Indemnités Journalières pour Auto-Entrepreneurs en Arrêt de Travail : Guide Complet

En tant qu'auto-entrepreneur, il est essentiel de connaître vos droits en matière d'arrêt maladie et d'indemnités journalières (IJ). Cet article vous guide à travers les critères d'éligibilité, les démarches à suivre et le calcul de ces indemnités.

Qui Peut Bénéficier des Indemnités Journalières ?

Les indemnités journalières (IJ) sont versées par l'Assurance Maladie pour compenser la perte de vos revenus pendant votre arrêt maladie. Vous pouvez les percevoir au terme d’un délai de carence de 3 jours, dès lors que vous remplissez les conditions.

Pour percevoir des indemnités journalières (IJ), vous devez remplir les conditions suivantes :

Être inscrit à un régime obligatoire de la sécurité sociale depuis au moins un an (12 mois continus d’affiliation). Si vous étiez soumis à un autre régime lors d’une précédente activité professionnelle, la période d’affiliation peut être comptée s’il n’y a pas eu d’interruption entre vos deux activités.
Être en activité au moment de l’arrêt de travail ou bénéficier d’un maintien de droit, à la date d’un certificat médical d’incapacité de travail.
Être à jour dans le paiement de vos cotisations sociales.
Avoir un revenu annuel supérieur à un certain seuil après abattement (voir détails ci-dessous).

Si vous ne répondez pas aux conditions d’accès aux indemnités journalières, contactez votre Caisse primaire d’assurance maladie (CPAM) pour savoir si vous bénéficiez d’un maintien de droit au titre d’une précédente activité.

Démarches à Effectuer pour Bénéficier des Indemnités Journalières

Avant tout, votre médecin doit vous avoir prescrit un arrêt de travail s’il estime que votre état de santé le nécessite. Vous avez 48 heures pour effectuer ces démarches.

Voici les étapes à suivre :

Consultez votre médecin : Votre médecin vous prescrira un arrêt de travail si votre état de santé le justifie.
Envoyez les volets 1 et 2 à la CPAM : Vous avez 48 heures pour envoyer les volets 1 et 2 de l'arrêt de travail à votre CPAM. Votre médecin a déjà télétransmis les volets 1 et 2 de votre arrêt de travail par internet à votre caisse primaire d’assurance maladie (CPAM), il vous a remis le volet 3. Conservez-le. Si votre médecin vous a remis un avis d’arrêt maladie papier qui comporte 3 feuilles, cela signifie que votre avis n'a pas été télétransmis par internet à votre CPAM. Vous avez 48 heures maximum pour compléter et envoyer les volets 1 et 2 au service médical de votre caisse d’assurance maladie.
Envoyez le volet 3 à France Travail (si applicable) : Si vous êtes au chômage et percevez ou êtes susceptible de percevoir l’allocation des travailleurs indépendants (ATI), vous avez 48 heures maximum pour envoyer ce document à votre agence France Travail (ex-Pôle emploi). Sinon, conservez-le.
Justificatifs supplémentaires (si applicable) : Si vous êtes au chômage, pensez à envoyer aussi les justificatifs suivants à votre caisse primaire d’assurance maladie : votre notification d'admission à France Travail (ex-Pôle emploi) et votre dernier relevé de situation France Travail.
Assurez-vous d'être à jour de vos déclarations : Vos revenus sont transmis par l’Agence centrale des organismes de sécurité sociale (Acoss) à votre caisse primaire d’assurance maladie. Pour une évaluation correcte de votre indemnisation, veuillez donc à être à jour de vos déclarations.

Votre caisse primaire d'assurance maladie verse vos indemnités journalières tous les 14 jours en moyenne et vous adresse en même temps un relevé.

À noter : vos relevés d’indemnités journalières valident également vos droits à la retraite.

Calcul du Montant des Indemnités Journalières

L'indemnité journalière que vous recevrez pendant votre arrêt maladie est égale à 1/730e de votre revenu d’activité annuel moyen (Raam) (1). Celui-ci est calculé sur la moyenne de vos revenus cotisés des 3 années civiles précédant la date de votre arrêt de travail.

Le revenu annuel correspond au chiffre d’affaires annuel diminué de l’abattement forfaitaire (71 % pour les activités de BIC Vente, 50 % pour BIC Prestations et 34 % pour BNC).

Lire aussi: Guide INPI : Arrêter son Entreprise

Vos revenus sont pris en compte pour chaque année concernée dans la limite du plafond annuel de la sécurité sociale (Pass) en vigueur au jour du constat médical de l’incapacité de travail, soit 47 100 € bruts (au 1er janvier 2025).

