Calcul de l’annuité et cotisations maladie des fonctionnaires : modalités, assiette et obligations employeur

Il s’agit des sommes prélevées sur la rémunération d’un agent. Ces sommes vont apparaitre en négatif sur la feuille de paye, ce qui complexifie celle-ci, d’autant plus que les prélèvements sont nombreux, et que les assiettes diffèrent entre elles. Qui est concerné ? L’ensemble des agents publics.

Qu’entend-on par cotisations et annuité dans la fonction publique ?

M. De quoi s’agit-il ? Il est habituel de parler de « cotisations sociales » pour désigner ce qui constitue, plus exactement, des prélèvements socio-fiscaux. Traditionnellement, les charges sociales sont des prélèvements sur la rémunération qui ouvrent droit à des prestations de Sécurité sociale. Aujourd’hui, ces cotisations sont principalement des cotisations au titre de la retraite : régime de base et retraite complémentaire, ainsi que des prélèvements fiscaux destinés au financement de la Sécurité sociale : la Contribution Sociale Généralisée (CSG) et la Contribution au Remboursement de la Dette Sociale (CRDS).

Types de cotisations dans la fonction publique

• Traditionnellement, il convient de distinguer les cotisations « salariés » des cotisations « employeurs ». Les cotisations « salariés » sont prélevées sur la rémunération brute de l’agent. Les cotisations « employeurs » (ou charges patronales) sont calculées en fonction de la rémunération de l’agent mais ne lui sont pas soustraites ; elles sont directement à la charge de l’employeur.
• Les principales cotisations, celles qui sont communes à tous les agents, sont les cotisations pour la retraite et les prélèvements socio-fiscaux.

Retraite

1°) Pour la retraite : Il convient de distinguer entre les fonctionnaires, les fonctionnaires à temps incomplet ou non complet, et les contractuels. Les fonctionnaires à temps complet cotisent, soit au régime des pensions (mention « retenue PC » pour Pension Civile) s’agissant des fonctionnaires de l’État, soit à la CNRACL pour les agents des collectivités locales et les agents du versant hospitalier. Il importe d’ajouter la cotisation à l’Établissement de Retraite Additionnelle de la Fonction Publique (ERAFP) pour les fonctionnaires (retraite complémentaire des fonctionnaires), au taux de 5%, mais dont l’assiette est constituée uniquement de l’indemnité de résidence + Supplément familial de traitement (SFT) + Primes et indemnités + Avantages en nature, dans la limite de 20 % du montant du traitement indiciaire brut.

a) Pour les fonctionnaires : les éléments de calcul de la retraite de base (Caisse des pensions civiles et militaires ou CNRACL) sont composés du traitement indiciaire et, éventuellement, la Nouvelle Bonification Indiciaire (NBI) ; le taux est de 11,10 %.

b) Pour les contractuels et les agents à temps incomplet ou non-complet : les éléments de calcul de la retraite de base sont de 2 types... Il convient d’y ajouter la retraite complémentaire (IRCANTEC) qui est calculée en fonction des tranches de la Sécurité sociale pour les seuls contractuels.

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CSG et CRDS

2°) Pour la CSG et la CRDS : Il existe 2 CSG : la CSG non-déductible et la CSG déductible. De même, la CRDS n’est pas déductible. L’assiette de la CSG et de la CRDS est constituée pour tout le monde par l’ensemble des revenus, aux taux suivants : a) Pour les agents dont les revenus mensuels sont inférieurs à 4 fois le plafond mensuel de la Sécurité sociale : CSG : 98,25 % de l’assiette X 9,2 % (dont 2,4 % non déductible). CRDS : 98,25 % de l’assiette X 0,5 % (non déductible). b) Pour les agents dont les revenus mensuels sont supérieurs à 4 fois le plafond mensuel de la Sécurité sociale : l’assiette est constituée par l’intégralité du revenu aux mêmes taux.

Assiette et méthode de calcul de la cotisation maladie et des annuités

L’assiette correspond à l’ensemble des éléments de rémunération perçus au cours de l’année civile et non soumis à cotisation vieillesse auprès du régime de base. Elle comprend les primes, indemnités et avantages en nature, ainsi que les rémunérations liées à des vacations. Sont exclus le traitement indiciaire, la Nouvelle Bonification Indiciaire (NBI), les éléments de rémunération reçus au titre d’une activité lucrative privée ainsi que les remboursements de frais (transport ou autres).

