Indemnités Journalières (IJ) pour Auto-Entrepreneurs en Cas d'Arrêt Maladie

Êtes-vous un auto-entrepreneur et vous souhaitez connaître vos droits en matière d’arrêt maladie et de santé, et savoir si vous avez le droit aux indemnités journalières ? En cas d'arrêt de travail dû à une maladie, un auto-entrepreneur a droit à des indemnités journalières (IJ). Les auto-entrepreneurs paient des cotisations URSSAF mensuellement ou trimestriellement. Ces cotisations sociales leur assurent donc une protection sociale.

Cet article vous guide à travers les conditions d’accès aux indemnités journalières en cas d'arrêt maladie, en fonction de votre activité et de votre régime social.

Source: L'Expert-Comptable

Un Auto-Entrepreneur Peut-il Être en Arrêt Maladie ?

Oui, un micro-entrepreneur (ou auto-entrepreneur) peut prétendre au versement d’indemnités en cas d’arrêt maladie. Ces indemnités sont versées par la Sécurité sociale, indépendamment du fait que vous ayez ou non une mutuelle de micro-entrepreneur. Il est crucial pour les travailleurs indépendants de se familiariser avec les dispositifs d’assurance maladie complémentaire et de prendre des mesures préventives pour garantir une continuité d’activité aussi fluide que possible.

Conditions Générales pour Percevoir des Indemnités en Cas d’Arrêt Maladie

Pour bénéficier des indemnités journalières maladie en arrêt de travail, il faut que le travailleur indépendant se conforme à quelques conditions :

Être affilié à un régime obligatoire de sécurité sociale pour une activité professionnelle pratiquée depuis au moins un an.
Avoir perçu un revenu professionnel moyen au cours des 3 dernières années civiles précédant l'arrêt de travail qui soit supérieur à 4 383,20 euros en 2025.
Être en activité au moment de l’arrêt de travail ou bénéficier d’un maintien de droit, à la date d’un certificat médical d’incapacité de travail.

Pour une raison de parité entre l’ensemble des catégories de profession, le montant des indemnités journalières versées aux indépendants en cas de maladie varie en fonction des revenus professionnel ou du chiffre d’affaires.

Les 4 conditions à remplir pour percevoir des indemnités journalières

Les auto-entrepreneurs commerçants ou artisans peuvent bénéficier d'indemnités journalières en cas d'arrêt de travail pour cause de maladie ou d'accident. Il faut pour cela remplir les quatre conditions suivantes :

Être inscrit à un régime obligatoire de la sécurité sociale depuis au moins un an (12 mois continus d’affiliation). Si vous étiez soumis à un autre régime lors d’une précédente activité professionnelle, la période d’affiliation peut être comptée s’il n’y a pas eu d’interruption entre vos deux activités.
Être en activité au moment de l’arrêt de travail ou bénéficier d’un maintien de droit, à la date d’un certificat médical d’incapacité de travail.
Être à jour dans le paiement de vos cotisations sociales
Avoir un revenu annuel supérieur à 4 208,80 euros après abattement

Bon à savoir : Vous ne répondez pas aux conditions d’accès aux indemnités journalières ? Contactez votre Caisse primaire d’assurance maladie (CPAM) pour savoir si vous bénéficiez d’un maintien de droit au titre d’une précédente activité.

Indemnités des Micro-Entrepreneurs Artisans et Commerçants

Les micro-entrepreneurs exerçant une activité commerciale ou artisanale ont le droit aux indemnités journalières en cas de maladie. Ce droit est soumis à 3 conditions :

Avoir cotisé depuis plus d’un an (12 mois d’affiliation continus).
Avoir un revenu professionnel supérieur à 4 383,20 € par an en 2025, sur les trois dernières années. Si le revenu professionnel est inférieur à ce seuil, les indemnités journalières (IJ) sont nulles.
Avoir une prescription médicale d’arrêt maladie.

Attention : le revenu professionnel n’est pas le chiffre d’affaires. Il s’agit de deux choses différentes. On vous explique après comment le calculer pour connaître vos indemnités journalières !

Bon à savoir : Le délai de carence est de 3 jours en cas d’arrêt maladie de plus de 7 jours ou d’hospitalisation. Autrement dit, en cas d’arrêt maladie de moins de 7 jours, vous n’êtes pas indemnisé. Vous pouvez commencer à percevoir des indemnités à partir du 4e jour. C’est la CPAM qui verse les indemnités en moyenne tous les 15 jours.

