mutuelle santé). Cette assurance permet une prise en charge élargie de vos frais de santé en cas d’arrêt partiel, temporaire ou définitif.

Déclaration des indemnités journalières aux impôts

Il n'est pas nécessaire de déclarer vos indemnités journalières aux impôts en cas d’arrêt maladie. Les indemnités journalières versées par l'assurance maladie aux auto-entrepreneurs sont déjà soumises à la CSG et à la CRDS.

Pour être plus précis, les indemnités journalières perçues sont bien soumises à la CSG (contribution sociale généralisée) et à la CRDS (contribution au remboursement de la dette sociale). En microentreprise, ces contributions sont déjà prélevées sur les indemnités que vous recevez. Sur le relevé de prestations annuel disponible sur le site Ameli, une petite note vous le mentionne : "En revanche, la CRDS et la part de CSG non déductible du revenu imposable sont intégrées".

Si vous cumulez une activité salariée et une microentreprise, vous ne devez pas déclarer les indemnités journalières perçues au titre de votre activité indépendante. Pensez à vérifier les montants des indemnités qui concernent votre emploi salarié sur votre déclaration d’impôts.

Procédure à suivre pour déclarer un arrêt maladie

Pour déclarer un arrêt maladie en tant qu’auto-entrepreneur, la procédure est la même que pour les salariés :

• Transmettre les volets 1 et 2 de votre arrêt maladie à la CPAM dans les 48 heures.
• Respecter les heures de présence obligatoire à domicile.
• Stopper réellement votre activité professionnelle.

Notez que votre médecin peut opter avec votre accord pour la télétransmission auprès de l'assurance maladie. Dans ce cas, vous ne recevrez qu’une seule feuille.

Si vous êtes au chômage, vous devez transmettre certains documents à France Travail (ex-Pôle Emploi), tels que le justificatif d’arrêt maladie (fait par votre médecin) et le formulaire de versement des indemnités journalières de la Sécurité sociale. Vous devez aussi déclarer les dates de début et de fin de l’arrêt maladie, ainsi que les prolongations. Si votre période d’arrêt de travail est prolongée par votre médecin, en microentreprise ou si vous êtes salarié, vous devez transmettre le document de prolongation d’arrêt maladie à la CPAM (Caisse Primaire d’Assurance Maladie), à France Travail (si vous percevez des allocations) et à votre employeur (emploi salarié).

Cumul d'un emploi salarié et d'une micro-entreprise

Vous devez envoyer votre arrêt maladie en tant qu'indépendant à la Sécurité sociale des indépendants, gérée par la CPAM. Par conséquent, il est interdit au patient de s'engager dans une quelconque activité (professionnelle ou non, rémunérée ou non) sans l'autorisation explicite du médecin prescripteur de l'arrêt de travail. Si, de manière exceptionnelle et conformément aux dispositions de l’article L.323-6 du Code de la Sécurité Sociale, le médecin juge que son patient peut exercer une activité durant son arrêt de travail, il doit le mentionner clairement lors de la rédaction de l'avis d'arrêt de travail.

Exemple de calcul des indemnités journalières

Voici un exemple concret pour illustrer le calcul des indemnités journalières pour un micro-entrepreneur exerçant une profession libérale :

Léo, développeur web, a réalisé les chiffres d’affaires suivants :

• 2022 : 35 000 €
• 2023 : 45 000 €
• 2024 : 50 000 €

Étape 1 - Calcul du chiffre d’affaires moyen : (35 000 + 45 000 + 50 000) / 3 = 43 333 €

Étape 2 - Application de l’abattement de 34 % (BNC) : 43 333 € × 66 % = 28 599 € (c’est son RAAM)

Étape 3 - Calcul de l’indemnité journalière : 28 599 € / 730 = 39,17 € par jour

Léo percevra donc 39,17 € bruts par jour en cas d’arrêt maladie.

Tableau récapitulatif des conditions et calculs

balises: #Entrepreneur #Impot

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