Comment faire sa comptabilité d'auto-entrepreneur: Le Guide Simplifié

En tant qu’auto-entrepreneur, vous bénéficiez du régime micro-social, ce qui vous permet de tenir une comptabilité simplifiée. C’est une des raisons pour lesquelles l’auto-entreprise est un statut particulièrement privilégié par les indépendants. Malgré cet allégement, l’auto-entrepreneur doit respecter certaines obligations comptables.

Les Avantages du Statut d'Auto-Entrepreneur

La création d’une micro-entreprise présente de nombreux avantages parmi lesquels celui de bénéficier d’une comptabilité allégée, mais qui nécessite tout de même une tenue régulière et claire. La comptabilité présente un intérêt non négligeable pour l’entrepreneur, elle permet d’avoir une visibilité sur les finances et la gestion de l’entreprise. Vous l'aurez compris, le statut juridique de la micro-entreprise facilite grandement la charge administrative que représente la comptabilité d’une entreprise.

Les Obligations Comptables de l'Auto-Entrepreneur

Bien que le statut de l’autoentrepreneur lui permette de bénéficier de formalités administratives ultra-simplifiées, certaines obligations doivent être respectées en matière de comptabilité et de gestion, comme la tenue d’un livre de recettes, la déclaration de CA et la facturation des clients.

Tenue du Livre de Recettes

L’autoentrepreneur a peu d’obligations comptables, mais il doit impérativement tenir un livre de recettes, avec des mentions précises et de manière chronologique. Première obligation : la tenue d’un document qui répertorie l’ensemble des recettes encaissées dans le cadre de votre activité auto-entrepreneuriale. Cette obligation concerne les auto-entrepreneurs artisans, libéraux et commerçants.

Vous devrez y indiquer sous forme de tableau à 6 colonnes :

La date d’encaissement des recettes
La référence de la facture et éventuellement du devis
Le nom du client
La nature de la prestation
Le montant de la recette
Le mode de règlement (chèque, espèces, virement…)

Vous avez le choix entre un format numérique ou une version papier pour enregistrer vos recettes. Dans tous les cas, celles-ci doivent être consignées de manière chronologique, claire et sans aucune modification. Ce document est non modifiable, il est donc essentiel de le remplir avec rigueur et précision !

L'auto-entrepreneur a pour obligation de tenir un livre des recettes encaissées de façon chronologique et sans rature. Attention, ce livre de recettes doit comporter certaines obligations :

Le nom du client, origine des recettes
Le numéro de la facture
Le montant de la facture
Le mode de règlement (espèces, chèques, carte bancaire, virement…)
Les références des pièces justificatives.

Vous devez enregistrer chronologiquement les recettes et indiquer les informations suivantes :

Montant et origine des recettes (identité du client ou de la société mandataire)
Mode de règlement (chèque, espèces ou autres)
Références des pièces justificatives (numérotation des factures, notes)

Vous devez faire le total de vos recettes tous les 3 mois.

Pour les ventes aux détails et les services rendus à des particuliers, vous pouvez inscrire dans votre livre de recettes les informations correspondantes de manière globale en fin de journée dès lors que leur montant unitaire est inférieur à 76 €.

Tenue du Registre des Achats

La tenue du registre des achats est obligatoire lorsque l’activité de l’auto-entrepreneur consiste en la vente de marchandises, de fournitures ou de prestations d’hébergement. La tenue d'un registre des achats est obligatoire pour les micro-entrepreneurs exerçant certaines activités spécifiques. Cela concerne notamment ceux qui commercialisent des marchandises, des fournitures ou des denrées destinées à être consommées sur place ou à emporter. De même, les professionnels proposant des prestations d'hébergement doivent également se conformer à cette obligation comptable.

Ce document doit mentionner :

La date de l'achat
La référence de l'achat (numéro de facture)
L'identité du fournisseur
La nature de l'achat (produit ou prestation)
Le prix TTC de l'achat
Le mode de règlement (espèces, virement, carte bancaire, etc.)

Tout comme pour le livre de recettes, vous devrez tenir ce registre de façon chronologique et sans rature, car il est aussi non modifiable.