À savoir : L’assiette de cotisation du Régime est plafonnée (article 2 du décret du 18 juin 2004). Le plafond de l’assiette est établi à 20 % du seul traitement indiciaire brut total perçu au cours de l’année considérée. L’assiette est calculée selon la règle du « calcul mensuel cumulé glissant » : le plafond de 20 % ne s’applique pas de façon indépendante à chacun des mois de l’année. Il s’applique à l’année entière pour tenir compte de l’irrégularité des primes. En conséquence, l’employeur doit calculer tous les mois le plafond cumulé depuis le début de l’année (soit 20 % de tous les traitements payés). Il soustrait la part de l’assiette déjà consommée et obtient ainsi l’assiette disponible qui sert de plafond à la cotisation du mois en cours.

Calcul général

Les cotisations sociales sont calculées par référence aux revenus selon l’équation : Assiette X Taux = montant de la cotisation à déduire du revenu brut. Le problème réside en ce que les assiettes diffèrent selon la cotisation.

Taux et spécificités par versant de la fonction publique

Les cotisations patronales représentent la part des contributions sociales versées par l’employeur public au titre de la rémunération de ses agents. Leur calcul repose sur une base assujettie - le traitement indiciaire brut et certaines primes - et sur l’application de taux fixés par décret. Ces taux varient selon le versant de la fonction publique (État, territoriale, hospitalière) et selon la nature de la couverture sociale (pensions, CNRACL, URSSAF...).

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Fonction publique d’État

Pour les fonctionnaires d’État, les cotisations patronales sont calculées selon un taux unique appliqué au traitement indiciaire brut. Ces cotisations ne sont pas versées à un organisme extérieur pour la retraite : l’État assure lui-même la charge de la pension, ce qui explique le taux très élevé. Taux global moyen : environ 88 à 90 % du traitement indiciaire brut.

Fonction publique territoriale et hospitalière

Les agents titulaires des fonctions publiques territoriale et hospitalière sont affiliés à la CNRACL. Taux global moyen : environ 46 à 48 % du traitement indiciaire brut. Ce taux s’applique sur la rémunération soumise à cotisation CNRACL, hors primes non pensionnables.

Cas des contractuels

Les agents non titulaires cotisent au régime général de la Sécurité sociale et à la retraite complémentaire IRCANTEC. Les taux de cotisation patronale en 2025 sont proches de ceux du secteur privé. Taux global moyen : environ 36 à 38 % du salaire brut.

Périodicité, virement et références pour le versement des cotisations

La périodicité de versement : l’arrêté en date du 12 août 2009 définit les périodicités de versement des cotisations : Pour les employeurs d’au moins 10 agents : le versement des cotisations est mensuel. Le virement doit être effectué avant le 15 du mois suivant le prélèvement des cotisations. Pour les employeurs de moins de 10 agents : le versement est annuel. Le virement doit être effectué en même temps que la déclaration soit avant le 31 mars de l’année N+1.

Le versement des cotisations s’effectue par virement, en utilisant obligatoirement une référence de virement structurée comme suit : 3 caractères alphanumériques N°BCR employeur Clé Nature Année/Mois 88W99XXX999XCUSSAAMM. Une fois le n° BCR (N° d’identification de l’employeur) puis la clé inscrits, seules les 6 dernières positions correspondant à l’échéance devront être mises à jour (année sur 4 positions et mois sur 2 positions).

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En décembre de l’année N-1, une lettre d’information « Versement des cotisations RAFP » est adressée à chaque employeur. Cette lettre précise les coordonnées bancaires (BIC/IBAN) du RAFP et les références de virement à utiliser pour chaque échéance de l’exercice. Ces informations sont également affichées sur la Plateforme Employeurs Publics PEP's.

Enregistrement et consultation des virements

Les virements sont enregistrés sur le compte de l’employeur ou de son intermédiaire. Ce compte est consultable par l’employeur ou son intermédiaire sur la Plateforme Employeurs Publics PEP's (Accès aux services ► Fonds « RAFP » ► Service « cotisations » ► Rubrique « Consultation des comptes »).

Pénalités, régularisations et remboursement de cotisations

Les virements parvenus après les dates limites indiquées ci-dessus feront l’objet de majorations notifiées à l’employeur conformément à l’article 13 du décret du 18 juin 2004.

Le service PEP’s « Demande de remboursement de cotisations » thématique « Cotisations » vous permet de demander leur remboursement et de déposer les pièces justificatives requises en fonction des situations. Les demandes de remboursement seront désormais entièrement dématérialisées pour les situations suivantes : le remboursement de cotisations normales versées à tort à la CNRACL, à l’ATIACL, au FEH pour un agent, le remboursement de cotisations rétroactives versées à tort à la CNRACL suite à validation de périodes, le remboursement suite à exonération de la contribution patronale versées à la CNRACL au profit des CCAS et CIAS au titre des agents sociaux, le remboursement de cotisations versées à tort auprès de l’Ircantec, du RAFP, du DIF Élus, du FSPOEIE, de la CNRACL, de l’ATIACL, du FEH et du FAEFM notamment : Heures supplémentaires non déduites (CNRACL), Versements destinés à des organismes non gérés par la CDC, Versements en double, Régularisation de paie en fin d’année (CNRACL, ATIACL, FEH, RAFP, FSPOEIE), Trop versé (RAFP, Ircantec, FSPOEIE, DIF Elus), Erreur de paie et / ou de déclaration (RAFP, Ircantec, FSPOEIE).