Lire aussi: Conditions Auto-Entrepreneur

Les indemnités sont versées pendant :

360 jours maximum par période de 3 ans pour une activité à temps complet sans rapport avec une affection de longue durée (ALD).
3 ans maximum en cas d’affection de longue durée ou de soins de longue durée.

Indemnités des Micro-Entrepreneurs Professions Libérales

La situation des professions libérales est plus complexe. Auparavant, seules les professions libérales non-réglementées affiliées à la sécurité sociale des indépendants (SSI) avaient le droit aux indemnités en cas de maladie.

Depuis le 1er juillet 2021, toutes les professions libérales (réglementées et non réglementées) ont le droit aux indemnités journalières. Ce droit est donc aussi ouvert aux professions libérales dépendant de la CIPAV, les premières concernées par la réforme. Ce nouveau droit s’accompagne d’une augmentation des cotisations sociales des micro-entrepreneurs affiliés à la CIPAV. Cette augmentation est de 0,2 %.

Bon à savoir : Pour bénéficier d’une indemnisation, les mêmes conditions que pour les artisans et commerçants s’appliquent. Le délai de carence est de 3 jours. Les indemnités peuvent être versées pendant 90 jours.

Indemnités du Micro-Entrepreneur Salarié

Vous pouvez également bénéficier d’indemnités maladie si vous cumulez le statut de salarié et celui de micro-entrepreneur. Sachez néanmoins que la CPAM ne prend en compte que vos revenus de salarié dans le calcul de vos indemnités maladie et pas vos revenus de micro-entrepreneur.

Pour bénéficier d’indemnités maladie, il faut avoir travaillé :

Pour un arrêt inférieur à 6 mois : 150 heures de travail au cours des 90 jours précédents et avoir cotisé un salaire au moins égal à 1 015 fois le montant du SMIC horaire au cours des 6 mois précédents.
Pour un arrêt supérieur à 6 mois : 600 heures de travail au cours des 365 jours précédents et avoir cotisé sur un salaire de 2 030 fois le montant du SMIC horaire pendant 12 mois. Il faudra aussi justifier 12 mois d’affiliation à l’Assurance-maladie.

Si vous êtes salarié et auto-entrepreneur à titre complémentaire, vous restez affilié au régime général de la sécurité sociale en tant que salarié. Le calcul de vos indemnités journalières se base alors sur votre salaire, sans tenir compte de vos revenus d’auto-entrepreneur.

Calcul des Indemnités Journalières

Le montant des indemnités journalières est calculé différemment selon votre activité (artisan, commerçant ou profession libérale).

Calcul pour les Micro-Entrepreneurs Artisans et Commerçants

L’indemnité journalière versée aux micro-entrepreneurs artisans ou commerçants est déterminée selon la formule suivante :

Indemnité journalière = 1/730 du revenu d’activité annuel moyen (RAAM) des 3 dernières années

En micro-entreprise, le RAAM correspond au chiffre d’affaires annuel moyen sur 3 ans, après application d’un abattement forfaitaire. Cet abattement varie selon la nature de l’activité :

71 % pour les activités de vente (BIC - bénéfices industriels et commerciaux)
50 % pour les prestations de services commerciales ou artisanales (également BIC)

Le RAAM = (CA moyen sur 3 ans) - (abattement forfaitaire)

L’indemnité journalière ne peut pas dépasser 1 PASS (Plafond Annuel de la Sécurité Sociale). En 2025, le PASS est fixé à 47 100 €, ce qui limite l’indemnité journalière à 64,52 € bruts maximum.

Exemple : Mathilde, créatrice de bijoux, a réalisé les chiffres d’affaires suivants :

2022 : 18 000 €
2023 : 22 000 €
2024 : 27 000 €

Étape 1 - Calcul du chiffre d’affaires moyen : (18 000 + 22 000 + 27 000) / 3 = 22 333 €

Étape 2 - Application de l’abattement forfaitaire : Mathilde exerce une activité de prestations de services artisanales, donc abattement de 50 % : 22 333 € × 50 % = 11 166,50 € ➡️ c’est son RAAM

Étape 3 - Calcul de l’indemnité journalière : 11 166,50 € / 730 = 15,29 € par jour

💶 Mathilde percevra donc 15,29 € bruts par jour au titre de l’indemnité journalière en 2025.