Comme pour le livre des recettes, le micro-entrepreneur doit tenir un registre des achats professionnels par ordre chronologique et sans rature. Ce registre doit faire apparaître le détail des achats professionnels effectués sur l'année concernant l'activité de l'auto-entrepreneur :

Le nom du fournisseur
Le montant de l'achat
Le mode de règlement (espèces, chèques, carte bancaire, virement…)
Les références des pièces justificatives.

Il doit contenir le récapitulatif chronologique par année du détail des achats que vous avez effectués dans l'exercice de votre activité. Vous devez indiquer les informations suivantes :

Lire aussi: Fiche INSEE : le guide

Mode de paiement (chèque, espèces...)
Références des pièces justificatives (factures, notes...)

Le registre des achats est obligatoire pour les activités de vente de marchandises, de fournitures et de denrées à consommer sur place ou à emporter ou aux activités de prestation d'hébergement.

Facturation

Parmi les obligations comptables du micro-entrepreneur il y a celle d’établir des factures. En effet, en tant que professionnel, l’auto-entrepreneur doit remettre à ses clients une facture lors de chaque vente ou prestation. Comme pour une société, l’auto-entrepreneur doit émettre une facture pour chacune de ses ventes. Cette obligation s’applique que le client soit un professionnel ou un particulier. En micro-entreprise, vous avez l’obligation de fournir des factures à vos clients, pour chaque vente ou prestation, conformément à l'article L441-3 du Code de Commerce.

Les factures répondent à des impératifs précis. Voici les mentions obligatoires à faire figurer sur vos factures :

Date d’émission de la facture
Numéro de facture unique, attribué chronologiquement
Date de la vente ou de la prestation
Identité du client (nom et adresse)
Identité de l’auto-entrepreneur (nom, prénom, adresse, et mention "EI" ou "Entrepreneur Individuel")
Numéro SIREN de l'auto-entrepreneur
Description détaillée des produits ou services (quantité, prix unitaire, total)
Montant total (hors taxe et toutes taxes comprises si applicable)
Si vous bénéficiez de la franchise de TVA, ajouter la mention : « TVA non applicable, article 293 B du CGI ».

L’auto-entrepreneur a l'obligation d'émettre des factures en bonne et dû forme, comprenant certaines mentions obligatoires. Pour ce faire, il est recommandé de passer par un modèle de facture ou encore mieux, un logiciel de comptabilité ou de facturation agréé.

Déclaration du Chiffre d'Affaires

Les autoentrepreneurs doivent obligatoirement déclarer leur chiffre d’affaires à l’URSSAF, mensuellement ou trimestriellement selon l’option choisie. Vous êtes dans l’obligation de déclarer votre chiffre d’affaires mensuellement ou trimestriellement à l’Urssaf et ce même si ce dernier est nul. Dès lors que votre micro-entreprise bénéficie de la franchise en base de TVA, vous devez déclarer les sommes totales encaissées Hors Taxes (et non facturées). En tant qu’auto-entrepreneur, vous ne pouvez pas déduire vos charges.

Le micro-entrepreneur est dans l'obligation de déclarer son chiffre d'affaires de sa micro-entreprise sur le site de l'URSSAF. Il a le choix entre déclarer son chiffre d'affaires de manière mensuelle ou trimestriellement.

Compte Bancaire

L’auto-entrepreneur n’est pas obligé d’ouvrir un compte bancaire professionnel. En revanche, il est obligé d’avoir un compte bancaire. Alors, votre compte personnel suffit. En effet, la loi PACTE entrée en vigueur le 23 mai 2019, a supprimé l’obligation d’ouvrir un compte bancaire dédié pour certaines micro-entreprises.

Pour une meilleure gestion de sa comptabilité en tant qu’autoentrepreneur, il est conseillé d’avoir un compte bancaire dédié, même en dessous du seuil obligatoire. En effet, lors d’un contrôle fiscal, par exemple, il est plus simple de se justifier et d’avoir toutes les transactions (les encaissements, les prélèvements, les dépenses…) sur un seul compte bancaire, distinct du compte personnel.

Vous avez l’obligation d’ouvrir un compte bancaire dédié à votre activité, dès lors que vous dépassez 10 000 € de chiffre d’affaires pendant 2 années consécutives. Autant dire que vous atteindrez rapidement cette limite !

