Surmortalité Covid-19 : Analyse des Chiffres de l'Insee
Pour suivre la mortalité liée à la Covid-19, deux organismes produisent des données : l’Insee et l’Inserm. Le premier diffuse le nombre de décès « toutes causes confondues », qui permet, par écart à la tendance, d’estimer la surmortalité liée à la pandémie. L’Inserm établit les statistiques sur les causes de décès. Elles seules permettent d’isoler les décès effectivement dus à la Covid. Mais une expertise médicale longue et complexe est nécessaire pour disposer de ces données, incompatible avec un suivi de l’épidémie sur le très court terme.
Des alternatives ont donc été déployées afin de disposer rapidement d’informations sur l’impact de la Covid sur les décès en France : soit par des traitements spécifiques des sources de référence sur la mortalité de l’Insee et de l’Inserm ; soit par l’exploitation de sources mobilisées pour tracer la situation épidémique dans les hôpitaux et les établissements hébergeant des personnes âgées. Plus de deux ans après le début de la pandémie, les statistiques sur les causes médicales de décès commencent à être disponibles. Deux précédents billets du blog de l’Insee se sont déjà intéressés aux statistiques permettant d’éclairer l’impact de l’épidémie de Covid-19 sur la mortalité en France.
Chaque décès survenu sur le territoire national donne lieu à la rédaction, par un médecin, d’un document officiel attestant du décès : le certificat de décès. Ce document est nécessaire pour fermer le cercueil et réaliser les opérations funéraires. Son volet administratif est utilisé par les officiers d’état civil pour établir les actes de décès puis les bulletins d’avis de décès envoyés à l’Insee (Schéma). Le certificat de décès comprend également un volet médical qui contient des informations précises renseignées par le médecin sous la forme d’un texte libre.
Ce volet médical du certificat est cacheté pour en garantir le caractère confidentiel : il ne sera consultable que par les médecins des agences régionales de santé (ARS), puis par les spécialistes du Centre d’épidémiologie sur les causes médicales de décès (CépiDc) de l’Inserm. Le texte du médecin doit ensuite faire l’objet d’une codification « experte » dans la classification internationale des maladies (CIM 10). Il faut d’abord retranscrire dans cette nomenclature toutes les expressions figurant sur le bulletin, puis retenir parmi ces causes potentielles la « cause initiale », celle qui a déclenché le processus conduisant au décès (voir exemple en Encadré).
Prenons le cas d’un homme décédé à l’âge de 65 ans, pour lequel le médecin écrit dans le certificat que le décès est dû à une « défaillance multi-viscérale consécutive à une insuffisance rénale chronique elle-même due à une fibrillation auriculaire », et qui par ailleurs indique que la personne était paraplégique. Au vu de la présentation par le médecin certificateur de ces affections, de la logique médicale de leur enchaînement causal et des règles définies par l’OMS, on considère que la cause initiale du décès, celle qui a déclenché la séquence conduisant au décès, est I489 « Fibrillation et flutter auriculaires, sans précision », les autres causes sont considérées comme des causes associées.
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Afin de suivre la mortalité en temps réel, une analyse très rapide des seuls certificats électroniques est faite automatiquement par un algorithme co-construit par Santé Publique France et le CépiDc. L’algorithme lit les textes rédigés par les médecins et repère les termes « Covid 19 » qui ne sont pas précédés ou suivis par une indication négative du type « absence de Covid » ou « test Covid négatif ». 72 500 décès liés à la Covid ont ainsi été repérés entre mars 2020 et juin 2022, avec une forte réactivité (4 jours).
Des statistiques nationales provisoires sont obtenues par le même traitement algorithmique que pour le suivi de la mortalité en temps réel, mais appliqué à l’ensemble des certificats de décès, une fois tous les formulaires papier centralisés et saisis (4 mois). À l’heure actuelle, le « Codage expert » n’est pour sa part terminé que pour la période de mars à mai 2020, correspondant à la première vague de l’épidémie. Le CépiDc a ainsi constaté que 31 400 décès étaient imputables à la Covid comme cause initiale, soit 18 % des décès de la période (figure 1).