🦠 En raison de la crise sanitaire liée à la COVID-19, le gouvernement avait mis en place des aides aux micro-entrepreneurs. Ainsi, les revenus 2020 peuvent être écartés si le calcul de l’indemnité journalière est plus favorable en tenant compte des années précédentes. Cette mesure vaut également pour le calcul de l’indemnité de congé maternité en micro-entreprise.

Tableau récapitulatif pour les artisans et commerçants :

Revenu d'activité annuel moyen (RAAM)	Formule de calcul	Indemnité journalière maximale (2025)
Chiffre d'affaires annuel moyen sur 3 ans après abattement	RAAM / 730	64,52 € bruts par jour

Calcul pour les Micro-Entrepreneurs Professions Libérales

Le montant de l’indemnité journalière des professions libérales est déterminé de la même manière que pour les autres statuts :

Indemnité journalière = 1/730 du revenu d’activité annuel moyen (RAAM) des 3 dernières années

Les professions libérales relèvent du régime des Bénéfices Non Commerciaux (BNC). À ce titre, un abattement forfaitaire de 34 % est appliqué sur le chiffre d’affaires annuel moyen pour déterminer le RAAM.

Le RAAM = (CA moyen sur 3 ans) - 34 %

Pour les auto-entrepreneurs libéraux rattachés à la CIPAV, le montant de l’indemnité journalière est compris entre 22 € et 169,05 € par jour. Pour les autres professions libérales, le montant des indemnités est le même que pour les artisans et commerçants, soit maximum 64,52 € en 2025.

⚠️ L’indemnité ne peut pas excéder le plafond même si le revenu est supérieur au PASS (47 100 € en 2025).

Exemple : Léo, développeur web, a réalisé les chiffres d’affaires suivants :

2022 : 35 000 €
2023 : 45 000 €
2024 : 50 000 €

Étape 1 - Calcul du chiffre d’affaires moyen : (35 000 + 45 000 + 50 000) / 3 = 43 333 €

Étape 2 - Application de l’abattement de 34 % (BNC) : 43 333 € × 66 % = 28 599 € ➡️ c’est son RAAM

Étape 3 - Calcul de l’indemnité journalière : 28 599 € / 730 = 39,17 € par jour

💶 Léo percevra donc 39,17 € bruts par jour en cas d’arrêt maladie.

Tableau récapitulatif pour les professions libérales :

Revenu d'activité annuel moyen (RAAM)	Formule de calcul	Indemnité journalière maximale (CIPAV)	Indemnité journalière maximale (autres professions)
Chiffre d'affaires annuel moyen sur 3 ans après abattement de 34%	RAAM / 730	Entre 22 € et 169,05 € par jour	64,52 € en 2025

L'arrêt maladie est-il possible en auto-entreprise ?

Procédure à Suivre pour Déclarer un Arrêt Maladie

La procédure à suivre pour déclarer un arrêt maladie en tant qu’auto-entrepreneur est la même que pour les salariés.

Checklist :

Transmettre les volets 1 et 2 de votre arrêt maladie à la CPAM dans les 48 heures.
Respecter les heures de présence obligatoire à domicile.
Stopper réellement votre activité professionnelle.

Notez que votre médecin peut opter avec votre accord pour la télétransmission auprès de l'assurance maladie. Dans ce cas, vous ne recevrez qu’une seule feuille.

❌ Attention : sachez que vous n’avez pas le droit d’être en arrêt maladie et de continuer à travailler même si vous êtes micro-entrepreneur.

Conseils pour Bien Réagir en Cas d’Arrêt Maladie

Vous êtes malade et craignez d’interrompre votre activité ? Voici nos conseils pour mieux gérer cette période :

Conseil numéro 1 : décrocher et se reposer.
Conseil numéro 2 : prévenir ses clients et anticiper son retour.
Conseil numéro 3 : envisager une prévoyance individuelle.

Acceptez la situation et ne cherchez pas à tout prix à continuer à travailler. Prenez le repos dont vous avez besoin pour revenir en plus grande forme !Si vous sentez que vous allez devoir stopper votre activité, essayez de prévenir au plus tôt vos clients pour qu’ils s’organisent. Vous pouvez leur donner un délai indicatif de reprise du travail si c’est possible. N’hésitez pas à communiquer avec eux régulièrement pour les rassurer et prévoir votre retour.

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