Concrètement, ce compte vous permettra d’encaisser vos recettes et de régler les achats ainsi que les dépenses liées à votre activité, tout en les distinguant de vos finances personnelles. Il vous servira également à prélever votre rémunération avant de la transférer sur votre compte personnel. De plus, il vous offrira la possibilité de disposer de moyens de paiement dédiés, tels qu’une carte bancaire, un chéquier ou un terminal de paiement. Enfin, ce compte pourra faciliter l’obtention d’un crédit ou d’un prêt pour le développement de votre entreprise.

Vous l’avez compris, l’objectif de ce compte bancaire est de distinguer vos transactions personnelles et professionnelles. Vous y voyez ainsi plus clair dans votre comptabilité, notamment en cas de contrôle !

La TVA et l'Auto-Entrepreneur

Il est à noter qu’il existe des seuils pour bénéficier de la franchise en base TVA que l’auto-entrepreneur ne doit pas dépasser, auquel cas, il sera assujetti à la TVA. Si l’auto-entrepreneur n’est pas assujetti à la TVA, la facture devra contenir la mention “TVA non applicable, art. En tant qu'auto-entrepreneur, vous bénéficiez de la franchise en base de TVA, un dispositif qui vous permet de ne pas facturer de TVA à vos clients et de ne pas avoir à la déclarer ou la reverser à l'État.

Cependant, cette exonération n'est pas automatique et est soumise à des seuils de chiffre d'affaires :

Activité	Seuil de franchise TVA	Seuil majoré
Vente de marchandises	85 800 €	93 500 €
Prestations de services	34 400 €	41 250 €

Tant que vous ne dépassez pas ces seuils, vous êtes exonéré de TVA.

Si vous dépassez ces seuils, votre micro-entreprise bascule dans un régime d'assujettissement à la TVA. Vous devez alors :

Facturer la TVA à vos clients.
Déclarer et reverser la TVA collectée à l'État.
Déduire la TVA sur vos achats professionnels.

Attention : Une réforme du régime de la franchise en base de TVA est en cours et devra prendre effet au 1er juin 2025. Elle prévoit l’abaissement de la franchise en base de TVA à 25 000 €.

Si l’auto-entrepreneur n’est pas assujetti à la TVA, la facture devra contenir la mention “TVA non applicable, art. articles R123-203 à D123-208-01 - Code de commerce.

Logiciels de Comptabilité pour Auto-Entrepreneurs

Bien sûr, pour tenir une comptabilité à jour de manière simple et rapide, la meilleure solution (sans faire appel à un expert-comptable pour micro-entreprise), est de passer par un logiciel de comptabilité. Il en existe toute une panoplie adaptée aux petites comme aux grandes entreprises. Certains proposent même une version gratuite pour les auto-entrepreneurs. Centraliser sa comptabilité au sein d’un logiciel de comptabilité ou de facturation permettra d’assurer la bonne mise en place et tenue des devis, factures et suivis de paiements. Cela permet aussi d'effectuer sa comptabilité en ligne, de manière simplifiée.

Plutôt que de faire appel à un comptable spécialisé en micro entreprise, de nombreux autoentrepreneurs optent aujourd’hui pour des solutions digitales. En 2025, la digitalisation permet aux autoentrepreneurs de gagner du temps et de l’argent tout en respectant parfaitement leurs obligations légales.

Faut-il faire appel à un Expert-Comptable ?

Avant de s’interroger sur la nécessité d’un comptable pour auto entrepreneur, il convient de définir ce qu’est un expert-comptable et quelles sont les missions qui lui sont confiées. L’expert-comptable est un professionnel de la comptabilité qui accompagne les entreprises et les particuliers dans la gestion de leur comptabilité et de leur fiscalité.

Puisqu’il n’y a pas de liasse fiscale ni de bilan comptable annuel obligatoire en autoentreprise, l’autoentrepreneur n’est pas obligé de prendre un expert-comptable. La gestion comptable d’un auto-entrepreneur étant simplifiée, vous pouvez parfaitement gérer votre comptabilité en micro entreprise en autonomie.