Le service décline un parcours par type de situation et guide les employeurs publics pour la saisie des informations et le dépôt des pièces justificatives, propres à leur demande. Les parcours sont accessibles en fonction des contrats d’immatriculation aux régimes gérés par la Caisse des Dépôts. Attention, la progression dans le parcours n'est pas enregistrée. Accédez au "Récapitulatif" des demandes avant de l'envoyer, pour prise en charge par les équipes gestionnaires. La synthèse sera consultable dans la rubrique « Mes échanges » accessible en cliquant soit sur le lien indiqué sur la page de confirmation de l'envoi soit en haut à droite du tableau de bord PEP's. Il sera possible d’échanger directement avec un gestionnaire depuis PEP’s à partir de cette conversation.

Avant d’effectuer une demande de remboursement, il faudra vérifier : l’exactitude des coordonnées bancaires associées aux contrats et procédez le cas échéant à leur modification à partir du service PEP’s « Références bancaires » depuis le menu « Mon Etablissement ». la présence du service dans la thématique Cotisations. Si vous ne disposez pas des droits d'accès, c'est votre administrateur des comptes PEP's qui gère vos droits d'accès aux services en accédant à la rubrique « Gestion des comptes ». vous trouverez les coordonnées de l'administrateur en cliquant sur votre badge utilisateur (votre nom en haut à droite du tableau de bord PEP's) puis sur Mon Etablissement.

Prise en compte des congés de maladie pour la retraite et impacts sur l’annuité

Les fonctionnaires peuvent bénéficier, au cours de leur carrière, de congés pour cause de maladie dont les conditions sont fixées aux articles L. 822-1 à L. 822-5 du code général de la fonction publique (CGFP). Il est possible que certaines périodes ne comportant pas l'accomplissement de services effectifs soient prises en compte pour la constitution du droit à pension, dans les conditions fixées à l'article L. 9 du code de pensions civiles et militaires de retraite. Le dernier alinéa de cet article prévoit que « les positions prévues aux articles 34 et 45 de la loi n° 84-16 du 11 janvier 1984 précitée, le temps passé dans une position ne comportant pas l'accomplissement de services effectifs n'est compté comme service effectif que dans la limite de cinq ans et sous réserve que les bénéficiaires subissent pendant ce temps, sur leur dernier traitement d'activité, les retenues prescrites par le présent code ».

De ce fait, les congés de maladie entrent dans le champ de l'article 34 de la loi n° 84-16 précitée. Dans le cas où un agent titulaire de la fonction publique bénéficie de plus de quatre trimestres en congé de maladie, cette période est prise en compte dans la constitution du droit à pension, en étant comptabilisées dans la durée de services et de bonifications, dans la limite de cinq ans. Par ailleurs, le dispositif de retraite anticipée pour carrière longue, prévu à l'article L. 25 bis du code des pensions civiles et militaires de retraite (CPCMR) permet également la prise en compte de ces périodes, mais pour des durées différentes.

Ainsi, le 2° du I de l'article D.16-2 dispose que les périodes pendant lesquelles les fonctionnaires ont été placés en congé de maladie statutaire dans la limite de quatre trimestres sont réputées avoir donné lieu à cotisation. Pour le départ en retraite anticipée pour carrière longue, les congés de maladie, quels qu’ils soient (maladie ordinaire, longue maladie, longue durée, citis) sont pris en compte dans la limite de 4 trimestres. Les congés de maladie, quels qu’ils soient (maladie ordinaire, longue maladie, longue durée, citis) et les périodes de travail à temps partiel pour raison de santé sont pris en compte pour la retraite dans la limite de 5 ans.

Gestion des arrêts de travail et rémunération pendant congé maladie

Si vous êtes en activité ou en détachement, vous pouvez être placé en congé de maladie. Vous devez pour cela adresser à votre administration employeur un avis d'arrêt de travail dans les 48 heures qui suivent son établissement par un médecin, un chirurgien-dentiste ou une sage-femme. Cet avis d'arrêt de travail indique la durée probable de votre incapacité de travail. Vous devez transmettre à votre administration employeur les volets n°2 et 3 de l'avis d'arrêt de travail. Vous conservez le volet n°1.