Même si la moyenne de vos 3 derniers revenus est supérieure à 47 100 € bruts, votre indemnité journalière ne pourra pas excéder le montant maximum de 64,52 € bruts (fixé au 1er janvier 2025).

Exemple de calcul :

Mathilde, créatrice de bijoux 💍, a réalisé les chiffres d’affaires suivants :

2022 : 18 000 €
2023 : 22 000 €
2024 : 27 000 €

Étape 1 - Calcul du chiffre d’affaires moyen : (18 000 + 22 000 + 27 000) / 3 = 22 333 €

Étape 2 - Application de l’abattement forfaitaire : Mathilde exerce une activité de prestations de services artisanales, donc abattement de 50 % : 22 333 € × 50 % = 11 166,50 € ➡️ c’est son RAAM

Étape 3 - Calcul de l’indemnité journalière : 11 166,50 € / 730 = 15,29 € par jour

Mathilde percevra donc 15,29 € bruts par jour au titre de l’indemnité journalière en 2025.

Tableau Récapitulatif des Plafonds et Montants Maxima

Année	Plafond Annuel de la Sécurité Sociale (PASS)	Indemnité Journalière Maximale
2023	43 992 €	Non spécifié
2024	46 368 €	63,52 €
2025	47 100 €	64,52 €

Important : Pour les auto-entrepreneurs exerçant une profession libérale, les règles de calcul et les plafonds peuvent varier. Depuis le 1er juillet 2021, toutes les professions libérales (réglementées et non réglementées) ont le droit aux indemnités journalières. Ce droit est donc aussi ouvert aux professions libérales dépendant de la CIPAV, les premières concernées par la réforme.

Pour les auto-entrepreneurs libéraux rattachés à la CIPAV, le montant de l’indemnité journalière est compris entre 22 € et 169,05 € par jour. Pour les autres professions libérales, le montant des indemnités est le même que pour les artisans et commerçants, soit maximum 64,52 € en 2025.

Délai de Carence et Exceptions

Pendant les 3 premiers jours de votre arrêt de travail, aucune indemnité journalière ne vous est versée ; c'est ce que l'on appelle le délai de carence. Il s'applique au début de chaque arrêt de travail.

Le délai de carence ne s'applique pas dans les cas suivants :

La reprise d'activité entre deux prescriptions d'arrêt de travail ne dépasse pas 48 heures.
Vous êtes en affection de longue durée (ALD) et vos arrêts de travail sont en rapport avec cette maladie.

Obligations et Restrictions Pendant l'Arrêt Maladie

Votre médecin indique sur votre avis d’arrêt de travail si vous êtes autorisé ou non à quitter votre domicile durant votre arrêt de travail pour maladie.

Si vous êtes autorisé à sortir, vous devez tout de même être présent à votre domicile de 9h à 11 h et de 14 h à 16 h. Sur ces tranches horaires, vous ne pouvez sortir que pour des soins ou des examens médicaux.

Durant votre arrêt maladie, vous devez limiter vos déplacements afin de tenir compte de votre état de santé.

Prolongation de l'Arrêt de Travail et Reprise d'Activité

Si aucune solution n’a pu être trouvée pour vous permettre de reprendre une activité professionnelle compatible avec votre état de santé, votre arrêt de travail peut être prolongé. Vous devez faire cette démarche avant la fin de votre arrêt de travail.

À la fin de votre arrêt de travail, vous devez reprendre votre activité professionnelle. Vous n’avez aucune démarche à accomplir auprès de l’Assurance Maladie.

Assurances Complémentaires et Prévoyance

L’indemnisation des arrêts maladie en micro-entrepreneur n’est pas toujours optimale. N’hésitez pas à vous protéger davantage si besoin.

Pour compléter les indemnités journalières versées par l’Assurance Maladie, les indépendants peuvent souscrire un contrat de prévoyance auprès d’une compagnie d’assurances.

Ces garanties arrêt de travail offrent de nombreux avantages : le versement d’indemnités journalières pendant le délai de carence, une indemnisation journalière plus importante et plus proche de votre revenu habituel, un avantage fiscal avec la possibilité de déduire les cotisations versées dans le cadre de ce contrat de son revenu imposable dans le cadre de la loi Madelin.

Il est également possible de bénéficier d’un complément de revenu grâce à sa complémentaire santé.

Micro-entreprise : Déclaration d'Indemnité Journalière, Comment ça Marche ?

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