Ces chiffres sont inférieurs à ceux issus du traitement automatique des statistiques nationales provisoires sur la même période (34 500, soit un écart de 9 %), ce qui est normal car le codage expert isole la seule cause initiale. Il est possible que, durant les vagues ultérieures, cet écart soit plus important, du fait d’une plus forte circulation du virus, d’une amélioration du dépistage et du déploiement de la vaccination.
Depuis les attentats de 2015, l’outil SI-VIC (système d’information pour le suivi des victimes) a été déployé dans tous les hôpitaux du pays, publics et privés. Dès le début de l’épidémie en mars 2020 il est utilisé pour suivre quotidiennement l’hospitalisation des patients atteints de la Covid et, le cas échéant, leur décès. Entre mars 2020 et juin 2022, 120 600 décès de patients ayant été hospitalisés avec la Covid ont ainsi été enregistrés dans des hôpitaux (ils ont eu un dépistage positif à l’entrée ou pendant leur séjour).
Certes, ces données ne portent que sur les décès hospitaliers et n’isolent pas les personnes qui sont décédées du fait de la Covid au sein de celles qui ont été soignées avec cette maladie mais sont décédées d’une autre cause. Mais c’est aussi le cas des statistiques nationales provisoires du CépiDc. Ces deux sources sont cohérentes sur le champ des hôpitaux (figure 2), l’outil SI-VIC présentant l’avantage de la réactivité quotidienne ; elles permettent de repérer très rapidement les tendances à la hausse ou à la baisse de mortalité liées à la Covid, et, à quelques points de pourcentage près, les niveaux eux-mêmes sont proches.
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Un dispositif de comptage quotidien des décès avec la Covid-19 a également été mis en place dans les établissements et services médico-sociaux, SurvESMS, qui intègrent les établissements d’hébergement de personnes âgées. Les responsables des établissements concernés doivent signaler, sur un portail spécifique et sécurisé, l’ensemble des cas confirmés de Covid et de décès attribuables à la Covid, que ce soit parmi les résidents ou parmi le personnel. Contrairement à SI-VIC, le dispositif SurvESMS n’est pas nominatif car les établissements ne renseignent que des comptages. Entre mars 2020 et juin 2022, 28 900 décès ont été enregistrés dans ces établissements.
Ces chiffres sont cette fois nettement inférieurs aux comptages issus des statistiques nationales provisoires des certificats de décès sur le champ des ESMS : - 29 % en 2020 et 2021, et l’écart est plus grand encore durant les premiers mois de l’année 2022 (figure 3). La force de ces deux sources, SI-VIC et SurvESMS est leur réactivité quotidienne et leur capacité à « donner l’alerte » en cas d’évolution brutale : les tendances qu’elles délivrent sont bonnes.
Grâce à ses missions de suivi statistique des événements d’état civil, l’Insee comptabilise les données de mortalité « toutes causes », avec quelques jours de décalage par rapport aux chiffres remontés des établissements (SI-VIC et SurvESMS) du fait des délais d’enregistrement et de remontées des actes de décès (cf. supra). L’Insee diffuse actuellement chaque mois, le dernier vendredi, le nombre de décès toutes causes confondues par jour, par région et département. Ces données permettent de mettre en lumière d’éventuels pics inattendus de mortalité. Tous les mois, l’Insee compare les chiffres quotidiens des années 2020, 2021 et 2022 avec ceux des mêmes périodes de l’année 2019.
Au total, sur la période allant de mars 2020 à juin 2022, l’écart par rapport à la mortalité observée en 2019 s’élève à 133 500 décès, ce qui correspond à 9,4 % de décès en plus, soit en moyenne à 157 décès supplémentaires par jour. Dans le cadre de ses missions de surveillance sanitaire et d’alerte, Santé publique France reçoit quotidiennement ces données de l’Insee. Il en diffuse des analyses tous les mardis dans son bulletin « Surveillance sanitaire de la mortalité.