En cas de non-respect du délai de 48 heures, votre administration vous informe par courrier du retard constaté. Elle vous informe également que vous vous exposez à une réduction de votre rémunération en cas de nouvel envoi tardif dans les 24 mois suivant ce 1er envoi tardif. En effet, en cas de nouvel envoi tardif d'un arrêt de travail, la rémunération due entre la date d’établissement du nouvel arrêt de travail et la date de sa transmission est réduite de moitié.

La durée du congé de maladie peut être d'un an maximum pendant une période de 12 mois consécutifs. Vous percevez 90 % de votre traitement indiciaire brut pendant 3 mois, puis la moitié de votre traitement indiciaire pendant 9 mois. Les droits à 90 % ou à 50 % de votre traitement indiciaire sont décomptés, pour chaque jour d'arrêt de travail, en fonction des jours d'arrêt à 90 % ou à 50 % déjà accordés au cours des 365 (ou 366) jours précédents. Chaque arrêt de travail fait l'objet d'un jour de carence non rémunéré. La rémunération se calcule sur la base de 360 trentièmes (30 trentièmes par mois quel soit le nombre réel de jours dans le mois).

Tableau - Rémunération du fonctionnaire d'État pendant un congé de maladie

Contrôle médical et inaptitude

Votre administration employeur peut vous soumettre à tout moment à une visite de contrôle par un médecin agréé. Vous êtes obligatoirement soumis à un examen de contrôle, par un médecin agréé, au moins 1 fois après 6 mois consécutifs de congé de maladie. En cas de refus de votre part de vous soumettre à ces examens, votre rémunération n'est plus versée. Si vous ou votre administration employeur contestez l'avis du médecin agréé, vous pouvez saisir le conseil médical.

À la fin de votre congé de maladie, votre situation diffère selon que vous êtes apte ou non à reprendre vos fonctions antérieures : Apte à la reprise de vos fonctions antérieures : vous reprenez vos fonctions. Si vous avez été placé en congé de maladie pendant 12 mois consécutifs, vous pouvez reprendre votre travail qu'après avis favorable du conseil médical. Inapte à la reprise : les règles diffèrent selon que vous êtes titulaire ou stagiaire. Si vous êtes titulaire vous pouvez bénéficier d'une période de préparation au reclassement ou être directement reclassé sur un emploi compatible avec votre état de santé. Si vous êtes reconnu définitivement inapte à l'exercice de tout emploi, vous pouvez être mis à la retraite pour invalidité quel que soit votre âge et quel que soit votre nombre de trimestres d'assurance retraite.

Rôle de l’employeur pour la gestion des cotisations et dispositifs spécifiques

Les cotisations patronales constituent un poste majeur du budget RH des collectivités et établissements publics. Elles assurent : la pérennité du régime de retraite des fonctionnaires, la couverture sociale complète (maladie, maternité, famille, accident du travail), et la solidarité intergénérationnelle dans la fonction publique. Les employeurs publics doivent anticiper ces charges dans leur plan de masse salariale et leurs prévisions financières.

Rôle de l'employeur dans le dispositif de compensation de la suppression de l’Indemnité Temporaire de Retraite (ITR) : En tant qu’employeur dans les 4 territoires éligibles (Saint-Pierre-et-Miquelon, Wallis et Futuna, Polynésie française, Nouvelle-Calédonie), vous occupez une place centrale en assurant, d’une part le calcul, le versement et la déclaration de cotisations RAFP et, d’autre part, une coordination avec le Service des retraites de l’État (SRE). Ce rôle de l’employeur implique notamment l’établissement et transmission d’attestations des agents en activité au 1er janvier 2024, le recueil de l’option de l’agent en faveur de l’adhésion à la cotisation volontaire au RAFP (CVR), le calcul mensuel et la déclaration mensuelle et annuelle des cotisations RAFP globales.

FAQ rapide

• Quelles sont les cotisations patronales principales ? Retraite, assurance maladie, allocations familiales, accidents du travail, formation et contributions spécifiques.
• Pourquoi le taux est-il plus élevé dans la fonction publique d’État ? Parce que l’État assume directement le coût des pensions civiles, sans caisse externe de retraite.
• Les primes sont-elles soumises à cotisation ? Seules les primes pensionnables (intégrées dans le calcul de la retraite) sont soumises aux cotisations CNRACL.
• Les contractuels cotisent-ils au même régime ? Non, ils relèvent du régime général de la Sécurité sociale et de la retraite complémentaire IRCANTEC.
• Les taux changent-ils chaque année ? Oui, les taux CNRACL, URSSAF et IRCANTEC sont réévalués régulièrement par arrêté ou décret.

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