Toutefois, une aide administrative peut être la bienvenue, notamment pour s’assurer de ne pas faire d’erreur dans ses déclarations à l’URSSAF ou pour la TVA (si l’autoentrepreneur est redevable). Plutôt que de faire appel à un comptable auto entrepreneur, nous vous conseillons d’utiliser un logiciel de facturation et d’automatisation des déclarations de CA et de TVA, comme Superindep, pour faciliter toutes vos démarches.

Conseils pour une Comptabilité Auto-Entrepreneur Réussie

Pour bien gérer votre comptabilité en tant que micro-entrepreneur, adoptez une approche organisée et régulière. ou encore utiliser un logiciel de comptabilité ou de facturation. Ces outils automatisent les tâches et assurent la fiabilité de la comptabilité de la micro-entreprise. Il n'est pas obligatoire d'avoir un comptable en micro-entreprise, mais cela peut être bénéfique pour faciliter la gestion comptable et fiscale. La comptabilité en micro-entreprise est généralement gratuite.

Voici quelques conseils pour ne plus se perdre dans sa compta en tant que micro-entrepreneur :

Choisir des outils adaptés : Gérer sa comptabilité sous Excel peut rapidement entraîner une perte de temps. L’acquisition de logiciels adaptés à la gestion administrative d’une société apparaît comme incontournable.
Faire preuve de rigueur : En fonction du régime sélectionné lors de la constitution de votre entreprise, vous déclarez votre chiffre d’affaires mensuellement ou trimestriellement à l’URSSAF pour vous acquitter de vos cotisations sociales. Faute de quoi, vous risquez une requalification et la perte des avantages liés à ces régimes.
Conserver précieusement ses documents : La gestion de vos pièces comptables s’avère cruciale pour établir votre comptabilité et piloter votre entreprise. Mais également parce que vous devez les conserver pendant 10 ans et être en mesure de les présenter en cas de contrôle de l’administration fiscale.

Gérer une comptabilité peut constituer un défit pour les jeunes porteurs de projets souhaitant créer une micro-entreprise en ligne. Mais même entant qu’entrepreneur individuel, il est nécessaire d’apprendre à tenir une comptabilité en bonne et dû forme.

Voici quelques conseils supplémentaires :

Ce n’est pas un secret, une comptabilité au clair passe nécessairement par une bonne organisation, et ce à plusieurs niveaux. Chaque entrepreneur a un système qui lui est propre.
- Créer un système de classement : utilisez des dossiers physiques ou numériques pour organiser vos factures, relevés bancaires et autres documents importants.
- Planifier des moments dédiés à la comptabilité dans votre agenda : afin que ce sujet mal aimé ne passe pas trop souvent à la trappe, réservez des moments réguliers dans votre calendrier pour mettre à jour votre comptabilité.
Vos dépenses professionnelles (achats matériels, abonnements, prestations…).
Même si ce n’est pas obligatoire dès le début, il est fortement recommandé d’ouvrir un compte bancaire dédié à votre activité professionnelle. Pour nous, il s’agit d’une étape à réaliser dès le début de votre projet.
De nombreux entrepreneurs débutants ont tendance à repousser la question de la facturation à plus tard. De vous inspirer d’un modèle de facture à télécharger gratuitement, afin de vous assurer de ne rien oublier.
Bien sûr, pour tenir une comptabilité à jour de manière simple et rapide, la meilleure solution est de passer par un logiciel de comptabilité.

Top 5 des Logiciels de Facturation Gratuits (Micro-entreprise, Freelance...)

La comptabilité d’un auto-entrepreneur reste un domaine simplifié qui ne nécessite pas obligatoirement l’intervention d’un expert comptable micro entreprise. L’essentiel est de respecter les obligations de base : tenue du livre de recettes, déclarations de chiffre d’affaires, facturation conforme et éventuellement tenue d’un registre des achats.

N'oubliez pas de conserver l'ensemble des factures et pièces justificatives relatives aux achats, ventes et prestations de services réalisés pendant 10 ans.

En suivant ces conseils et en vous informant régulièrement sur les obligations légales, vous serez en mesure de gérer efficacement la comptabilité de votre auto-entreprise.

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