Par ailleurs, en mai 2022, l’Insee a réalisé un bilan global en comparant les données de décès en 2020 et 2021 aux nombres de décès attendus, en prenant en compte l’augmentation de la population et son vieillissement, ainsi que la tendance à la baisse sur une dizaine d’années des risques de décéder à chaque âge. Cette étude permet d’estimer plus précisément que par la simple comparaison avec les chiffres de 2019 l’impact probable de la Covid, à la hausse ou à la baisse, sur les décès « toutes causes confondues ».
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Au total, entre mars 2020 et décembre 2021, l’Insee estime ainsi à + 95 000 décès la surmortalité « toutes causes », soit 24 % de moins que le cumul des décès à l’hôpital et en ESMS compilés par Santé publique France et 35 % de moins que les certificats de décès avec mention de Covid-19 des comptages provisoires du CépiDc. Ces écarts de chiffres s’expliquent, car les trois sources ne mesurent pas exactement la même chose. D’une part, les décès « évités » par le premier confinement (accidents de la route, moindre transmissions d’autres virus, etc.) viennent réduire la surmortalité « toutes causes ».
D’autre part, certaines personnes fragiles décédées de la Covid seraient de toute façon décédées d’une autre cause sur cette période, ce qui est neutre sur la surmortalité « toutes causes » mais pas sur le nombre de décès avec ou du fait de la Covid. Malgré tout, les tendances mois après mois issues de toutes les sources sont relativement similaires (figure 4). Les plus réactives (SI-VIC et SurvESMS) ont correctement rendu compte en temps quasi réel des évolutions de la mortalité liée à la Covid, les statistiques de l’état civil ont confirmé rapidement avec quelques jours de décalage ces décomptes rapides, en écartant les craintes d’une mortalité plus élevée en dehors des établissements de santé et des ESMS, de même que, avec un délai de 4 mois, les traitements provisoires des certificats de décès.
Les statistiques de référence sur les causes médicales de décès issues du codage expert du CépiDc pour l’ensemble des décès de l’année 2020 seront bientôt disponibles, à la fin de l’année 2022. Il sera alors possible d’estimer précisément pour la première fois depuis le début de la pandémie dans quelle mesure d’autres types de décès ont été évités (diminution des déplacements ou des contacts sociaux), ou au contraire ont été indirectement favorisés par elle (défauts de soins ou de suivis liés à la réorganisation du système de santé pour faire face à l’épidémie).
Mortalité due à la Covid-19 : les comparaisons internationales ont-elles un sens ?
L’épidémie de Covid-19 est apparue sur le territoire français début 2020. Elle s'est traduite par une augmentation des nouveaux cas, un pic, puis une décrue. Les pics des vagues épidémiques sont ainsi de moins en moins élevés, bien que légèrement décalées dans le temps et d’amplitude différente. La dynamique épidémique a été différente dans les départements d’outre-mer. Les pics des vagues épidémiques sont ainsi de moins en moins élevés.
Afin de mieux comprendre l'impact de la pandémie, il est important de considérer les mesures mises en place, telles que le port du masque, le dépistage et la vaccination. La part de la population à se faire dépister a augmenté en mai 2020 et une autre en novembre 2020. D’après le nombre d’hospitalisations de cas de Covid, la proportion de contaminations détectées a augmenté régulièrement, passant de 12 % en juin à 59 % fin novembre 2020.
La vaccination a commencé en priorité les plus vulnérables. Le taux de couverture vaccinale est plus élevé chez les 50 ans et plus. Les modalités de vaccination diffèrent selon le lieu de résidence. Le recours à la téléconsultation s’est maintenu au second semestre 2020. Les consultations des psychiatres a été plus limitée : moins d’un cinquième.
La publication d’Eurostat du 24 juin 2020 sert de base à cette analyse. Eurostat a collecté, sur la base du volontariat, les données hebdomadaires sur les décès auprès des autorités statistiques des pays européens. Le niveau de surmortalité a été très différencié selon les pays européens. Les disparités sont également marquées au niveau infra-national.
L’excédent de mortalité affecte alors davantage les femmes que les hommes. L’épidémie de Covid-19 est apparue sur le territoire français début 2020. Elle s'est traduite par une augmentation des nouveaux cas, un pic, puis une décrue. Les pics des vagues épidémiques sont ainsi de moins en moins élevés, bien que légèrement décalées dans le temps et d’amplitude différente.
L’Insee a publié depuis des chiffres de mortalité par pays d’origine qui montrent une surexposition particulièrement marquée pour les personnes nées au Maghreb et en Afrique sub-saharienne. Les auteurs plaident pour une mise à disposition de données plus complètes, qui permettraient de saisir avec davantage de finesse les effets des discriminations ethno-raciales sur l’exposition au virus en France.
Selon les données publiées par l’Insee à partir des décès enregistrés à l’état civil, la Seine-Saint-Denis enregistre le plus fort taux de surmortalité en Île-de-France, sur la période du 1er mars au 19 avril. Avec 6 802 habitants au km² (plus de 64 fois la densité moyenne en France), il est le troisième département le plus densément peuplé, derrière Paris et les Hauts-de-Seine. Les conditions de logement sont aussi un facteur de transmission, avec des taux de sur-occupation les plus élevés d’Île-de-France (20,6 % des logements contre 12,7 % de moyenne régionale).
En 2022, l'écart à la prévision (+8,7%) est supérieur à celui constaté en 2021 (+6,9%) et en 2020 (+7,8%), année où l'épidémie de Covid a explosé. "Les décès dus à d'autres causes que le Covid-19 ont donc augmenté", rapporte l'Insee, qui mentionne "les deux épidémies de grippe" en mars-avril et en décembre 2022, ainsi que les fortes chaleurs de l'été 2022. La population française est peut-être aussi confrontée à une évolution plus structurelle, avec un coup de frein sur les gains d'espérance de vie qui étaient observés chaque année, explique l'Insee.
En 2022, il y a eu 8,7 % de décès de plus qu’attendus en l’absence d’épidémie de Covid-19. L'écart à la prévision (+8,7%) est supérieur à celui constaté en 2021 (+6,9%) et en 2020 (+7,8%), année où l'épidémie de Covid a explosé.
Figure 1 - Décès observés de 2010 à 2022 et attendus de 2020 à 2022 (en milliers)
L’Insee reçoit le volet administratif afin d’établir les statistiques d’état civil. Le certificat de décès, rempli par un médecin, contient deux volets. Le recensement de la population sert de base aux estimations annuelles de population. À partir de 2020, les estimations de population sont provisoires.
En 2021, il y a eu 6,3 % de décès de plus qu’attendus, contre 7,5 % en 2020. L'écart à la prévision (+8,7%) est supérieur à celui constaté en 2021 (+6,9%) et en 2020 (+7,8%), année où l'épidémie de Covid a explosé.
En 2021, la mortalité a été influencée à la fois à la baisse et à la hausse. Les sommets des deux vagues de 2020, en avril (+ 33 %) et en novembre (+ 30 %). En 2021, la surmortalité augmente avant 75 ans. Les décès devenant même conforme à celui attendu pour les 95 ans ou plus.
Entre mars 2020 et décembre 2021, l’Insee estime ainsi à + 95 000 décès la surmortalité « toutes causes », soit 24 % de moins que le cumul des décès à l’hôpital et en ESMS compilés par Santé publique France et 35 % de moins que les certificats de décès avec mention de Covid-19 des comptages provisoires du CépiDc.
Les plus fragiles sont décédées. En 2022, il semble avoir été plus que compensé par un excédent de décès. En 2022, il semble avoir été plus que compensé par un excédent de décès. En 2022, il semble avoir été plus que compensé par un excédent de décès.
En 2021, il y a eu 6,3 % de décès de plus qu’attendus, contre 7,5 % en 2020. En 2021, il y a eu 6,3 % de décès de plus qu’attendus, contre 7,5 % en 2020. En 2021, il y a eu 6,3 % de décès de plus qu’attendus, contre 7,5 % en 2020.
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